【正文】 家族保守區(qū)域和功能位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù)，也是第一個(gè)蛋白質(zhì)序列二次數(shù)據(jù)庫(kù)， 收錄蛋白質(zhì)家族中同源序列多重比對(duì)所確定的保守性區(qū)域 ：如酶活性位點(diǎn)、配體結(jié)合位點(diǎn)、金屬離子結(jié)合位點(diǎn)、其它蛋白質(zhì)結(jié)合位點(diǎn)等已知具有重要生物學(xué)功能蛋白質(zhì)位點(diǎn)和序列模式。 PRK08026 /db_xref=CDD:76379 Region 29..163 /region_name=Flagellin_N /note=Bacterial flagellin Nterminus. Flagellins polymerise to form bacterial flagella. This family includes flagellins and hook associated protein 3。 Enterobacteriaceae。 Gammaproteobacteria。 GenPept蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)實(shí)例 LOCUS AAA27072 490 aa linear BCT 26APR1993 DEFINITION phase1 flagellar filament protein. ACCESSION AAA27072 VERSION GI:153979 DBSOURCE locus STYFLGH1I accession KEYWORDS . SOURCE Salmonella typhimurium ORGANISM Salmonella typhimurium Bacteria。GenPept數(shù)據(jù)量大，隨核酸數(shù)據(jù)庫(kù)的更新而更新，但未經(jīng)實(shí)驗(yàn)證實(shí)，也未有詳細(xì)注釋。 ? 利用 UniProt 可方便的進(jìn)行蛋白質(zhì)序列的交互檢索， Salmonella typhimurium H1項(xiàng)鞭毛蛋白 P06176的 UniProt檢索截圖如下。 如圖 67所示 圖 67 UniProt網(wǎng)站主頁(yè) ?UniProt包含 UniProtKB、 UniRef 和 UniParc 3個(gè)部分： （ 1） UniProtKB數(shù)據(jù)庫(kù) （ UniProt Knowledgebase）：蛋白質(zhì)序列、功能、分類(lèi)、交叉引用等信息存取中心； （ 2） UniRef數(shù)據(jù)庫(kù) （ UniProt Reference Clusters）：為提高檢索的速度，將緊密相關(guān)的蛋白質(zhì)序列合并到同一條記錄中。 ? TrEMBL網(wǎng)址： 4. UniProt ? UniProt將 SWISSPROT、 PIR、 TrEMBL三個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)合并。 ?主要包含從 EMBL/ Genbank/DDBJ三大核酸數(shù)據(jù)庫(kù)中根據(jù)編碼序列翻譯的、尚未集成到 SWISSPROT數(shù)據(jù)庫(kù)中的蛋白質(zhì)序列。 PIR是第一個(gè)蛋白質(zhì)分類(lèi)和功能注釋數(shù)據(jù)庫(kù) ? PIR作用： ? 提供基于文本的交互式檢索、序列相似性 搜索以及結(jié)合序列相似性、注釋信息和蛋白質(zhì)家族信息的高級(jí)檢索。 MAQVINTNSL SLLTQNNLNK SQSALGTAIE RLSSGLRINS AKDDAAGQAIANRFTANIKG LTQASRNAND GISIAQTTEG ALNEINNNLQ RVRELAVQSA NSTNSQSDLD SIQAEITQRL NEIDRVSGQT QFNGVKVLAQ DNTLTIQVGA NDGETIDIDL KQINSQTLGLDTLNVKYK VSDTAATVTG YADTTIALDN STFKASATGL GGTDQKIDGDLKFDDTTGKYYAKVTVTGGT GKDGYYEVSV DKTNGEVTLA GGATSPLTGGLPATATEDVKNVQVANADLTEAKAALTAAG VTGTASVVKM SYTDNNGKTI DGGLAVKVGD DYYSATQNKD GSISINTTKYTADDGTSKTA LNKLGGADGK TEVVSIGGKT YAASKAEGHN FKAQPDLAEA AATTTENPLQKIDAALAQVD TLRSDLGAVQ NRFNSAITNL GNTVNNLTSA RSRIEDSDYA TEVSNMSRAQ ILAGTSVL AQANQVPQNV LSLLR // 序列標(biāo)頭 蛋白質(zhì)序列 記錄結(jié)束 2. PIR ? PIR的子數(shù)據(jù)庫(kù)： 蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)（ PIRPSD） 蛋白質(zhì)分類(lèi)數(shù)據(jù)庫(kù)（ iProClass） 非冗余的蛋白質(zhì)參考資料數(shù)據(jù)庫(kù)（ PIRNREF） ?PIR數(shù)據(jù)庫(kù)按照數(shù)據(jù)性質(zhì)和注釋層次分四個(gè)部分： PIR1序列已經(jīng)驗(yàn)證，注釋最為詳盡 ； PIR2為尚未確定的冗余序列； PIR3序列既未檢驗(yàn)，也未注釋?zhuān)? PIR4序列來(lái)自其它渠道，既未驗(yàn)證，也無(wú)注釋。 51612 MW。 Complete proteome。 A=1495. 相關(guān)內(nèi)容 評(píng)注功能 其他特性 相似性 交叉引用數(shù)據(jù)庫(kù) EMBL核酸序列 數(shù)據(jù)庫(kù) PIR蛋白序列 數(shù)據(jù)庫(kù) PDB蛋白結(jié)構(gòu) 數(shù)據(jù)庫(kù) PE 1: Evidence at protein level。 1UCU。 Model。 A=54451. DR PDB。 1IO1。 S16121。 A24262。 。 J01801。 。 X51740。 。 AE008787。 。 D13689。 。 M11332。 RL J. Biol. Chem. 260:1575815761(1985). 序列標(biāo)識(shí) 序列編號(hào) 登錄日期 描述 基因名稱(chēng) 來(lái)源物種 物種分類(lèi) 物種分類(lèi)號(hào) 引文序號(hào) 引文位置 交叉引用 引文作者 引文標(biāo)題 引文出處 SWISSPROT 數(shù)據(jù)庫(kù)條目實(shí)例 RN [9] RP NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC DNA] OF 476495. RC STRAIN=LT2 / ATCC 23564。 