常見的生物信息學(xué)軟件的介紹和文獻(xiàn)依據(jù)-預(yù)覽頁
【正文】 iLib網(wǎng)絡(luò)中心性的綜合分析和探索22390940ChIPMunkChIPSeq數(shù)據(jù)中結(jié)合motif的深度和廣度挖掘20736340CisGenome一個分析ChIPchip和ChIPSeq的整合軟件系統(tǒng)18978777ComBat使用經(jīng)驗貝葉斯方法調(diào)整微陣列表達(dá)數(shù)據(jù)中的批次影響16632515CoXpress基因表達(dá)數(shù)據(jù)中的差異共表達(dá)分析（R包）17116249DBChIP用ChIPseq檢測轉(zhuǎn)錄因子的差異結(jié)合22057161DrugViz一個在生物網(wǎng)絡(luò)中可視化和分析小分子藥物的Cytoscape插件18658180Easyfig基因組比較可視化，創(chuàng)建多個基因組位點的線性比較圖形21278367ESBTL用于生物大分子結(jié)構(gòu)和幾何分析的高效PDB剖析器和數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)20185407FIMO掃描一個給定motif的出現(xiàn)21330290FunNet一個探索轉(zhuǎn)錄相互作用的整合工具18799481GBParsy一個高速的GenBank平面文件解析器庫18652706GeneTrack一個基因組數(shù)據(jù)處理和可視化框架18388141GenomeViz可視化微生物基因組15601465GEOquery基因表達(dá)綜合數(shù)據(jù)庫（GEO）和BioConductor間的一個橋梁17496320GO::TermFinder訪問基因本體論信息并找到與一列基因相關(guān)的顯著富集的基因本體論術(shù)語15297299gputools使得能夠在R中進(jìn)行GPU計算的一個包19850754GSEA基因集合富集分析：一種解釋全基因表達(dá)譜的基于知識的方法16199517Interpol一個蛋白質(zhì)序列預(yù)處理R程序包21682849JExpress使用Java來探索基因表達(dá)數(shù)據(jù)11301307jClust一個聚類和可視化工具箱19454618jSquid一個圖形化在線網(wǎng)絡(luò)瀏覽Java小程序18445606LogoBar帶有空位的蛋白質(zhì)logos柱狀圖可視化16269415MapView臺式機上的短序列比對可視化軟件（大規(guī)模并行測序）19369497MethLAB一個基于陣列的DNA甲基化數(shù)據(jù)分析的圖形用戶界面程序包22430798miRExpress分析高通量測序數(shù)據(jù)以繪制microRNA表達(dá)譜19821977MochiView用于基因組瀏覽和DNA motif分析的多功能軟件20409324NGS QC Toolkit一個下一代測序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制工具包22312429NPS用人類中的表觀標(biāo)記，從ChIPSeq中識別定位的核小體19014516OMPC一個開源的MATLAB到Python編譯器19225577PathBuilder注釋和開發(fā)通路資源的開源軟件19628504PDB Editor一個用戶友好的、帶有圖形用戶界面的基于Java的PDB文件編輯器19307724PIQAIllumina G1基因組分析器數(shù)據(jù)質(zhì)量評估流程19602525PURE一個基于內(nèi)容過濾的PubMed文章推薦系統(tǒng)18546494pySolo一款完整的果蠅睡眠分析套件19369499RGG一個適用于R腳本的通用GUI框架19254356RINS高通量測序數(shù)據(jù)集中非人類序列的快速識別22377895RNAplex一個RNARNA相互作用快速搜索工具18434344Ruffus一個輕量級的計算流程繪制Python庫20847218SBML2LaTeX將SBML文件轉(zhuǎn)換為人類可讀的報告19307240ShortRead一個對高通量測序數(shù)據(jù)進(jìn)行輸入，質(zhì)量評估和瀏覽的Bioconductor包19654119SOAP短寡核苷酸比對程序18227114StampyIllumina測序片段的敏感且快速比對20980556SVA序列變異分析器：注釋和可視化測序的人類基因組21624899Tablet下一代序列裝配可視化工具19965881TimeClust一個基因表達(dá)時間序列分析聚類工具18065427Treevolution進(jìn)化樹的可視化分析19470585VANTED一個在生物學(xué)網(wǎng)絡(luò)背景中進(jìn)行高級數(shù)據(jù)分析和可視化的系統(tǒng)16519817Velvet操作de Bruijn圖進(jìn)行從頭短序列基因組裝配18349386XYLab一個混合多元數(shù)據(jù)觀察和解釋的交互式繪圖工具18795112160
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