常見的生物信息學(xué)軟件的介紹和文獻依據(jù)(文件)
【正文】 297296MAnorm一個魯棒的ChIPSeq數(shù)據(jù)集定量比較模型22424423MeQA一個MeDIPseq數(shù)據(jù)質(zhì)量評估和分析流程22199384MicroRazerS小RNA片段的快速比對19880369miRNAkey一個microRNA深度測序分析軟件20801911MutationFinder一個從文本中提取點突變提及的高性能系統(tǒng)17495998NMPP用戶可定制的NimbleGen微陣列數(shù)據(jù)處理流程17038341OMERO靈活的、模型驅(qū)動的實驗生物學(xué)數(shù)據(jù)（圖像）管理22373911p3d用于結(jié)構(gòu)生物信息學(xué)的Python模塊19698094PaVESy生物通路編輯和可視化數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)15105280PileLineGUI一個處理下一代測序研究中基因組位置文件的桌面環(huán)境21646339PsychoPy一個Python編寫的心理物理學(xué)軟件17254636pymzML質(zhì)譜數(shù)據(jù)高通量生物信息學(xué)Python模塊22302572RefPlus擴展RMA算法，消除因數(shù)據(jù)集變化而探針集信號變化的影響17623700Ringo一個分析ChIPchip數(shù)據(jù)的R/Bioconductor包17594472RNAmuteRNA二級結(jié)構(gòu)突變分析工具16638137RseqFlowRNASeq數(shù)據(jù)分析流程21795323SAMtools處理序列比對結(jié)果SAM格式的軟件19505943Sfixem用Java進行圖形化序列特征展示15087316Simrank快速且敏感的通用kmer搜索工具21524302SpotXplore在基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中進行熱點（差異表達子網(wǎng)絡(luò)）表達的可視化探索20861033STELLAR快速且準(zhǔn)確的局部比對22151882Tabix從通用TAB分割的文件中快速檢索序列特征21208982TileShuffle嵌合陣列數(shù)據(jù)中差異表達片段的檢測22492638TreeViewJ一個查看和分析系統(tǒng)發(fā)生樹的應(yīng)用程序17974028uShuffle一個洗牌生物序列而保留klet計數(shù)的有用工具18405375VennDiagram一個高度可定制的文氏圖和歐拉圖生成R包21269502WordCloud一個創(chuàng)建網(wǎng)絡(luò)可視化語義概要的Cytoscape插件21473782ZOOM快速比對大量短片段到參考基因組18684737。Zerg一個非?？焖俚腂LAST解析器庫12761068VennMaster廣義的文氏圖，一種可視化復(fù)雜遺傳集合關(guān)系的新方法15572472VARNARNA二級結(jié)構(gòu)的交互式繪制和編輯19398448UMLSQuery查詢UMLS（統(tǒng)一醫(yī)學(xué)語言系統(tǒng)）的一個perl模塊18998805TimeView高效比較和可視化來自微陣列實驗的多個時間數(shù)據(jù)集（MATLAB)16539536TabSQL基于MySQL的應(yīng)用工具，查看、過濾和查詢多行數(shù)據(jù)文件，并連接到公共數(shù)據(jù)庫20573251TPIC基于形狀的ChIPSeq峰識別21226895STE瀏覽系統(tǒng)發(fā)生樹和進化枝的交互式可視化軟件18263642SOAP2一個改進的超快的短片段比對工具（SOAP改進版），更快，更少內(nèi)存使用19497933SICER一種識別來自組蛋白修飾ChIPSeq數(shù)據(jù)富集區(qū)域的聚類方法19505939segemehl重亞硫酸鹽處理的測序數(shù)據(jù)的快速且敏感的比對22581174SMART一個輔助RNAseq數(shù)據(jù)分析軟件工具箱21998740Robin一個基于R的表達微陣列定量評估和分析的直觀安裝向?qū)?yīng)用程序20388663rMAT一個分析ChIPchip試驗的R/Bioconductor包20089513rHVDM一個預(yù)測轉(zhuǎn)錄因子活性和靶點的R包19074958QuESTChIPSeq轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點的全基因組分析19160518Pybedtools一個操作基因組數(shù)據(jù)集和注釋的靈活Python庫21949271PRIDEViewer一個可視化PRIDE XML文件的新的用戶友好的界面21204261PeakRanger一個可在云計算上運行的ChIPseq峰識別器21554709PathCase在不同水平上存儲、查詢、可視化和分析代謝通路的系統(tǒng)18728044OpenStructure一個C++編寫的靈活的計
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