【正文】 是可用于 GDE、 Phylip、 GCG 等軟件的格式。比對過程中，先對所有的序列進(jìn)行兩兩比對并計算它們的相似性分?jǐn)?shù)值，然后根據(jù)相似性分?jǐn)?shù)值將它們分成若干組，并在每組之間進(jìn)行比對，計算相似性分?jǐn)?shù)值。此種查詢將庫中的核酸序列和所查的核酸序列都翻譯成蛋白（每條核酸序列會產(chǎn)生 6 條可能的蛋白序列），這樣每次比對會產(chǎn)生 36 種比對陣列。從 BLAST 發(fā)展到 NCBI 提供的 ， 已將有缺口的比對 序列也考慮在內(nèi)了。當(dāng)選擇 GenBank Report格式后，屏幕顯示較完整的 基因 記錄，其內(nèi)容包括： 基因位點 （ Locus）、基因定義（ Definition） 、基因存取號（ Accession)、 核酸編號（ NID ）、關(guān)鍵詞（ Keywords）、 南京郵電大學(xué) 2020 屆本科生畢業(yè)設(shè)計（論文） 14 來源（ Source）、組織分類（ Organism）、參考文獻(xiàn)（ Reference）、 著者（ Author）、題目（ Title）、期刊 Journal）、 Medline 存取號（ Medline）、序列特征（ Features）、基因（ Gene）、 CDS(cDNA）、 等位基因 （ Allele) 對等的肽（ MatPeptide ）、計算 堿基 數(shù)（ Base Count）、原序列（ Origin）。數(shù)目巨大的分子數(shù)據(jù)和這些數(shù)據(jù)的隱秘而精細(xì)的模式使得計算機(jī)化的數(shù)據(jù)庫和分析方法成為絕對的必須。 囊泡藻界： Phaeodactylum tricornutum [三角褐指藻 ] (13)?此外 ，新版本中首次收錄的物種共有 15 個。第一次發(fā)布了Nicotiana tabacum [煙草 ] 165 條成熟體 miRNA。 miR430 還能對該信號系統(tǒng)產(chǎn)生穩(wěn)定作用 , 在 miR430 存在時 , 過表達(dá) squint 或 lefty 并不能產(chǎn)生預(yù)期的表型 , 而將 squint 或 lefty 上的 miR430 的結(jié)合位點突變后 , 過表達(dá)突變體將會擾亂發(fā)育過程。 而在黑青斑河豚中由 3 個 miRNA(mir430a, c, a)組成了三聯(lián)體。最近的研究表明 mir430 是斑馬魚早期胚胎發(fā)育中 豐度最高的 miRNA。通過進(jìn)一步比較這些 premiRNAs 及其旁側(cè)序列， 我們發(fā)現(xiàn)通常不完全相似的兩個三聯(lián)體 (前體序列間的距離和序列有明顯差異 )進(jìn)一步組成一個六連體，并以六連體的方式在該簇中復(fù)制。 miRNA 基因家族進(jìn)化 序列上相似且具有類似功能的基因被稱為基因家族，在基因組進(jìn)化過程中，由 miRNA 祖先基因通過重復(fù)而形成兩個或多個拷貝構(gòu)成基因家族。 miRNA 基因簇進(jìn)化 基因簇是指在染色體幾緊密排列的基因群。對于用不同的預(yù)測軟件的結(jié)果，我們發(fā)現(xiàn) miRNA 傾向于調(diào)控穩(wěn)定表達(dá)的基因，即 miRNA 使靶基因表達(dá)波動性降低，從而起到穩(wěn)定基因表達(dá)的作用。 南京郵電大學(xué) 2020 屆本科生畢業(yè)設(shè)計（論文） 8 miRNA 在小鼠不同發(fā)育階段對靶基因表達(dá)譜影響 Farh 等 [13]采用對小鼠 miRNA 靶基因相對表達(dá)量進(jìn)行密度做圖的方法，與Lim 等人的方法取得了較為一致的結(jié)論，并發(fā)現(xiàn)隨著小鼠從胚胎期到成年的過渡，某些 miRNA 表達(dá)量上升，同時造成靶基因表達(dá)量的下降。 miRNA 對基因表達(dá)的影響 了解造成生物體各種表型差異的分子生物學(xué)基礎(chǔ)是遺傳學(xué)的基本問題之一。除了 MirScan 以外，根據(jù)保守性預(yù)測的軟件還有 miRseeker。UTR。UTR 互補(bǔ)結(jié)合，阻止了 hid miRNA 的翻譯，抑制蛋白的表達(dá)，最終表現(xiàn)為促進(jìn)細(xì)胞增殖的作用；隨后， Xu 等在果蠅體內(nèi)發(fā)現(xiàn)了另一種凋亡抑制 miRNAmiR． 14。 miRNA 對動物發(fā)育的調(diào)控作用 通過 DNA 芯片技術(shù)， Krichevskv 等 [4]在 2020 年證明了在哺乳動物腦發(fā)育階段 miRNA 表達(dá)的精確調(diào)控，約有 20％的 miRNA 的表達(dá)發(fā)生了顯著變化，其中miR． 19 和 miR． 