生物信息學(xué)4733545076-全文預(yù)覽
【正文】 三級(jí)結(jié)構(gòu)分析的一些工具，了解與蛋白質(zhì)功能分析相關(guān)的數(shù)據(jù)庫(kù)，如：SwissProt蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)、PDB結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)等。Rasmol除了圖形界面中的一些功能外，該程序的命令行方式有著很強(qiáng)大的功能。最后設(shè)計(jì)已知全長(zhǎng)基因序列的PCR擴(kuò)增引物。參考書目： 《生物信息學(xué)概論》 羅靜初 等譯， 北京大學(xué)出版社， 2002； 《基因表達(dá)序列標(biāo)簽（EST）數(shù)據(jù)分析手冊(cè)》 胡松年 等著， 浙江大學(xué)出版社， 2005。在實(shí)驗(yàn)過程中將用到一些本實(shí)驗(yàn)室寫好的perl程序用于連接各數(shù)據(jù)庫(kù)和工具軟件。實(shí)驗(yàn)報(bào)告：1. 整理好的符合Clustal的序列數(shù)據(jù)；2. 提交數(shù)據(jù)網(wǎng)頁(yè)記錄和各步驟記錄；3. 提供聚類圖和多序列聯(lián)配圖，并說明意義。實(shí)驗(yàn)原理：首先對(duì)于輸入的每一條序列，兩兩之間進(jìn)行聯(lián)配，總共進(jìn)行n*（n1）/2次聯(lián)配，這一步通過一種快速的近似算法實(shí)現(xiàn)，其得分用來(lái)計(jì)算指導(dǎo)樹，系統(tǒng)樹圖能用于指導(dǎo)后面進(jìn)行的多序列聯(lián)配的過程。實(shí)驗(yàn)內(nèi)容：1. 向網(wǎng)上BLAST服務(wù)器提交序列，得到匹配結(jié)果；2. 本地使用BLAST，格式化庫(kù)文件，輸入命令行得到匹配結(jié)果；3. 對(duì)結(jié)果文件進(jìn)行簡(jiǎn)要描述，闡述生物學(xué)意義。實(shí)驗(yàn)報(bào)告：1. 各網(wǎng)站網(wǎng)址及特征描述；2. 代表性數(shù)據(jù)的下載和生物學(xué)意義的描述；3. 討論：這些生物信息學(xué)相關(guān)網(wǎng)站的信息資源，可以被那些生物信息學(xué)研究所利用。其他選修者按照課時(shí)和學(xué)校相關(guān)規(guī)定計(jì)算創(chuàng)新學(xué)分。生物信息學(xué)作為新型交叉應(yīng)用學(xué)科，可以依托本校已有的計(jì)算機(jī)科學(xué)、信息學(xué)、生物學(xué)和數(shù)學(xué)等學(xué)科優(yōu)勢(shì)，充分展現(xiàn)投入少、見效快、起點(diǎn)高的特色，推動(dòng)學(xué)校學(xué)科建設(shè)和本科教學(xué)水平。目前生物信息學(xué)的研究領(lǐng)域主要包括基于生物序列數(shù)據(jù)的整理和注釋、生物信息挖掘工具開發(fā)及利用這些工具揭示生物學(xué)基礎(chǔ)理論知識(shí)等領(lǐng)域。限選《生物信息學(xué)及實(shí)驗(yàn)》的生物技術(shù)專業(yè)本科生至少選擇其中5個(gè)實(shí)驗(yàn)，并不少于8個(gè)學(xué)時(shí)。實(shí)驗(yàn)內(nèi)容：1. 瀏覽和搜索至少10個(gè)國(guó)外和至少5個(gè)國(guó)內(nèi)生物信息學(xué)相關(guān)網(wǎng)站，并描述網(wǎng)站特征；2. 下載各網(wǎng)站的代表性數(shù)據(jù)各10條（組）以上，并說明其生物學(xué)意義；3. 討論各網(wǎng)站適合做何種生物信息學(xué)研究的平臺(tái)，并設(shè)計(jì)一個(gè)研究設(shè)想。
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