【正文】 TTAGCTGTTGGAGTACAAAGTGATTTTATAAAGACTGGAGCACCAGCTAGAGGCGAAAGAACTAGTAAATATAATAGATTACTAGAAATAGAAAACGATTATGGAATAGAATATTACGGTAAAAAAATTTATCTTTAA3`。結(jié)果如圖圖3。進(jìn)入SwissModel網(wǎng)站（），選擇左側(cè)目錄的First Approach mode，將ST1212蛋白粘貼至對(duì)話框中運(yùn)算得到如圖結(jié)果。在論文工作期間，山東輕工業(yè)學(xué)院食品與生物工程學(xué)院的各位老師給予了大力的支持和幫助，在此也向他們表示衷心的感謝。老師淵博的知識(shí)、嚴(yán)謹(jǐn)?shù)膶W(xué)風(fēng)、敏銳的洞察力和對(duì)事業(yè)孜孜不倦的追求深深地感染著我，將使我受益終生。用Clustal X計(jì)算做進(jìn)化樹如下。圖2點(diǎn)擊基因片段選擇保守結(jié)構(gòu)域（Conserved Domains），如圖3所示，得到其結(jié)構(gòu)域。（3）第一個(gè)既是ST1212基因在GenBank中的信息。目前對(duì)多序列對(duì)比的研究還在不斷前進(jìn)中，現(xiàn)有的大多數(shù)算法都基于漸近的比對(duì)的思想，在序列兩兩對(duì)比的基礎(chǔ)上逐步優(yōu)化多序列對(duì)比的結(jié)果。（4）在最佳對(duì)角線區(qū)域中計(jì)算出比對(duì)結(jié)果。這是因?yàn)樵跊]有其它信息的前提下，DNA序列可以按六種框架閱讀和翻譯（每條鏈三種，對(duì)應(yīng)三種不同的起始密碼子）。SWISSMODEL開發(fā)了幾套不同的建模技術(shù)。 ClustalWClustalW是一種漸進(jìn)的多序列比對(duì)方法，先將多個(gè)序列兩兩比對(duì)構(gòu)建距離矩陣，反應(yīng)序列之間兩兩關(guān)系；然后根據(jù)距離矩陣計(jì)算產(chǎn)生系統(tǒng)進(jìn)化指導(dǎo)樹，對(duì)關(guān)系密切的序列進(jìn)行加權(quán)；然后從最緊密的兩條序列開始，逐步引入臨近的序列并不斷重新構(gòu)建比對(duì)，直到所有序列都被加入為止。這是一筆巨大的財(cái)富，任何政府的科技決策人都不能對(duì)此視而不見。首先是網(wǎng)絡(luò)技術(shù)和數(shù)據(jù)庫（特別是關(guān)系型數(shù)據(jù)庫）管理技術(shù)，包括極為重要的實(shí)驗(yàn)室數(shù)據(jù)信息管理系統(tǒng)（LIMS）。首先以蛋白質(zhì)的序列為依據(jù)來預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的物理性質(zhì)，如分子量、等電點(diǎn)、親水性和疏水性、跨膜區(qū)域、信號(hào)肽和蛋白定位等。（2）結(jié)構(gòu)比對(duì)預(yù)測(cè)法結(jié)構(gòu)對(duì)比的基本問題是比較兩個(gè)或兩個(gè)以上蛋白質(zhì)分子空間結(jié)構(gòu)的相似性或不相似性；蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)包括二級(jí)和三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)。（1）序列比對(duì)預(yù)測(cè)法序列比對(duì)是以核酸和蛋白質(zhì)序列為依據(jù)，來比較兩個(gè)或兩個(gè)以上核酸或蛋白質(zhì)在堿基(A、T、C、G)、氨基酸(20個(gè)氨基酸)水平上的相似性和不相似性。一條途徑功能的中斷可能引起嚴(yán)重的疾病,如癌癥。古細(xì)菌EM與ED途徑具有與真核生物及細(xì)菌經(jīng)典的EM與ED途徑顯著不同的特點(diǎn)。在缺氧條件下丙酮酸被還原為乳酸，有氧條件下丙酮酸可進(jìn)一步氧化分解生成乙酰CoA進(jìn)入三羧酸循環(huán)，生成CO2和H2O。因此,很多古細(xì)菌可以作為研究真核生物DNA代謝過程的模型,是較好的模式生物。隨著基因組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)的發(fā)展,生物信息學(xué)在數(shù)據(jù)處理中的應(yīng)用已經(jīng)越來越廣泛。序列比對(duì)是生物信息學(xué)中的一個(gè)基本問題, 設(shè)計(jì)快速而有效的序列比對(duì)算法是生物信息學(xué)研究的一個(gè)重要內(nèi)容, 通過序列比較可以發(fā)現(xiàn)生物序列中的功能、結(jié)構(gòu)和進(jìn)化的信息, 序列比較的基本操作是比對(duì)。其最適生長溫度為攝氏95105℃,分類上屬廣古細(xì)菌。古細(xì)菌，作為生命的“第三種形式”，其生理習(xí)性、代謝途徑、遺傳機(jī)制等均呈現(xiàn)出不同于真核生物與細(xì)菌的特點(diǎn)。從1994年開始,《核酸研究》雜志每年第一期是生物數(shù)據(jù)庫專輯。目前對(duì)于途徑的研究已經(jīng)成為一個(gè)非?；钴S的領(lǐng)域。兩兩序列比對(duì)是比較兩序列之間的相似性區(qū)域和保守位點(diǎn)來尋找兩序列可能存在的歷史進(jìn)化關(guān)系。