131 表達(dá)失調(diào)時，無早衰素的老鼠表現(xiàn)出嚴(yán)重的大腦缺陷；隨后相繼發(fā)現(xiàn)， miRNA 在調(diào)控線蟲神經(jīng)系統(tǒng)發(fā)育過程中發(fā)揮重要作用；美國哈佛醫(yī)學(xué)院的研究人員研究發(fā)現(xiàn)， miRNA 通過轉(zhuǎn)錄后抑制 HOX 基因表達(dá)，在脊椎動物發(fā)育過程中發(fā)揮重要作用；美國華盛頓大學(xué)的研究人員證明在干細(xì)胞不斷分裂的過程中 miRNA 是必要的條件； Bruneau[5]發(fā)現(xiàn) 了 miRNA 是心臟形成過程的一個靶標(biāo)，同年，美國西北大學(xué)和卡耐基梅隆大學(xué)的研究人員合作研究發(fā)現(xiàn)，南京郵電大學(xué) 2020 屆本科生畢業(yè)設(shè)計（論文） 5 miRNA 在調(diào)節(jié)卵生長過程中起到重要的作用。在這個過程中 , Drosha 和另外的一些成分 (如人類中的 DGCR8蛋白、果蠅中的 Pasha 蛋白 )構(gòu)成一個微小 RNA 處理器 (microprocessor)的復(fù)合體， primiRNA 在這個 microprocessor 中被加工成 premiRNA。 （ 2） 高度同源的 miRNA 在 后加英文小寫字母 (般從 a 開始 )。例如 miR1792 基因簇，在人類中共由 6 個成員組成，而在果蠅 中則由 8 個成員組成。 miRNA 作用機(jī)制 miRNA 與靶標(biāo) mRNA 通過堿基互補(bǔ)配對而發(fā)生作用，通常 miRNA5’端的第 28 個核普酸對于 miRNA 發(fā)揮調(diào)節(jié)功能至關(guān)重要，這段區(qū)域與 3’UTR 靶位點完全互補(bǔ)配對，被稱為 seed 區(qū)，其在同源 miRNA 中通常保守。 南京郵電大學(xué) 2020 屆本科生畢業(yè)設(shè)計（論文） 2 miRNA 生物發(fā)生及作用機(jī)制 miRNA 的生物發(fā)生 miRNA 的生物發(fā)生是一個多步驟過程。與 lin4 類似， let7 與lin41 基因的 3’UTR 互補(bǔ)結(jié)合抑制其蛋白表達(dá) 。作為一類進(jìn)化上保守的、起重要調(diào)控作用的分子， miRNA 通過與靶標(biāo) mRNA 分子 3’一非編碼區(qū) (3’untranslated region， 3’UTR)完全或非完全互補(bǔ)結(jié)合， miRNA能有效抑制相關(guān)蛋白的合成，或?qū)е掳?mRNA 降解，產(chǎn)生基因沉默效應(yīng)。 NCBI。 miR430 在早起胚胎發(fā)育中豐度最高，通過抑制和降解母源基因在母源調(diào)控向合資調(diào)控的轉(zhuǎn)換過程中起到重要作用。 南京郵電大學(xué)本科生畢業(yè)設(shè)計（論文） 南京郵電大學(xué) 畢 業(yè) 設(shè) 計（論 文） 題 目 miR430 基因簇的生物信息學(xué)分析 專 業(yè) 生物醫(yī)學(xué)工程 學(xué)生姓名 王凱 班級學(xué)號 B09090321 指導(dǎo)教師 李小慧 評閱教師 指導(dǎo)單位 地理與生物信息學(xué)院 日期： 2020 年 3 月 1 日至 2020 年 6 月 1 日 畢業(yè)設(shè)計（論文）原創(chuàng)性聲明 本人鄭重聲明：所提交的畢業(yè)設(shè)計（論文），是本人在導(dǎo)師指導(dǎo)下，獨立進(jìn)行研究工作所取得的成果。 miR430 簇分布在斑馬魚 4 號染色體上約 20kb 的一個區(qū)域內(nèi)，三個 miRNA（ mir430a,c 和 b）組成了三聯(lián)體，并以此為基本單元進(jìn)行復(fù)制。 關(guān)鍵詞 ： MIR4 NCBI、 Blast、 ClustalW、 MEGA ABSTRACT microRNAs (miRNAs) are a class of small nonprotein coding sequence encoded by the genome RNA (1924 nt) miRNA target gene transcripts plementary binding, leading to mRNA degradation, translational repression, regulate expression of target genes. miRNA growth, development and other activities of life on plants and animals play a crucial regulatory role. Usually multiple miRNA genes are arranged to form miRNA gene cluster on chromosome gathered, these miRNA gene clusters were conserved