生物信息學(xué)軟件介紹(存儲(chǔ)版)
【正文】 功能 2. 提示、指導(dǎo)、替代實(shí)驗(yàn)操作，利用對(duì)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的分析所得的結(jié)論設(shè)計(jì)下一階段的實(shí)驗(yàn) 用軟件設(shè)計(jì) PCR引物，測(cè)序引物或雜交探針，設(shè)計(jì)克隆策略，構(gòu)建載體，做模擬電泳實(shí)驗(yàn)，即模擬核酸內(nèi)切酶或內(nèi)肽酶對(duì)相應(yīng)的底物分子切割后的電泳行為。 PDB及MMDB數(shù)據(jù)庫(kù)目前仍然禁止收錄軟件預(yù)測(cè)出來(lái)的蛋白高級(jí)結(jié)構(gòu)模型。 圍繞這幾條基本原則，設(shè)計(jì)引物需要考慮諸多因素，如： ? 引物長(zhǎng)度（ primer length）， ? 產(chǎn)物長(zhǎng)度（ product length）， ? 序列 Tm值 (melting temperature)， ? ΔG值 (internal stability)， ? 引物二聚體及發(fā)夾結(jié)構(gòu)（ duplex formation and hairpin）， ? 錯(cuò)誤引發(fā)位點(diǎn)（ false priming site）， ? 引物及產(chǎn)物 GC含量（ position），有時(shí)還要對(duì)引物進(jìn)行修飾，如增加限制酶切點(diǎn)，引進(jìn)突變等。 引物設(shè)計(jì)要點(diǎn) ? 可能的錯(cuò)誤引發(fā)位點(diǎn)決定于引物序列組成與模板序列組成的相似性 ， 相似性高則錯(cuò)誤引發(fā)率高 ， 錯(cuò)誤引發(fā)的引發(fā)率一般不要高過(guò) 100， 最好沒(méi)有錯(cuò)誤引發(fā)位點(diǎn) ， 如此可以保證不出非目的產(chǎn)物的假帶 。 如 Alignment (同源性分析 ) 推薦軟件 ? 相似性分析 ? Peptool Lite ? 同源性分析 – Vector NTI 6AlignX ? Contig ExpressDNA 序列 片斷拼接 Vector NTI Suit 同源比較 —主窗口 Vector NTI Suit 同源比較 —進(jìn)化樹(shù) DNA 模擬電泳 一點(diǎn)體會(huì) ? DNA模擬電泳具有一定實(shí)驗(yàn)預(yù)示功能， ? 模擬電泳不能作為實(shí)驗(yàn)結(jié)果或依據(jù) Vector NTI Suit 模擬電泳 Gene Construction Kit 模擬電泳 重要生物數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介 三大數(shù)據(jù)庫(kù) ? NCBI (美國(guó) ) ? DDBJ (日本 ) ? EBI (歐洲 ) 其他重要數(shù)據(jù)庫(kù) ? 酵母基因組數(shù)據(jù)庫(kù)（ SGD） ? 酵母蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)（ YPD） ? 擬
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