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正文內(nèi)容

生物信息學(xué)4733545076-文庫吧

2025-03-20 23:37 本頁面


【正文】 物信息學(xué)概論》 羅靜初 等譯, 北京大學(xué)出版社, 2002; 《生物信息學(xué)手冊》 郝柏林 等著, 上??萍汲霭嫔?, 2004; 《生物信息學(xué)實(shí)驗(yàn)指導(dǎo)》 胡松年 等著, 浙江大學(xué)出版社, 2003。實(shí)驗(yàn)二 利用BLAST進(jìn)行序列比對實(shí)驗(yàn)?zāi)康模毫私釨LAST及其子程序的原理和基本參數(shù),熟練地應(yīng)用網(wǎng)絡(luò)平臺和Linux計(jì)算平臺進(jìn)行本地BLAST序列比對,熟悉BLAST結(jié)果的格式和內(nèi)容并能描述其主要意義,同時(shí)比較網(wǎng)上平臺和本地平臺的優(yōu)缺點(diǎn)。實(shí)驗(yàn)原理:利用實(shí)驗(yàn)一下載的核算和蛋白質(zhì)序列,提交到NCBI或者其他擁有BLAST運(yùn)算平臺的網(wǎng)頁上,觀察其基本參數(shù)設(shè)定庫文件類型,并得到計(jì)算結(jié)果;同時(shí)在本地服務(wù)器上學(xué)會用formatdb格式化庫文件,并輸入BLAST命令進(jìn)行計(jì)算,獲得結(jié)果文件。實(shí)驗(yàn)內(nèi)容:1. 向網(wǎng)上BLAST服務(wù)器提交序列,得到匹配結(jié)果;2. 本地使用BLAST,格式化庫文件,輸入命令行得到匹配結(jié)果;3. 對結(jié)果文件進(jìn)行簡要描述,闡述生物學(xué)意義。實(shí)驗(yàn)報(bào)告:1. 闡述BLAST原理和比對步驟;2. 不同類型BLAST的結(jié)果及其說明;3. 討論:不同平臺運(yùn)行BLAST的需求比較。參考書目: 《生物信息學(xué)概論》 羅靜初 等譯, 北京大學(xué)出版社, 2002; 《生物信息學(xué)實(shí)驗(yàn)指導(dǎo)》 胡松年 等著, 浙江大學(xué)出版社, 2003; 。實(shí)驗(yàn)三 利用ClustalX(W)進(jìn)行多序列聯(lián)配實(shí)驗(yàn)?zāi)康模赫莆沼肅lustal X(W)工具及其基本參數(shù),對具有一定同源性和相似性的核酸與蛋白質(zhì)序列進(jìn)行聯(lián)配和聚類分析,由此對這些物種的親緣關(guān)系進(jìn)行判斷,并且對這些序列在分子進(jìn)化過程中的保守性做出估計(jì)。實(shí)驗(yàn)原理:首先對于輸入的每一條序列,兩兩之間進(jìn)行聯(lián)配,總共進(jìn)行n*(n1)/2次聯(lián)配,這一步通過一種快速的近似算法實(shí)現(xiàn),其得分用來計(jì)算指導(dǎo)樹,系統(tǒng)樹圖能用于指導(dǎo)后面進(jìn)行的多序列聯(lián)配的過程。系統(tǒng)樹圖是通過UPGMA方法計(jì)算的。在系統(tǒng)樹圖繪制完以后,輸入的所有序列按照得分高低被分成n1個(gè)組,然后再對組與組之間進(jìn)行聯(lián)配,這一步用Myers和Miller算法
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