in different species, miRNA gene clusters are functionally more efficient than a single miRNA miRNA gene cluster study , is conducive to the understanding of miRNA involved in plex regulatory works. miR430 gene cluster was first found in zebrafish, is the largest known miRNA gene cluster one. miR430 cluster located within an area of about 20kb zebrafish chromosome 4, three miRNAs (miR430a, c and b) the triplet, and use it as the basic unit of replication. miR430 in early embryonic development in the abundance of the highest in the maternal regulation play an important role in the conversion process of joint control by inhibiting the degradation of the maternal gene. Topics using molecular evolution analysis. Main steps: data obtained from the miRBase database, each species precursor of miR430 gene sequence. Precursor sequence of miR430 gene in zebrafish, medaka, red fins puffer species by homology parison method in all animal species to search using BLAST software for the analysis of the similarity parison. Use of CLUSTALW Software progressive multiple sequence alignment. Use MEGA software, the precursor sequence of miR430 members of the miR430 gene cluster phylogeic tree was constructed. The purpose of this project is based on miRNA genes conserved between species, bioinformatics homology search, contrast, investigate the molecular evolution of miR430 gene clusters law, to reveal the origin of the miR430 gene cluster and relatedthe evolutionary relationships of the species, for the study of regulatory works provide a theoretical basis. KEY WORD ： MIR430。 miRNA 是一類長度約為 22個核普酸的內(nèi)源性非編碼 RNA分子，可通過干擾 mRNA 指導(dǎo)蛋白合成過程，負(fù)向調(diào)節(jié)蛋白編碼基因的表達(dá)。這一發(fā)現(xiàn)當(dāng)時并未引起人們重視，直到 2020 年第二個 miRNA 一 let7 的發(fā)現(xiàn)， miRNA在基因表達(dá)調(diào)控領(lǐng)域的重要作用才逐漸被人們所認(rèn)識。對這些小分子 RNA 相關(guān)的生物信息學(xué)與進(jìn)化分析的基因序列、加工表達(dá)方式、功能等方面的研究表明其系統(tǒng)發(fā)育廣泛性與進(jìn)化保守性的特點，暗示了其在生命活動中復(fù)雜的調(diào)節(jié)方式，并可能對構(gòu)建多細(xì)胞組織起精確調(diào)控遺傳網(wǎng)絡(luò)的作用。 PrimiRNA 在細(xì)胞核內(nèi)由 Dieerlike protein 和其他蛋白 ,如 HYLI 的參與下加工為 premiRNA，pre 一 m1RNA 進(jìn)一步被 DCLI 加工為 miRNAmiRNA*雙鏈復(fù)合體，之后被 HENI蛋白甲基化后在 HASTY 蛋白 (與動物 ExPortin5 基因同源 )的協(xié)助下從細(xì)胞核運往細(xì)胞質(zhì) ,在解旋酶作用下加工為成熟的 miRNA，