常見的生物信息學(xué)軟件的介紹和文獻依據(jù)-wenkub
2023-04-22 03:26:23 本頁面
【正文】 ChIPseqR核小體定位和組蛋白修飾ChIPseq實驗分析21281468ChemmineR一個化合物挖掘（結(jié)構(gòu)相似性搜索和小分子聚類）R框架18596077Caryoscope在基因組環(huán)境中查看比較基因組雜交微陣列數(shù)據(jù)的一個開源Java應(yīng)用程序15488149BRATBW重亞硫酸鹽處理的片段的高效且準(zhǔn)確地比對22563065BlastR非編碼RNAs的快速且準(zhǔn)確地數(shù)據(jù)庫搜索21624887BioWarehouse一個生物信息學(xué)數(shù)據(jù)倉庫整合工具包16556315BioJavaJava語言編寫的一個生物信息學(xué)開源框架18689808BIGpre一個下一代測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估程序包22289480Extractor批量Blast提取器：一個自動的blastx剖析器應(yīng)用程序18831775BALL生物化學(xué)算法庫20973958ArrayExpress將ArrayExpress數(shù)據(jù)集導(dǎo)入到R/Bioconductor中19505942AnnotationSketch基因組注釋繪圖庫，基因組特征可視化19106120AMDA用于自動微陣列數(shù)據(jù)分析的一個R包16824223名稱簡介參考文獻備注ALINEArrayExpressHTS用于RNAseq數(shù)據(jù)處理和質(zhì)量評估的一個流程21233166BALLView用于分子建模研究和教育的一個工具16332707BayesPeak分析ChIPseq數(shù)據(jù)的一個R包，峰識別21245054BiNGO一個評估基因本體論類別在生物網(wǎng)絡(luò)中過代表的Cytoscape插件15972284biomaRt生物學(xué)數(shù)據(jù)庫（Ensembl）和微陣列數(shù)據(jù)分析（bioconductor）間的強力連接16082012birgHPC為生物信息學(xué)和分子動力學(xué)創(chuàng)建即時計算集群，自啟動linux發(fā)行版21398666Bowtie比對短DNA序列片段到大型基因組上的一個超快、內(nèi)存高效的程序19261174Brian一個Python編寫的脈沖神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模擬器19115011CEAS順式調(diào)控元件注釋系統(tǒng)，對ChIPchip，ChIPseq的峰進行注釋19689956ChIPDiff從ChIPseq數(shù)據(jù)中進行差異組蛋白修飾位點的全基因組識別的一種HMM方法18667444Chipster用于微陣列和其他高通量數(shù)據(jù)的用戶友好的分析軟件21999641Cobweb一個網(wǎng)絡(luò)瀏覽和可視化Java小程序21486937ConscriptRasMol到PyMOL的腳本轉(zhuǎn)換器21567873DAnTE一個定量分析組學(xué)數(shù)據(jù)（蛋白質(zhì)組、微陣列）的統(tǒng)計工具18453552DendroPy一個系統(tǒng)發(fā)生計算Python庫20421198EASE在基因列表中識別生物學(xué)主題，用于基因列表的快速生物學(xué)解釋14519205Eoulsan一個促進高通量測序分析的基于云計算的框架22492314EZViz用標(biāo)簽和按鈕簡化PyMOL中分子查看21638731FPV使用Java 3D進行快速蛋白質(zhì)可視化12761052Gap5編輯數(shù)十億的片段序列裝配20513662GeneNotes第一個允許用戶收集和管理有關(guān)基因/ESTs的多媒體生物信息的應(yīng)用程序15686593GenomeView使用動態(tài)導(dǎo)航和語義縮放動態(tài)地瀏覽高容量的比對短片段數(shù)據(jù)22102585GenPlay一個多用途基因組分析器和瀏覽器，識別各種微陣列和測序數(shù)據(jù)格式21596789GLITR基于對照數(shù)據(jù)的隨機采樣計算一個倍數(shù)變化以從ChIPSeq數(shù)據(jù)中提取轉(zhuǎn)錄因子靶點19553195GOlorize一個帶有基于本體論的布局和著色的Cytoscape網(wǎng)絡(luò)可視化插件17127678GRiP一個模擬原核生物中轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的計算工具22426343IGB整合基因組瀏覽器：用于基因組規(guī)模數(shù)據(jù)集的發(fā)布、探索、可視化19654113IVEE用基因型譜方法分析基因片段的組合模式，檢測甲型流感病毒的傳播和重組事件21824442JBrowse下一代基因組瀏覽器，通過平滑地動態(tài)移動，縮放，導(dǎo)航基因組注釋19570905JSBML一個處理SBML的靈活Java庫21697129KEGGtranslator可視化并轉(zhuǎn)變KEGG PATHWAY數(shù)據(jù)庫為各種格式21700675limmaGUI一個微陣列數(shù)據(jù)（雙色）線性建模圖形用戶界面15
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