生物信息學(xué)軟件介紹-文庫(kù)吧資料
2025-01-22 11:18本頁(yè)面
【正文】 點(diǎn) ? 可能的錯(cuò)誤引發(fā)位點(diǎn)決定于引物序列組成與模板序列組成的相似性 ， 相似性高則錯(cuò)誤引發(fā)率高 ， 錯(cuò)誤引發(fā)的引發(fā)率一般不要高過(guò) 100， 最好沒(méi)有錯(cuò)誤引發(fā)位點(diǎn) ， 如此可以保證不出非目的產(chǎn)物的假帶 。 引物設(shè)計(jì)要點(diǎn) ? ΔG值反映了引物與模板結(jié)合的強(qiáng)弱程度 ， 也是一個(gè)重要的引物評(píng)價(jià)指標(biāo) ， 一般情況下 ， 在Oligo ΔG值窗口中 ， 引物的 ΔG值最好呈正弦曲線形狀 ， 即 5’端和中間部分 ΔG值較高 ，而 3’端 ΔG值相對(duì)較低 ， 且不要超過(guò) 9（ ΔG值為負(fù)值 ， 這里取絕對(duì)值 ） ， 如此則有利于正確引發(fā)反應(yīng)而可防止錯(cuò)誤引發(fā) 。 上下游引物的 GC含量不能相差太大 。 ? 引物 3’端的堿基一般不用 A， 因?yàn)?A在錯(cuò)誤引發(fā)位點(diǎn)的引發(fā)效率相對(duì)比較高 ， 而其它三種堿基的錯(cuò)誤引發(fā)效率相對(duì)小一些 。 圍繞這幾條基本原則，設(shè)計(jì)引物需要考慮諸多因素，如： ? 引物長(zhǎng)度（ primer length）， ? 產(chǎn)物長(zhǎng)度（ product length）， ? 序列 Tm值 (melting temperature)， ? ΔG值 (internal stability)， ? 引物二聚體及發(fā)夾結(jié)構(gòu)（ duplex formation and hairpin）， ? 錯(cuò)誤引發(fā)位點(diǎn)（ false priming site）， ? 引物及產(chǎn)物 GC含量（ position），有時(shí)還要對(duì)引物進(jìn)行修飾，如增加限制酶切點(diǎn)，引進(jìn)突變等。 對(duì)計(jì)算機(jī)要求很高 。 ? 序列與結(jié)構(gòu)關(guān)系的根源在于“蛋白質(zhì)折疊的問(wèn)題”，這是近期研究關(guān)注的焦點(diǎn)。前者要求必需得到高標(biāo)準(zhǔn)的蛋白晶體，后者對(duì)分子量大于 3萬(wàn)的大蛋白不能測(cè)定。 PDB及MMDB數(shù)據(jù)庫(kù)目前仍然禁止收錄軟件預(yù)測(cè)出來(lái)的蛋白高級(jí)結(jié)構(gòu)模型。給信號(hào)序列各個(gè)位置每種可能出現(xiàn)的核苷酸分配一個(gè)分?jǐn)?shù)，將各位置分?jǐn)?shù)相加后得出該序列作為潛在作用位點(diǎn)的分?jǐn)?shù)。蛋白跨膜區(qū)域分析，信號(hào)肽潛在斷裂點(diǎn)預(yù)測(cè)。生物信息學(xué)軟件及使用技巧 劉吉平 內(nèi)容概要 生物信息學(xué)軟件的主要功能簡(jiǎn)介 1. 分析和處理實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)和公共數(shù)據(jù)，加快研究進(jìn)度，縮短科研時(shí)間 2. 提示、指導(dǎo)、替代實(shí)驗(yàn)操作，利用對(duì)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的分析所得的結(jié)論設(shè)計(jì)下一階段的實(shí)驗(yàn)
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