后者主要是從觀察和總結(jié)已知結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)規(guī)律出發(fā)來預(yù)測(cè)未知蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)。蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)有兩種策略:以單一序列為基礎(chǔ)和以多重序列對(duì)齊為依據(jù)的分析方法。它既屬于基礎(chǔ)研究，以探索生物學(xué)自然學(xué)自然規(guī)律為己任；又屬于應(yīng)用研究，它的許多研究成果可以較快或立即產(chǎn)業(yè)化，成為價(jià)值很高的產(chǎn)品。美國出現(xiàn)了大批的基于生物信息學(xué)的公司，實(shí)施了許多生物信息學(xué)研究計(jì)劃，主要與藥物設(shè)計(jì)，基因工程藥物，生物芯片，代謝工程與化學(xué)工程密切相關(guān)。在比對(duì)過程中，相似性程度較高的序列先進(jìn)行比對(duì)而距離較遠(yuǎn)的序列添加在后面。BLAST是一套在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫或DNA數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行相似性比較的分析工具。 FASTA格式FASTA算法是1985年由Pearson和Lipman提出并在1988年做了進(jìn)一步改進(jìn)的雙序列比對(duì)啟發(fā)式算法，采用了改進(jìn)了的Wobir和Lipman算法以集中反映具有顯著意義的比對(duì)結(jié)果。FASTA較mithWaterman快速而精確性相近。同時(shí)研究多個(gè)序列中的保守區(qū)域，就可以猜測(cè)這些區(qū)域?qū)Φ鞍踪|(zhì)結(jié)構(gòu)、功能的重要性，從而進(jìn)行分子設(shè)計(jì)。（5）酶類等電點(diǎn)的查詢。圖6圖7 選擇圖7中的五個(gè)蛋白，得到其氨基酸序列，用fasta格式粘貼至文本文檔。參考文獻(xiàn)[1] 劉波，倪金鳳， horikoshii幾丁二糖脫乙酰酶的克隆、表達(dá)及性質(zhì)研究[J].，46(2)：255–258[2] 張曉東，張傳富，[J].生物信息學(xué)，2006，（3）:143145[3] 張成崗，賀福初．生物信息學(xué)方法與實(shí)踐[M].北京：科學(xué)出版社，2006[4] 劉蓉，劉軍萬．生物信息學(xué)中途徑研究進(jìn)展[J].，（1），8387[8] [J].大連大學(xué)學(xué)報(bào)，2004，25(4)：7578[6] [J].，102（06）：57[7] 曹順良，張忠平，——一個(gè)生物信息學(xué)數(shù)據(jù)集成系統(tǒng)[J].微計(jì)算機(jī)應(yīng)用，2005，(1)：5962[8] 蔣彥，王小行，[M].北京：清華大學(xué)出版社，2003[9] 蔡小寧，陳茜，[J].安徽農(nóng)業(yè)科學(xué)2008 ，36(3) :914916[10] 孫志茹，韓濤，[J].圖書情報(bào)工作，2008，52(2):8891[11] 蔣明， [J].浙江大學(xué)學(xué)報(bào)(農(nóng)業(yè)與生命科學(xué)版)，2008，34(1)：16[12] 謝民主，[J]：吉首大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版)，2008，29（3）：4244[13] 陳銘. 整合生物信息學(xué)[J].計(jì)算機(jī)教育 , 2006,(09)[14] [M].北京：第四軍醫(yī)大學(xué)出版社,2002[15] [M].北京：科技出版社，2004[15] Schwede T,Kopp J ,Guex N, Peitsch MC. SWISSMODEL[J].An automated protein homologymodeling Acids ,31(13):3335[14] Peitsch MC,Jongeneel model for the CD40 ligand predicts that it is a pact trimer similar to the tumor necrosis factors. Int. Immunol. 5:233238.[16] Peitsch MC (1995) ProMod: automated knowledgebased protein modelling tool. PDB Quarterly Newsletter 72:4.[17] BENSON D A ,KARSCH2MIZRACHI I ,LIPMAN D J ,et al. GenBank :Update [J ] .Nucl. Acids Res. ,2004 ,32 :23 26.[18] KULIKOVA T,ALDEBERT P ,ALTHORPE N ,et al. The EMBL Nucleotide Sequence Database [J ] . Nucl. Acids Res. ,2004 ,32 :2730.[19] MIYAZAKI S ,SUGAWARA H ,IKEO K,et in the Stream of Various Biological Data [J ] . Nucl. Acids Res. ,2004 ,32 :31 34.[20] BOECKMANN B ,BAIROCH A ,APWEILER R ,et al. The SWISS2PROT Protein Knowledgebase and