RA Joys .。 RN [1] RP NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC DNA]. RX MEDLINE=86059460。 Enterobacteriaceae。 Gammaproteobacteria。 OS Salmonella typhimurium. OC Bacteria。 Synonyms=flaF, hag。 Q56088。 P97 ID FLIC_SALTY Reviewed。SWISSPROT數(shù)據(jù)由數(shù)據(jù)行排列組成，數(shù)據(jù)格式與 EMBL數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)格式基本相同（見(jiàn)表 63）。 ? SWISSPROT將廣泛收集的相關(guān)數(shù)據(jù)進(jìn)行合并，且與蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)（ PDB）等其他數(shù)據(jù)庫(kù)交互索引。 二、蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù) 圖 66 SwissProt數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)站主頁(yè) ? SWISSPROT數(shù)據(jù)庫(kù)內(nèi)容 核心數(shù)據(jù) ：包括蛋白質(zhì)序列、引用文獻(xiàn)、分類(lèi)信息等。 ? GDB的網(wǎng)址是： ? （ 一 ） 蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù) 常用的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)有 SWISSPROT、PIR、 TrEMBL、 UniProt、 GenPept等 ， 分述如下 。為方便檢索 DDBJ主頁(yè)可進(jìn)行日文和英文互換。 ? EMBL網(wǎng)址： ? SRS的網(wǎng)址： ? WEBIN網(wǎng)址： align/? Sequin網(wǎng)址： 2. EMBL核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù) ? DDBJ核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)創(chuàng)建于 1986年，由 日本國(guó)家遺傳學(xué)研究所 負(fù)責(zé)維護(hù)和管理。 ? NCBI網(wǎng)址： ? BankIt網(wǎng)址： ? Sequin網(wǎng)址： ? Genebank網(wǎng)址： ? Entrez gene網(wǎng)址： ? Entrez crossdatabase網(wǎng)址： （ 2）向 Genbank提交序列數(shù)據(jù) ? EMBL核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù) 創(chuàng)建于 1982年，由歐 洲生物信息學(xué)研究所 (EBI)管理維護(hù)。 Salmonella. REFERENCE 1 (bases 1 to 1485) AUTHORS Joys,. TITLE The covalent structure of the phase1 flagellar filament protein of Salmonella typhimurium and its parison with other flagellins JOURNAL J. Biol. Chem. 260 (29), 1575815761 (1985) PUBMED 2999134 序列標(biāo)識(shí) 簡(jiǎn)單描述 序列編號(hào) 版本號(hào) 關(guān)鍵詞 物種來(lái)源 物種分類(lèi) 引文編號(hào) 引文作者 引文標(biāo)題 引文出處 COMMENT Original source text: SL877 DNA. Draft entry and clean copy sequence for [1] kindly provided by , 18FEB1986. Individual Salmonella serotypes usually alternate between the production of two antigenic forms of flagella, termed phase1 and phase2, each specified by separate structural genes. Both ends of the flagellin gene act in the regulation of flagellin synthesis. FEATURES Location/Qualifiers source 1..1485 /anism=Salmonella typhimurium /mol_type=genomic DNA /db_xref=taxon:602 CDS 13..1485 /note=phase1 flagellar filament protein /codon_start=1 /transl_table=11 /protein_id= /db_xref=GI:153979 評(píng)注 特征表 編碼區(qū) /translation=MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDD AAGQAIANRFTANIKGLTQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELAVQSANS TNSQSDLDSIQAEITQRLNEIDRVNGQTQFSGVKVLAQDNTLTIQVGANDGETIDIDL KQINSQTLGLDTLNVKYKVSDTAATVTGYADTTIALDNSTFKASATGLGGTDEKID GDLKFDDTTGKYYAKVTVTGGTGKDGYYEVSVDKTNGEVTLAAVTPATVTTATALSGK MYSANPDSDIAKAALTAAGVTGTASVVKMSYTDNNGKTIDGGLAVKVGDDYYSATQDK DGSISIDTTKYTADNGTSKTALNKLGGADGKTEVVTIDGKTYNASKAAGHDFKAEPEL AEQAAKTTENPLQKIDAALAQVDTLRSDLGAVQNRFNSAITNLGNTVNNLSSARSRIE