生物信息學(xué)4733545076-文庫(kù)吧
2025-03-20 23:37 本頁(yè)面
【正文】 物信息學(xué)概論》 羅靜初 等譯， 北京大學(xué)出版社， 2002； 《生物信息學(xué)手冊(cè)》 郝柏林 等著， 上海科技出版社， 2004； 《生物信息學(xué)實(shí)驗(yàn)指導(dǎo)》 胡松年 等著， 浙江大學(xué)出版社， 2003。實(shí)驗(yàn)二 利用BLAST進(jìn)行序列比對(duì)實(shí)驗(yàn)?zāi)康模毫私釨LAST及其子程序的原理和基本參數(shù)，熟練地應(yīng)用網(wǎng)絡(luò)平臺(tái)和Linux計(jì)算平臺(tái)進(jìn)行本地BLAST序列比對(duì)，熟悉BLAST結(jié)果的格式和內(nèi)容并能描述其主要意義，同時(shí)比較網(wǎng)上平臺(tái)和本地平臺(tái)的優(yōu)缺點(diǎn)。實(shí)驗(yàn)原理：利用實(shí)驗(yàn)一下載的核算和蛋白質(zhì)序列，提交到NCBI或者其他擁有BLAST運(yùn)算平臺(tái)的網(wǎng)頁(yè)上，觀察其基本參數(shù)設(shè)定庫(kù)文件類型，并得到計(jì)算結(jié)果；同時(shí)在本地服務(wù)器上學(xué)會(huì)用formatdb格式化庫(kù)文件，并輸入BLAST命令進(jìn)行計(jì)算，獲得結(jié)果文件。實(shí)驗(yàn)內(nèi)容：1. 向網(wǎng)上BLAST服務(wù)器提交序列，得到匹配結(jié)果；2. 本地使用BLAST，格式化庫(kù)文件，輸入命令行得到匹配結(jié)果；3. 對(duì)結(jié)果文件進(jìn)行簡(jiǎn)要描述，闡述生物學(xué)意義。實(shí)驗(yàn)報(bào)告：1. 闡述BLAST原理和比對(duì)步驟；2. 不同類型BLAST的結(jié)果及其說(shuō)明；3. 討論：不同平臺(tái)運(yùn)行BLAST的需求比較。參考書(shū)目： 《生物信息學(xué)概論》 羅靜初 等譯， 北京大學(xué)出版社， 2002； 《生物信息學(xué)實(shí)驗(yàn)指導(dǎo)》 胡松年 等著， 浙江大學(xué)出版社， 2003； 。實(shí)驗(yàn)三 利用ClustalX(W)進(jìn)行多序列聯(lián)配實(shí)驗(yàn)?zāi)康模赫莆沼肅lustal X(W)工具及其基本參數(shù)，對(duì)具有一定同源性和相似性的核酸與蛋白質(zhì)序列進(jìn)行聯(lián)配和聚類分析，由此對(duì)這些物種的親緣關(guān)系進(jìn)行判斷，并且對(duì)這些序列在分子進(jìn)化過(guò)程中的保守性做出估計(jì)。實(shí)驗(yàn)原理：首先對(duì)于輸入的每一條序列，兩兩之間進(jìn)行聯(lián)配，總共進(jìn)行n*（n1）/2次聯(lián)配，這一步通過(guò)一種快速的近似算法實(shí)現(xiàn)，其得分用來(lái)計(jì)算指導(dǎo)樹(shù)，系統(tǒng)樹(shù)圖能用于指導(dǎo)后面進(jìn)行的多序列聯(lián)配的過(guò)程。系統(tǒng)樹(shù)圖是通過(guò)UPGMA方法計(jì)算的。在系統(tǒng)樹(shù)圖繪制完以后，輸入的所有序列按照得分高低被分成n1個(gè)組，然后再對(duì)組與組之間進(jìn)行聯(lián)配，這一步用Myers和Miller算法
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