常見的生物信息學軟件的介紹和文獻依據(存儲版)
【正文】 統(tǒng)18728044PRIDEViewer一個可視化PRIDE XML文件的新的用戶友好的界面21204261QuESTChIPSeq轉錄因子結合位點的全基因組分析19160518rMAT一個分析ChIPchip試驗的R/Bioconductor包20089513SMART一個輔助RNAseq數據分析軟件工具箱21998740SICER一種識別來自組蛋白修飾ChIPSeq數據富集區(qū)域的聚類方法19505939STE瀏覽系統(tǒng)發(fā)生樹和進化枝的交互式可視化軟件18263642TabSQL基于MySQL的應用工具，查看、過濾和查詢多行數據文件，并連接到公共數據庫20573251UMLSQuery查詢UMLS（統(tǒng)一醫(yī)學語言系統(tǒng)）的一個perl模塊18998805VennMaster廣義的文氏圖，一種可視化復雜遺傳集合關系的新方法15572472ZOOM快速比對大量短片段到參考基因組18684737。VennDiagram一個高度可定制的文氏圖和歐拉圖生成R包21269502TreeViewJ一個查看和分析系統(tǒng)發(fā)生樹的應用程序17974028Tabix從通用TAB分割的文件中快速檢索序列特征21208982SpotXplore在基因調控網絡中進行熱點（差異表達子網絡）表達的可視化探索20861033Sfixem用Java進行圖形化序列特征展示15087316RseqFlowRNASeq數據分析流程21795323Ringo一個分析ChIPchip數據的R/Bioconductor包17594472pymzML質譜數據高通量生物信息學Python模塊22302572PileLineGUI一個處理下一代測序研究中基因組位置文件的桌面環(huán)境21646339p3d用于結構生物信息學的Python模塊19698094NMPP用戶可定制的NimbleGen微陣列數據處理流程17038341miRNAkey一個microRNA深度測序分析軟件20801911MeQA一個MeDIPseq數據質量評估和分析流程22199384limmaGUI一個微陣列數據（雙色）線性建模圖形用戶界面15297296JSBML一個處理SBML的靈活Java庫21697129IVEE用基因型譜方法分析基因片段的組合模式，檢測甲型流感病毒的傳播和重組事件21824442GRiP一個模擬原核生物中轉錄因子結合的計算工具22426343GLITR基于對照數據的隨機采樣計算一個倍數變化以從ChIPSeq數據中提取轉錄因子靶點19553195GenomeView使用動態(tài)導航和語義縮放動態(tài)地瀏覽高容量的比對短片段數據22102585Gap5編輯數十億的片段序列裝配20513662EZViz用標簽和按鈕簡化PyMOL中分子查看21638731EASE在基因列表中識別生物學主題，用于基因列表的快速生物學解釋14519205DAnTE一個定量分析組學數據（蛋白質組、微陣列）的統(tǒng)計工具18453552Cobweb一個網絡瀏覽和可視化Java小程序21486937ChIPDiff從ChIPseq數據中進行差異組蛋白修飾位點的全基因組識別的一種HMM方法18667444Brian一個Python編寫的脈沖神經網絡模擬器19115011birgHPC為生物信息學和分子動力學創(chuàng)建即時計算集群，自啟動linux發(fā)行版21398666BiNGO一個評估基因本體論類別在生物網絡中過代表的Cytoscape插件15972284BALLView用于分子建模研究和教育的一個工具16332707名稱簡介參考文獻備注ALINEAnnotationSketch基因組注釋繪圖庫，基因組特征可視化19106120BALL生物化學算法庫20973958BIGpre一個下一代測序數據質量評估程序包22289480BioWarehouse一個生物信息學數據倉庫整合工具包16556315BRATBW重亞硫酸鹽處理的片段的高效且準確地比對22563065ChemmineR一個化合物挖掘（結構相似性搜索和小分子聚類）R框架18596077COBrA一個生物本體論編輯器15513995Cytoscape Web一個交互式基于網絡的網絡瀏覽器20656902EagleView
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