perl語(yǔ)言在生物信息學(xué)中的應(yīng)用(編輯修改稿)
2024-08-22 08:36 本頁(yè)面
【文章內(nèi)容簡(jiǎn)介】 組成，一般用大寫(xiě)字母 ? 缺省打開(kāi)的句柄 STDIN, STDOUT, STDERR, 文件描述符為 0， 1， 2。不必調(diào)用 open就可以直接訪問(wèn) ? STDIN：鍵盤(pán)輸入，控制臺(tái)。 ? STDOUT：屏幕，顯示屏。 ? STDERR：錯(cuò)誤輸出，顯示屏。 文件訪問(wèn)模式 ? 只讀： open(F, “filename”)?；蛘?open(F, “filename”)。 文件不存在則打開(kāi)失敗 ? 只寫(xiě)： open(F, “filename”)。 文件不存在則創(chuàng)建新文件，存在則清空重寫(xiě) ? 追加： open(F, “filename”)。在存在的文件后面追加內(nèi)容 ? 讀寫(xiě)： open(F, “+filename”)。可讀可寫(xiě)，文件不存在則失敗，否則覆蓋原文件 ? 讀寫(xiě)： +，文件不存在則創(chuàng)建，存在則清空再寫(xiě) ? 讀寫(xiě)： +，文件不存在則創(chuàng)建，存在則追加 ? 管道： |， open(F,“ | cathello” )。把文件 F的輸出 (print F $a)作為｜后的輸入。 open(F,“ m|” )。把 m的輸出作為 F的輸入。以下的內(nèi)容只要讀出。 m為命令。 文件緩沖 緩沖 無(wú)緩沖 打開(kāi)： open,sysopen sysopen 關(guān)閉 close 讀 ,readline sysread 寫(xiě) print syswrite 定位 tell,seek sysseek 讀文件 ? $line=file讀一行到 line，指針后移一行。 缺省讀到 $_中。 $/=‘ \n39。，為行分隔符，遇到它則為一行結(jié)束，行包含 $/?？捎?chomp($s)去除此標(biāo)志，行尾不含 $/則不去除字符?？稍O(shè)置 $/為其他字符串，遇到 $/為行結(jié)束， chomp去除此字符串。 ? ＠ array=file文件內(nèi)容全部讀出，每行為一個(gè)元素。含回車。 ? 當(dāng)從 STDIN中讀時(shí)，可省略為 。 ? read(F,$in,len[,$offset])讀入 $in ? sysread(F,$in,len[,$offset]) getc(F)讀一個(gè)字符 命令行參數(shù) ＠ ARGV：全局， $ARGV[0]是第一個(gè)參數(shù)，不是程序名。 是對(duì) $ARGV的引用。＠ ARGV一旦賦值，原值丟失。 1。第一次看到＜＞時(shí)，打開(kāi)以 $ARGV[0]中的文件。無(wú)參數(shù)則打開(kāi) STDIN讀。所以可以省略。 2。 shift(@ARGV),元素?cái)?shù)量減少一個(gè)。 3。＜＞讀打開(kāi)的文件中的所有行。 4。再讀第二個(gè)參數(shù)表示的文件。 文件尾檢測(cè)： eof和 eof()。文件結(jié)束返回真。 ＠ ARGV＝（” file1” ,” file2”） 。 while($line=){if(eof){print 39。eof39。}} 讀取 file1到末尾時(shí)，下一循環(huán)打開(kāi)下一文件。每次讀完一個(gè)文件輸出eof. if(eof()){print 39。eof39。)。}所有文件都讀完才輸出 eof。 寫(xiě)文件 ?printf(“format str”,$a,$b…)。同 c中的 printf，格式化串包含 %的格式指示，后面依次是相應(yīng)的值列表。 ?print F ( “str”)。 F文件句柄，后面為空格，省略 F為 STDOUT。 str輸出內(nèi)容?？捎脝我?hào) ’，不進(jìn)行變量替換，不加引號(hào)，計(jì)算出變量的值再輸出。 ()可省略。這是函數(shù)的特點(diǎn)。 ?write用于格式化輸出。不是 read的相應(yīng)操作。 ?syswrite(F,$data,length,$offset)。同 sysread 文件測(cè)試 –op expr if( e “file1”),print STDERR (“file1\n”)。文件是否存在。 b是否為塊設(shè)備 c是否為字符設(shè)備 d是否為目錄 e是否存在 f是否為普通文件 g是否設(shè)置了 setgid位 k是否設(shè)置了 sticky位 l是否為符號(hào)鏈接 o是否擁有該文件 p是否為管道 r是否可讀 s是否非空 t是否表示終端 u是否設(shè)置了 setuid位 w是否可寫(xiě) x是否可執(zhí)行 z是否為空文件 A距上次訪問(wèn)多長(zhǎng)時(shí)間 B是否為二進(jìn)制文件 C距上次訪問(wèn)文件的 inode多長(zhǎng)時(shí)間 M距上次修改多長(zhǎng)時(shí)間 O是否只為“真正的用戶”所擁有 R是否只有“真正的用戶”可讀 S是否為 socket T是否為文本文件 W是否只有 “真正的用戶 ”可寫(xiě) X是否只有 “真正的用戶 ”可執(zhí)行 s 返回文件長(zhǎng)度， ACM返回天數(shù)。 正則表達(dá)式 (模式匹配 ) 檢驗(yàn)匹配是否成功 =~字符串是否匹配模式，匹配則為真，沒(méi)有匹配則為假。 !~不匹配為真，匹配為假。 regular expression，規(guī)則表達(dá)式 模式匹配，在字符串中尋找特定序列的字符。 指定模式：由斜線包含， /def/即模式 def。 匹配操作符 =~、 !~ $question=“expleaseding” $question =~ /please/ $question!~/edit/ 正則表達(dá)式的使用 if ($question =~ /please/) { print (Thank you for being polite!\n)。 } else { print (That was not very polite!\n)。 } 用于條件判斷： grep：正則表達(dá)式只對(duì)簡(jiǎn)單變量匹配，如果是數(shù)組 @a=~/abc/，則 ?2?=~/abc/。用 grep(/abc/,@a)。對(duì)數(shù)組中的每個(gè)元素匹配。 split(/abc/,$line)根據(jù)模式匹配分割字符串。 模式匹配的 3種類型： m//模式匹配， s///匹配并替換， tr///逐一替換，翻譯 模式匹配之一：元字符 + 一個(gè)或多個(gè)相同的前導(dǎo)字符 (模式 )。如： /de+f/指 def、 deef、deeeeef等。是對(duì)前一個(gè)匹配模式的重復(fù)，不是匹配后的字符的重復(fù)。如 /d[eE]+/，匹配 de,dee,dE
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