生物信息學(xué)4733545076-文庫吧資料
2025-04-10 23:37本頁面
【正文】 目的的不同，相應(yīng)設(shè)計引物的要求也不一樣。參考書目： 《生物信息學(xué)概論》 羅靜初 等譯， 北京大學(xué)出版社， 2002； 《基因表達序列標(biāo)簽（EST）數(shù)據(jù)分析手冊》 胡松年 等著， 浙江大學(xué)出版社， 2005。2. 使用CodonCode Aligner程序里的Clip Ends, Trim Vector, Assemble等功能，完成序列的剪切、去雜質(zhì)、組裝工作。在實驗過程中將用到一些本實驗室寫好的perl程序用于連接各數(shù)據(jù)庫和工具軟件。實驗四 ESTS分析實驗?zāi)康模菏煜な褂靡幌盗猩镄畔W(xué)分析工具對測序得到ESTs序列數(shù)據(jù)進行聚類處理，由此對獲得表達基因的豐度等相關(guān)信息，并且對這些表達基因進行功能的初步詮釋，為后續(xù)實驗通過設(shè)計RACE引物獲得全長基因，以及進一步的功能注釋和代謝途徑分析做好準(zhǔn)備。實驗報告：1. 整理好的符合Clustal的序列數(shù)據(jù)；2. 提交數(shù)據(jù)網(wǎng)頁記錄和各步驟記錄；3. 提供聚類圖和多序列聯(lián)配圖，并說明意義。在系統(tǒng)樹圖繪制完以后，輸入的所有序列按照得分高低被分成n1個組，然后再對組與組之間進行聯(lián)配，這一步用Myers和Miller算法實現(xiàn)。實驗原理：首先對于輸入的每一條序列，兩兩之間進行聯(lián)配，總共進行n*（n1）/2次聯(lián)配，這一步通過一種快速的近似算法實現(xiàn)，其得分用來計算指導(dǎo)樹，系統(tǒng)樹圖能用于指導(dǎo)后面進行的多序列聯(lián)配的過程。參考書目： 《生物信息學(xué)概論》 羅靜初 等譯， 北京大學(xué)出版社， 2002； 《生物信息學(xué)實驗指導(dǎo)》 胡松年 等著， 浙江大學(xué)出版社， 2003； 。實驗內(nèi)容：1. 向網(wǎng)上BLAST服務(wù)器提交序列，得到匹配結(jié)果；2. 本地使用BLAST，格式化庫文件，輸入命令行得到匹配結(jié)果；3. 對結(jié)果文件進行簡要描述，闡述生物學(xué)意義。實驗二 利用BLAST進行序列比對實驗?zāi)康模毫私釨LAST及其子程序的原理和基本參數(shù)，熟練地應(yīng)用網(wǎng)絡(luò)平臺和Linux計算平臺進行本地BLAST序列比對，熟悉BLAST結(jié)果的格式和內(nèi)容并能描述其主要意義，同時比較網(wǎng)上平臺和本地平臺的優(yōu)缺點。實驗報告
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