生物信息學(xué)4733545076(更新版)
【正文】 內(nèi)容：1. 下載perl程序在Windows和Linux下的安裝包并進(jìn)行安裝；2. 編寫簡(jiǎn)單的perl程序，并學(xué)會(huì)debug；3. 編寫具有簡(jiǎn)單功能的堿基處理perl程序。實(shí)驗(yàn)七 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)功能分析實(shí)驗(yàn)?zāi)康模赫莆盏鞍踪|(zhì)一級(jí)、二級(jí)和三級(jí)結(jié)構(gòu)分析的一些工具，了解與蛋白質(zhì)功能分析相關(guān)的數(shù)據(jù)庫(kù)，如：SwissProt蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)、PDB結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)等。最后設(shè)計(jì)已知全長(zhǎng)基因序列的PCR擴(kuò)增引物。在實(shí)驗(yàn)過(guò)程中將用到一些本實(shí)驗(yàn)室寫好的perl程序用于連接各數(shù)據(jù)庫(kù)和工具軟件。實(shí)驗(yàn)原理：首先對(duì)于輸入的每一條序列，兩兩之間進(jìn)行聯(lián)配，總共進(jìn)行n*（n1）/2次聯(lián)配，這一步通過(guò)一種快速的近似算法實(shí)現(xiàn)，其得分用來(lái)計(jì)算指導(dǎo)樹，系統(tǒng)樹圖能用于指導(dǎo)后面進(jìn)行的多序列聯(lián)配的過(guò)程。實(shí)驗(yàn)報(bào)告：1. 各網(wǎng)站網(wǎng)址及特征描述；2. 代表性數(shù)據(jù)的下載和生物學(xué)意義的描述；3. 討論：這些生物信息學(xué)相關(guān)網(wǎng)站的信息資源，可以被那些生物信息學(xué)研究所利用。生物信息學(xué)作為新型交叉應(yīng)用學(xué)科，可以依托本校已有的計(jì)算機(jī)科學(xué)、信息學(xué)、生物學(xué)和數(shù)學(xué)等學(xué)科優(yōu)勢(shì)，充分展現(xiàn)投入少、見(jiàn)效快、起點(diǎn)高的特色，推動(dòng)學(xué)校學(xué)科建設(shè)和本科教學(xué)水平。限選《生物信息學(xué)及實(shí)驗(yàn)》的生物技術(shù)專業(yè)本科生至少選擇其中5個(gè)實(shí)驗(yàn)，并不少于8個(gè)學(xué)時(shí)。實(shí)驗(yàn)原理：利用實(shí)驗(yàn)一下載的核算和蛋白質(zhì)序列，提交到NCBI或者其他擁有BLAST運(yùn)算平臺(tái)的網(wǎng)頁(yè)上，觀察其基本參數(shù)設(shè)定庫(kù)文件類型，并得到計(jì)算結(jié)果；同時(shí)在本地服務(wù)器上學(xué)會(huì)用formatdb格式化庫(kù)文件，并輸入BLAST命令進(jìn)行計(jì)算，獲得結(jié)果文件。實(shí)驗(yàn)內(nèi)容：1. 明確軟件所支持的輸入文件格式，搜集整理出合適的數(shù)據(jù)；2. 在Windows環(huán)境運(yùn)行Clustal X，在Linux環(huán)境運(yùn)行Clustal W；3. 實(shí)驗(yàn)結(jié)果及分析，用TREEV32或Njplotwin95生成NJ聚類圖。實(shí)驗(yàn)報(bào)告：1. 實(shí)驗(yàn)各步驟記錄和中間結(jié)果文件；2. 舉例簡(jiǎn)要說(shuō)明結(jié)果文件中數(shù)據(jù)的生物學(xué)意義。實(shí)驗(yàn)原理：目前在結(jié)構(gòu)生物學(xué)領(lǐng)域有許多圖形顯示的程序，每個(gè)都有自己不同的特點(diǎn)。實(shí)驗(yàn)報(bào)告：1. 闡述實(shí)驗(yàn)步驟；2. 記錄實(shí)驗(yàn)結(jié)果；3. 對(duì)實(shí)驗(yàn)進(jìn)
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