【正文】 預(yù)測(cè) (一級(jí)結(jié)構(gòu)決定高級(jí)結(jié)構(gòu) ) 2. 結(jié)構(gòu)與結(jié)構(gòu)相對(duì)比（ DALI算法） 3. 當(dāng)前最先進(jìn)的結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)方法： 結(jié)構(gòu)類識(shí)別（ fold recognition） 先建立一個(gè)已知的結(jié)構(gòu)類數(shù)據(jù)庫(kù) （ fold library)， 將待測(cè)序列 “ 穿過(guò) ” 該數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)成的坐標(biāo) ， 并根據(jù)事先確定的物理限制 ， 逐個(gè)位置移動(dòng) （ t h r e a d i n g， s e q u e n c e s t r u c t u r e alignment) ， 由一個(gè)函數(shù) （ sequencestructure fitness alignment) 判斷序列與結(jié)構(gòu)類的符合程度 ， 找出未知序列在目標(biāo)結(jié)構(gòu)上的能量最優(yōu)和構(gòu)象最穩(wěn)固的比對(duì)位置 。給信號(hào)序列各個(gè)位置每種可能出現(xiàn)的核苷酸分配一個(gè)分?jǐn)?shù)，將各位置分?jǐn)?shù)相加后得出該序列作為潛在作用位點(diǎn)的分?jǐn)?shù)。 引物設(shè)計(jì)要點(diǎn) ? ΔG值反映了引物與模板結(jié)合的強(qiáng)弱程度 ， 也是一個(gè)重要的引物評(píng)價(jià)指標(biāo) ， 一般情況下 ， 在Oligo ΔG值窗口中 ， 引物的 ΔG值最好呈正弦曲線形狀 ， 即 5’端和中間部分 ΔG值較高 ，而 3’端 ΔG值相對(duì)較低 ， 且不要超過(guò) 9（ ΔG值為負(fù)值 ， 這里取絕對(duì)值 ） ， 如此則有利于正確引發(fā)反應(yīng)而可防止錯(cuò)誤引發(fā) 。 引物設(shè)計(jì)要點(diǎn) ? 可能的錯(cuò)誤引發(fā)位點(diǎn)決定于引物序列組成與模板序列組成的相似性 ， 相似性高則錯(cuò)誤引發(fā)率高 ， 錯(cuò)誤引發(fā)的引發(fā)率一般不要高過(guò) 100， 最好沒(méi)有錯(cuò)誤引發(fā)位點(diǎn) ， 如此可以保證不出非目的產(chǎn)物的假帶 。 PDB及MMDB數(shù)據(jù)庫(kù)目前仍然禁止收錄軟件預(yù)測(cè)出來(lái)的蛋白高級(jí)結(jié)構(gòu)模型。因此理論模擬和結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)顯得十分重要。 關(guān)于引物的自動(dòng)搜索和評(píng)價(jià)分析 ? 推薦使用自動(dòng)搜索軟件： Primer Premier ? 推薦使用引物評(píng)價(jià)軟件： Oligo 5/6 OLIGO PCR 引物設(shè)計(jì) DNA、蛋白質(zhì)序列同源分析及 進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建 相似性與同源性 ? 相似性是指一種很直接的數(shù)量關(guān)系，比如部分相同或相似的百分比或其它一些合適的度量。 ? 引物的 GC含量一般為 4555%， 過(guò)高或過(guò)低都不利于引發(fā)反應(yīng) 。 二