生物信息學(xué)新進(jìn)展-文庫(kù)吧資料
2024-10-08 15:37本頁(yè)面
【正文】 USA)討論了治療藥物開(kāi)發(fā)中發(fā)現(xiàn)新的分子靶的過(guò)程，著重討論了基因發(fā)現(xiàn)方法。四、制藥先導(dǎo)的發(fā)現(xiàn)S. Burgess(Structural Bioinformatics, San Diego, CA, USA)討論了填補(bǔ)基因組學(xué)和藥物設(shè)計(jì)之間鴻溝的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中的計(jì)算問(wèn)題。聯(lián)合使用CORBA和Java可以開(kāi)發(fā)各種通過(guò)一個(gè)公用用戶界面訪問(wèn)任何種類的數(shù)據(jù)或軟件工具的網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用軟件，也包括生物信息學(xué)應(yīng)用軟件。但是，軟件技術(shù)的發(fā)展已得到了其它領(lǐng)域如金融業(yè)和制造業(yè)的發(fā)展經(jīng)驗(yàn)的借鑒，可以使來(lái)自不同軟件商的遠(yuǎn)行于各種硬件系統(tǒng)的軟件共同工作。該系統(tǒng)可以與其它測(cè)序儀的數(shù)據(jù)集成，并可方便地與其它軟件包自動(dòng)調(diào)用，為測(cè)序儀與序列數(shù)據(jù)的集成提供了一種開(kāi)放的、可擴(kuò)展的生物信息學(xué)平臺(tái)。該數(shù)據(jù)庫(kù)中最大比例的蛋白質(zhì)是酶，其次則為轉(zhuǎn)運(yùn)和調(diào)控蛋白。Ocelot支持略圖展開(kāi)(schema evolution)并采用一種新的最優(yōu)化并行控制機(jī)制(同時(shí)進(jìn)行多項(xiàng)訪問(wèn)數(shù)據(jù)的過(guò)程），其略圖驅(qū)動(dòng)圖形編輯器提供了交互式瀏覽和編輯功能，其注釋系統(tǒng)支持?jǐn)?shù)據(jù)庫(kù)開(kāi)發(fā)者之間的結(jié)構(gòu)通訊。Markowitz還討論了對(duì)象協(xié)議模型(object protocol model, OPM)，并介紹了支持以下用途的工具：建立用于文本文件或者關(guān)系MDBs的OPM視圖；將MDBs作成一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)目錄，提供MDB名稱、定位、主題、獲取信息和MDB間鏈接等信息；說(shuō)明、處理和解釋多數(shù)據(jù)庫(kù)查詢。許多方案當(dāng)前正在促進(jìn)搜索多種不同來(lái)源MDBs的數(shù)據(jù)，包括建立數(shù)據(jù)倉(cāng)庫(kù)；這要求對(duì)各種MDBs有一種全局觀，并從成員MDBs中裝填數(shù)據(jù)入中心數(shù)據(jù)倉(cāng)庫(kù)。共享標(biāo)志的坐標(biāo)之間的對(duì)應(yīng)性容許同等于所有其它圖譜的標(biāo)準(zhǔn)圖譜的分配。為此目的，該數(shù)據(jù)庫(kù)使用了一種公用坐標(biāo)系統(tǒng)(mon coordinate system)來(lái)排列這些圖譜。三、新的數(shù)據(jù)工具S. Letovsky(Johns Hopkins University, Baltimore, MD, USA)介紹了GDB數(shù)據(jù)庫(kù)，它由每條人類染色體的許多不同圖譜組成，包括細(xì)胞遺傳學(xué)、遺傳學(xué)、放射雜交和序列標(biāo)簽位點(diǎn)(STS)的內(nèi)容，以及由不同研究者用同種方法得到的圖譜。為了確定這些序列的功能，結(jié)構(gòu)必須確定。M. Levitt(Staanford University, Palo Alto, CA, USA)討論了蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)和一種單純從序列數(shù)據(jù)對(duì)功能自動(dòng)建模的方法。蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)之間的最有趣的關(guān)系經(jīng)常在分歧的序列中得以表現(xiàn)，因而區(qū)分得分低(lowscoring)但生物學(xué)關(guān)系顯著的序列與得分高而生物學(xué)關(guān)系較不顯著的序列是重要的。(University of California, San Francisco, CA, USA)討論了通過(guò)數(shù)據(jù)庫(kù)搜索來(lái)識(shí)別遠(yuǎn)緣蛋白質(zhì)的方法。比較蛋白質(zhì)建模(parative protein modelling)也稱為同源建模(homology modelling)，即利用實(shí)驗(yàn)確定的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)為模板來(lái)預(yù)測(cè)另一種具有相似氨基酸序列的蛋白質(zhì)（靶）的構(gòu)象。EpoDB有可能指導(dǎo)實(shí)驗(yàn)人員發(fā)現(xiàn)不可能用傳統(tǒng)實(shí)驗(yàn)方法得到的紅系發(fā)育的新的
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