生物信息學4733545076-wenkub
2023-04-19 23:37:33 本頁面
【正文】 胡松年 等著， 浙江大學出版社， 2003。實驗一 熟悉生物信息學網(wǎng)站及其數(shù)據(jù)的生物學意義實驗目的：培養(yǎng)學生利用互聯(lián)網(wǎng)資源獲取生物信息學研究前沿和相關(guān)數(shù)據(jù)的能力，熟悉生物信息學相關(guān)的一些重要國內(nèi)外網(wǎng)站，及其核酸序列、蛋白質(zhì)序列及代謝途徑等功能相關(guān)數(shù)據(jù)庫，學會下載生物相關(guān)的信息數(shù)據(jù)，了解不同的數(shù)據(jù)文件格式和其中重要的生物學意義。本實驗指導書中的8個實驗均設計為綜合性開發(fā)實驗，面向生物信息學院全體本科學生和研究生，以及全校對生物信息學感興趣的其他專業(yè)學生開放。生物信息學是上世紀90年代初人類基因組計劃(HGP)依賴，隨著基因組學、蛋白組學等新興學科的建立，逐漸發(fā)展起來的生物學、數(shù)學和計算機信息科學的一門交叉應用學科。生物信息學實驗室將提供系統(tǒng)的保障，包括采用mail服務器和linux帳號管理等進行實驗過程管理和支持。實驗原理：利用互聯(lián)網(wǎng)資源檢索相關(guān)的國內(nèi)外生物信息學相關(guān)網(wǎng)站，如：NCBI、SANGER、TIGR、KEGG、SWISSPORT、Ensemble、中科院北京基因組研究所、北大生物信息學中心等，下載其中相關(guān)的數(shù)據(jù)，如fasta、genbank格式的核算和蛋白質(zhì)序列、pathway等數(shù)據(jù)，理解其重要的生物學意義。實驗二 利用BLAST進行序列比對實驗目的：了解BLAST及其子程序的原理和基本參數(shù)，熟練地應用網(wǎng)絡平臺和Linux計算平臺進行本地BLAST序列比對，熟悉BLAST結(jié)果的格式和內(nèi)容并能描述其主要意義，同時比較網(wǎng)上平臺和本地平臺的優(yōu)缺點。參考書目： 《生物信息學概論》 羅靜初 等譯， 北京大學出版社， 2002； 《生物信息學實驗指導》 胡松年 等著， 浙江大學出版社， 2003； 。在系統(tǒng)樹圖繪制完以后，輸入的所有序列按照得分高低被分成n1個組，然后再對組與組之間進行聯(lián)配，這一步用Myers和Miller算法實現(xiàn)。實驗四 ESTS分析實驗目的：熟悉使用一系列生物信息學分析工具對測序得到ESTs序列數(shù)據(jù)進行聚類處理，由此對獲得表達基因的豐度等相關(guān)信息，并且對這些表達基因進行功能的初步詮釋，為后續(xù)實驗通過設計RACE引物獲得全長基因，以及進一步
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