生物信息學軟件介紹(存儲版)
【正文】 功能 2. 提示、指導、替代實驗操作，利用對實驗數(shù)據(jù)的分析所得的結(jié)論設計下一階段的實驗 用軟件設計 PCR引物，測序引物或雜交探針，設計克隆策略，構(gòu)建載體，做模擬電泳實驗，即模擬核酸內(nèi)切酶或內(nèi)肽酶對相應的底物分子切割后的電泳行為。 PDB及MMDB數(shù)據(jù)庫目前仍然禁止收錄軟件預測出來的蛋白高級結(jié)構(gòu)模型。 圍繞這幾條基本原則，設計引物需要考慮諸多因素，如： ? 引物長度（ primer length）， ? 產(chǎn)物長度（ product length）， ? 序列 Tm值 (melting temperature)， ? ΔG值 (internal stability)， ? 引物二聚體及發(fā)夾結(jié)構(gòu)（ duplex formation and hairpin）， ? 錯誤引發(fā)位點（ false priming site）， ? 引物及產(chǎn)物 GC含量（ position），有時還要對引物進行修飾，如增加限制酶切點，引進突變等。 引物設計要點 ? 可能的錯誤引發(fā)位點決定于引物序列組成與模板序列組成的相似性 ， 相似性高則錯誤引發(fā)率高 ， 錯誤引發(fā)的引發(fā)率一般不要高過 100， 最好沒有錯誤引發(fā)位點 ， 如此可以保證不出非目的產(chǎn)物的假帶 。 如 Alignment (同源性分析 ) 推薦軟件 ? 相似性分析 ? Peptool Lite ? 同源性分析 – Vector NTI 6AlignX ? Contig ExpressDNA 序列 片斷拼接 Vector NTI Suit 同源比較 —主窗口 Vector NTI Suit 同源比較 —進化樹 DNA 模擬電泳 一點體會 ? DNA模擬電泳具有一定實驗預示功能， ? 模擬電泳不能作為實驗結(jié)果或依據(jù) Vector NTI Suit 模擬電泳 Gene Construction Kit 模擬電泳 重要生物數(shù)據(jù)庫簡介 三大數(shù)據(jù)庫 ? NCBI (美國 ) ? DDBJ (日本 ) ? EBI (歐洲 ) 其他重要數(shù)據(jù)庫 ? 酵母基因組數(shù)據(jù)庫（ SGD） ? 酵母蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫（ YPD） ? 擬
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