生物信息學(xué)復(fù)習(xí)資料(編輯修改稿)
2025-07-04 21:16 本頁面
【文章內(nèi)容簡介】 e訓(xùn)練集中統(tǒng)計出雙核苷酸st的頻率，再計算概率轉(zhuǎn)移矩陣：圖的左邊是非CpG島，右邊是CpG島。據(jù)此，可以對某一DNA片段構(gòu)造判別規(guī)則，判定是否CpG島。第四講 生物信息學(xué)中的計算機(jī)技術(shù)Unix的組成1) 內(nèi)核（Kernel）一個提供硬件抽象層、磁盤及文件系統(tǒng)控制、多任務(wù)等功能的系統(tǒng)軟件，是計算機(jī)的主要控制程序2) Shell Unix的一部分，用來解釋用戶的命令并傳遞給內(nèi)核處理 3) 文件系統(tǒng)（File System） 存儲在計算機(jī)中的信息 ， 以目錄形式組織 4) 組件（Utilities） Unix 命令 UNIX目錄結(jié)構(gòu)Unix常用命令（1）、Pwd 顯示當(dāng)前工作路徑 y 用法：pwdy 例子： % pwd /home/browns02（2）Ls 列出當(dāng)前目錄下的文件列表用法：ls [options] pathname例子： % ls Misc 使用l參數(shù)可以列出更多詳細(xì)的信息 % ls –l total 1768 drwxrx 2 browns02 users 8192 Aug 28 18:26 Opioid什么是Perl?Perl 是Practical Extraction and Report Language 的簡寫，譯為實用摘錄和報告語言，Perl由Larry Wall設(shè)計的，他曾說過這樣一句話：“Perl可能不好看或者不好聞，但是它能完成任務(wù)”；Perl具有高級語言（如C）的強(qiáng)大能力和靈活性 ，許多特性源于C語言；計算機(jī)語言的執(zhí)行分為解釋執(zhí)行(Perl、ASP、PHP )和編譯執(zhí)行(C/C＋＋ )。JAVA是解釋和編譯型的語言。 對于Perl,你要做的只是寫出程序并告訴Perl來運行而已 Perl程序細(xì)節(jié)（1）Perl 程序通常的開始行為如下:!/usr/bin/perl這一行告訴計算機(jī)這是個perl程序，并且在哪里執(zhí)行；帶有 開關(guān)的行都是注釋，運行時不被Perl解釋器執(zhí)行；Perl語句的每一行以 “ ?！苯Y(jié)尾常量：字符串“Hello world\n”‘Hello world\n’第五講 構(gòu)建生物學(xué)數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)的定義數(shù)據(jù)是人們用于記錄事物情況的物理符號。為了描述客觀事物而用到的數(shù)字、字符以及所有能輸入到計算機(jī)中并能被計算機(jī)處理的符號都可以看作數(shù)據(jù)兩種基本形式的數(shù)據(jù)（1）數(shù)值型數(shù)據(jù)、字符型數(shù)據(jù)（2）圖形、圖像、聲音等多媒體數(shù)據(jù)信息的定義信息是數(shù)據(jù)中所包含的意義。通俗地講，信息是經(jīng)過加工處理并對人類社會實踐和生產(chǎn)活動產(chǎn)生決策影響的數(shù)據(jù)信息與數(shù)據(jù)的區(qū)別信息為經(jīng)過處理的數(shù)據(jù)；信息不隨表示它的數(shù)據(jù)形式而改變,而數(shù)據(jù)則具有任意 性，用不同的數(shù)據(jù)形式可以表示同樣的信息數(shù)據(jù)庫（1）數(shù)據(jù)庫定義：數(shù)據(jù)庫（Database，DB）是長期存儲在計算機(jī)內(nèi)、有組織的、可共享的、統(tǒng)一管理的相關(guān)數(shù)據(jù)的集合（2）DB的特點A、 數(shù)據(jù)按一定的數(shù)據(jù)模型組織、描述和儲存B、 可為各種用戶共享C、 冗余度較小D、 數(shù)據(jù)獨立性較高E、 易擴(kuò)展數(shù)據(jù)庫管理系統(tǒng)（1）定義：數(shù)據(jù)庫管理系統(tǒng)（Database Management System，DBMS）DBMS是位于用戶與操作系統(tǒng)（OS）之間的一層數(shù)據(jù)管理軟件，它為用戶或應(yīng)用程序提供訪問DB的方法，包括DB的建立、查詢、更新及各種數(shù)據(jù)控制（2）用途：能夠科學(xué)地組織和存儲數(shù)據(jù)、高效地獲取和維護(hù)數(shù)據(jù)（3）依據(jù)數(shù)據(jù)模型，可分為：層次型、網(wǎng)狀型、關(guān)系型、面向?qū)ο笮蛿?shù)據(jù)庫系統(tǒng)（1）定義：數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)（Database System，DBS）是實現(xiàn)有組織地、動態(tài)地存儲大量關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)、方便多
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