perl語言在生物信息學(xué)中的應(yīng)用-在線瀏覽
2024-09-05 08:36本頁面
【正文】 a=(1,2,3)。 ? ($x, $y, $z)=a。 ? ($x, $y)=a。 ? ($a,$b,$c,$d)=a。 ? $a=a=$a+1。 數(shù)組的第一個(gè)元素 $a[0] ? 打印數(shù)組： print a。 元素之間用空格分開 數(shù)組片段 a=(1..5) ? sub=a[0,1,3]。 ? b=(1,2,3)。 ? a[1,2]=a[2,1]。 數(shù)組操作函數(shù) ? sort：缺省按字母排序 $a, $b表示數(shù)組元素， _代表數(shù)組本身 ? reverse a。 每個(gè)元素截去最后一個(gè)字符 ? shift(a)。 在數(shù)組頭部添加元素，返回新數(shù)組長度 ? push(a,$a)。 刪除數(shù)組末尾元素 數(shù)組操作函數(shù)（二） ? join(連接符號 , a)把數(shù)組連接為一個(gè)字串 a=(‘a(chǎn)’,’b’)。 ? split(/分隔符 /, 分割串 , 長度 ) 分隔符：缺省為空格，可省略 分割串：缺省為 $_，可省略 長度：可省略，缺省為全部分割 $s=“a,b,c”。 ? a=(‘a(chǎn)’,’b’,’c’)。 ? a=(‘a(chǎn)’,’b’,’c’)。 ? 對數(shù)組 a進(jìn)行操作，跳過 skip個(gè)元素，然后用 newlist替換length個(gè)元素 ? newlist長度可以不為 length，但其替換長度總為 length ? 如果 length=0表示為插入；如果 newlist=()則表示為刪除 ? 當(dāng) length和 newlist都省略時(shí)表示全部刪除 ? found=grep(/pattern/, search)對數(shù)組 search的每個(gè)元素進(jìn)行搜索匹配 pattern，匹配元素返回到 found ? map(expr, list)對數(shù)組 list的每個(gè)元素進(jìn)行 expr運(yùn)算，返回運(yùn)算后的數(shù)組。 ? 該數(shù)組的元素為兩個(gè)數(shù)組 ? 子數(shù)組訪問： {$aoa[0]}?(1,2,3) ? 子數(shù)組元素列表： {$aoa[0]}[0,1,2] ? 子數(shù)組元素訪問： $aoa[0][0] a=(1,2,3)。 $aoa=[[a],[b]]。 關(guān)聯(lián)數(shù)組：哈希 /散列 ? 關(guān)聯(lián)數(shù)組的表示： %h=(1,’a’,2,’b’)。 ? 元素形式 $h,1=‘a(chǎn)’ 關(guān)聯(lián)數(shù)組的賦值 ? %a=(“key1”,1,”key2”,2)。 ? a=%h。 ? ($a,%h)=array。 ? %h1=(%h2, ‘k’, ‘v’) ? 函數(shù)的返回： %h=split()。 hash,keys=hash,reverse keys}。 ? delete 關(guān)聯(lián)數(shù)組的順序 foreach $w(sort keys(%hash)) 按照字符串排序 或者 foreach $w(sort {$a=$b} keys(%hash)) 數(shù)值排序 文件 ? 存放于磁盤，用于讀寫訪問，訪問前必須先打開文件，結(jié)束時(shí)關(guān)閉文件 open(HANDLE, “filename”) || die $!。以字母開頭，字母、數(shù)字、下劃線組成，一般用大寫字母 ? 缺省打開的句柄 STDIN, STDOUT, STDERR, 文件描述符為 0， 1， 2。 ? STDOUT：屏幕，顯示屏。 文件訪問模式 ? 只讀： open(F, “filename”)。 文件不存在則打開失敗 ? 只寫： open(F, “filename”)。在存在的文件后面追加內(nèi)容 ? 讀寫： open(F, “+filename”)。把文件 F的輸出 (print F $a)作為｜后的輸入。把 m的輸出作為 F的輸入。 m為命令。 缺省讀到 $_中。為行分隔符，遇到它則為一行結(jié)束，行包含 $/。可設(shè)置 $/為其他字符串，遇到 $/為行結(jié)束， chomp去除此字符串。含回車。 ? read(F,$in,len[,$offset])讀入 $in ? sysread(F,$in,len[,$offset]) getc(F)讀一個(gè)字符 命令行參數(shù) ＠ ARGV：全局， $ARGV[0]是第一個(gè)參數(shù)，不是程序名。＠ ARGV一旦賦值，原值丟失。第一次看到＜＞時(shí)，打開以 $ARGV[0]中的文件。所以可以省略。 shift(ARGV),元素?cái)?shù)量減少一個(gè)。＜＞讀打開的文件中的所有行。再讀第二個(gè)參數(shù)表示的文件。文件結(jié)束返回真。 while($line=){if(eof){print 39。}} 讀取 file1到末尾時(shí)，下一循環(huán)打開下一文件。eof39。}所有文件都讀完才輸出 eof。同 c中的 printf，格式化串包含 %的格式指示，后面依次是相應(yīng)的值列表。 F文件句柄，后面為空格，省略 F為 STDOUT?？捎脝我?’，不進(jìn)行變量替換，不加引號，計(jì)算出變量的值再輸出。這是函數(shù)的特點(diǎn)。不是 read的相應(yīng)操作。同 sysread 文件測試 –op expr if( e “file1”),print STDERR (“file1\n”)。 b是否為塊設(shè)備 c是否為字符設(shè)備 d是否為目錄 e是否存在 f是否為普通文件 g是否設(shè)置了 setgid位 k是否設(shè)置了 sticky位 l是否為符號鏈接 o是否擁有該文件 p是否為管道 r是否可讀 s是否非空 t是否表示終端 u是否設(shè)置了 setuid位 w是否可寫 x是否可執(zhí)行 z是否為空文件 A距上次訪問多長時(shí)間 B是否為二進(jìn)制文件 C距上次訪問文件的 inode多長時(shí)間 M距上次修改多長時(shí)間 O是否只為“真正的用戶”所擁有 R是否只有“真正的用戶”可讀 S是否為 socket T是否為文本文件 W是否只有 “真正的用戶 ”可寫 X是否只有 “真正的用戶 ”可執(zhí)行 s 返回文件長度， ACM返回天數(shù)。 !~不匹配為真，匹配為假。 指定模式：由斜線包含， /def/即模式 def。 } else { print (That was not very polite!\n)。用 grep(/abc/,a)。 split(/abc/,$line)根據(jù)模式匹配分割字符串。如： /de+f/指 def、 deef、deeeeef等。如 /d[eE]+/，匹配 de,dee,dE,dEE,deE,dEe。相當(dāng)于 /d[eE][eE]
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