生物信息學軟件介紹-文庫吧資料
2025-08-10 17:48本頁面
【正文】 點 ? 可能的錯誤引發(fā)位點決定于引物序列組成與模板序列組成的相似性 ， 相似性高則錯誤引發(fā)率高 ， 錯誤引發(fā)的引發(fā)率一般不要高過 100， 最好沒有錯誤引發(fā)位點 ， 如此可以保證不出非目的產(chǎn)物的假帶 。 引物設(shè)計要點 ? ΔG值反映了引物與模板結(jié)合的強弱程度 ， 也是一個重要的引物評價指標 ， 一般情況下 ， 在Oligo ΔG值窗口中 ， 引物的 ΔG值最好呈正弦曲線形狀 ， 即 5’端和中間部分 ΔG值較高 ，而 3’端 ΔG值相對較低 ， 且不要超過 9（ ΔG值為負值 ， 這里取絕對值 ） ， 如此則有利于正確引發(fā)反應而可防止錯誤引發(fā) 。 上下游引物的 GC含量不能相差太大 。 ? 引物 3’端的堿基一般不用 A， 因為 A在錯誤引發(fā)位點的引發(fā)效率相對比較高 ， 而其它三種堿基的錯誤引發(fā)效率相對小一些 。 圍繞這幾條基本原則，設(shè)計引物需要考慮諸多因素，如： ? 引物長度（ primer length）， ? 產(chǎn)物長度（ product length）， ? 序列 Tm值 (melting temperature)， ? ΔG值 (internal stability)， ? 引物二聚體及發(fā)夾結(jié)構(gòu)（ duplex formation and hairpin）， ? 錯誤引發(fā)位點（ false priming site）， ? 引物及產(chǎn)物 GC含量（ position），有時還要對引物進行修飾，如增加限制酶切點，引進突變等。 對計算機要求很高 。 ? 序列與結(jié)構(gòu)關(guān)系的根源在于“蛋白質(zhì)折疊的問題”，這是近期研究關(guān)注的焦點。前者要求必需得到高標準的蛋白晶體，后者對分子量大于 3萬的大蛋白不能測定。 PDB及MMDB數(shù)據(jù)庫目前仍然禁止收錄軟件預測出來的蛋白高級結(jié)構(gòu)模型。給信號序列各個位置每種可能出現(xiàn)的核苷酸分配一個分數(shù)，將各位置分數(shù)相加后得出該序列作為潛在作用位點的分數(shù)。蛋白跨膜區(qū)域分析，信號肽潛在斷裂點預測。生物信息學軟件及使用技巧 劉吉平 內(nèi)容概要 生物信息學軟件的主要功能簡介 1. 分析和處理實驗數(shù)據(jù)和公共數(shù)據(jù)，加快研究進度，縮短科研時間 2. 提示、指導、替代實驗操作，利用對實驗數(shù)據(jù)的分析所得的結(jié)論設(shè)計下一階段的實驗
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