生物信息學4733545076-文庫吧
2025-03-20 23:37 本頁面
【正文】 物信息學概論》 羅靜初 等譯， 北京大學出版社， 2002； 《生物信息學手冊》 郝柏林 等著， 上?？萍汲霭嫔?， 2004； 《生物信息學實驗指導》 胡松年 等著， 浙江大學出版社， 2003。實驗二 利用BLAST進行序列比對實驗目的：了解BLAST及其子程序的原理和基本參數(shù)，熟練地應用網(wǎng)絡平臺和Linux計算平臺進行本地BLAST序列比對，熟悉BLAST結(jié)果的格式和內(nèi)容并能描述其主要意義，同時比較網(wǎng)上平臺和本地平臺的優(yōu)缺點。實驗原理：利用實驗一下載的核算和蛋白質(zhì)序列，提交到NCBI或者其他擁有BLAST運算平臺的網(wǎng)頁上，觀察其基本參數(shù)設定庫文件類型，并得到計算結(jié)果；同時在本地服務器上學會用formatdb格式化庫文件，并輸入BLAST命令進行計算，獲得結(jié)果文件。實驗內(nèi)容：1. 向網(wǎng)上BLAST服務器提交序列，得到匹配結(jié)果；2. 本地使用BLAST，格式化庫文件，輸入命令行得到匹配結(jié)果；3. 對結(jié)果文件進行簡要描述，闡述生物學意義。實驗報告：1. 闡述BLAST原理和比對步驟；2. 不同類型BLAST的結(jié)果及其說明；3. 討論：不同平臺運行BLAST的需求比較。參考書目： 《生物信息學概論》 羅靜初 等譯， 北京大學出版社， 2002； 《生物信息學實驗指導》 胡松年 等著， 浙江大學出版社， 2003； 。實驗三 利用ClustalX(W)進行多序列聯(lián)配實驗目的：掌握用Clustal X(W)工具及其基本參數(shù)，對具有一定同源性和相似性的核酸與蛋白質(zhì)序列進行聯(lián)配和聚類分析，由此對這些物種的親緣關系進行判斷，并且對這些序列在分子進化過程中的保守性做出估計。實驗原理：首先對于輸入的每一條序列，兩兩之間進行聯(lián)配，總共進行n*（n1）/2次聯(lián)配，這一步通過一種快速的近似算法實現(xiàn)，其得分用來計算指導樹，系統(tǒng)樹圖能用于指導后面進行的多序列聯(lián)配的過程。系統(tǒng)樹圖是通過UPGMA方法計算的。在系統(tǒng)樹圖繪制完以后，輸入的所有序列按照得分高低被分成n1個組，然后再對組與組之間進行聯(lián)配，這一步用Myers和Miller算法
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