【正文】
變異。有這種差別的基因座、DNA序列等可作為基因組作圖的標(biāo)志。RIP可以看成是普遍使用的染色質(zhì)免疫沉淀ChIP技術(shù)的類似應(yīng)用,但由于研究對象是RNA蛋白復(fù)合物而不是DNA蛋白復(fù)合物,RIP實驗的優(yōu)化條件與ChIP實驗不太相同(如復(fù)合物不需要固定,RIP反應(yīng)體系中的試劑和抗體絕對不能含有RNA酶,抗體需經(jīng)RIP實驗驗證等等)。什么是Chipseq染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)(ChromatinImmunoprecipitation,ChIP)也稱結(jié)合位點分析法,是研究體內(nèi)蛋白質(zhì)與DNA相互作用的有力工具,通常用于轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點或組蛋白特異性修飾位點的研究。研究人員僅需要一次試驗即可快速生成完整的polyA尾的RNA完整序列信息,并分析基因表達(dá)、cSNP、全新的轉(zhuǎn)錄、全新異構(gòu)體、剪接位點、等位基因特異性表達(dá)和罕見轉(zhuǎn)錄等最全面的轉(zhuǎn)錄組信息。獲得一個物種的全基因組序列是加快對此物種了解的重要捷徑。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3OH基團,使延長的寡聚核苷酸選擇性地在G、A、T或C處終止。每一次序列測定由一套四個單獨的反應(yīng)構(gòu)成,每個反應(yīng)含有所有四種脫氧核苷酸三磷酸(dNTP),并混入限量的一種不同的雙脫氧核苷三磷酸(ddNTP)。什么是de novo測序de novo測序也稱為從頭測序:其不需要任何現(xiàn)有的序列資料就可以對某個物種進行測序,利用生物信息學(xué)分析手段對序列進行拼接,組裝,從而獲得該物種的基因組圖譜。mRNA測序不對引物或探針進行設(shè)計,可自由提供關(guān)于轉(zhuǎn)錄的客觀和權(quán)威信息?;诘诙鷾y序技術(shù)的microRNA測序,可以一次性獲得數(shù)百萬條microRNA序列,能夠快速鑒定出不同組織、不同發(fā)育階段、不同疾病狀態(tài)下已知和未知的microRNA及其表達(dá)差異,為研究microRNA對細(xì)胞進程的作用及其生物學(xué)影響提供了有力工具。這種技術(shù)運用針對目標(biāo)蛋白的抗體把相應(yīng)的RNA蛋白復(fù)合物沉淀下來,然后經(jīng)過分離純化就可以對結(jié)合在復(fù)合物上的RNA進行測序分析。不同物種、個體基因組DNA序列同一位置上的單個核苷酸存在差別的現(xiàn)象。如果把一條染色體分成ABCD四個區(qū)域,則ABCCD/ACBCD/ACCBCD/ABD分別發(fā)生了C區(qū)域的擴增及缺失,擴增的位置可以是連續(xù)擴增如ABCCD也可以是在其他位置的擴增,如ACBCD。什么 Read Contig Unigene將所有的Contig長度相加,能獲得一個Contig總長度。然后將所有的Scaffolds按照從長到短進行排序,如獲得Scaffold 1,Scaffold 2,Scaffold 3...………Scaffold 25。覆蓋度是指測序獲得的序列占整個基因組的比例。例如一個人的基因組測序,%,%的區(qū)域通過我們的組裝和分析無法得到;對于depth,就是被測基因組上單個堿基被測序的平均次數(shù),比如某樣本的測序深度為30X,那么就是說該樣本的基因組上每一個單堿基平均被測序(或者說讀?。┝?0次,注意,是平均。RPKM,Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads, is defined in thisway [Mortazavi etal., 2008]:每1百萬個map上的reads中map到外顯子的每1K個堿基上的reads個數(shù)。常用工具包括velvet,transABYSS,Trinity等。采用的手段包括經(jīng)典的減法雜交,差示篩選,cDNA代表差異分析以及mRNA差異顯示等,但這些技術(shù)不能對基因進行全面系統(tǒng)的分析,新的技術(shù)應(yīng)運而生,包括基因表達(dá)的系統(tǒng)分析(serial analysis of gene expression,SAGE),cDNA微陣列(cDNA microarray),DNA 芯片(DNA chip)和序列標(biāo)志片段顯示(sequence tagged fragmentsdisplay。什么是基因組印記基因組印記(又稱遺傳印記)是指基因根據(jù)親代的不同而有不同的表達(dá)。該學(xué)科提供基因組信息以及相關(guān)數(shù)據(jù)系統(tǒng)利用,試圖解決生物,醫(yī)學(xué),和工業(yè)領(lǐng)域的重大問題?;蚪M注釋的研究內(nèi)容包括基因識別和基因功能注釋兩個方面。這一設(shè)置則表示聯(lián)配結(jié)果中將有10個匹配序列是由隨機產(chǎn)生,如果聯(lián)配的統(tǒng)計顯著性值(E值)小于該值(10),則該alignment將被檢出,換句話說,比較低的閥值將使搜索的匹配要求更嚴(yán)格,結(jié)果報告中隨機產(chǎn)生的匹配序列減少。根據(jù)SSR核心序列排列方式的不同,可分為3種類型:完全型(perfect)。Conserved structural entities with distinctive secondary structure content and an hydrophobic core. In small disulphiderich and Zn2+binding or Ca2+ binding domains the hydrophobic core may be provided by cystines and metal ions, respectively. Homologous domains with mon functions usually show sequence similarities.結(jié)構(gòu)域(structure domain)是在蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)中介于二級和三級結(jié)構(gòu)之間的可以明顯區(qū)分但又相對獨立的折疊單元,每個結(jié)構(gòu)域自身形成緊實的三維結(jié)構(gòu),可以獨立存在或折疊,但結(jié)構(gòu)域與結(jié)構(gòu)域之間關(guān)系較為松散。This represents the number of sequences with a score greaterthan, or equal to, X, expected absolutely by chance. The Evalue connects the score (“X”) of an alignment between a usersupplied sequence and a database sequence, generated by any algorithm, with how many alignments with similar or greater scores that would be expected from a search of a random sequence database of equivalent size. Since version Evalues are calculated using Hidden Markov Models, leading to more accurate estimates than before.序列模式方法直接搜索關(guān)鍵的幾個保守殘基,忽略其他位置的氨基酸多態(tài)性。[1][5]序列特征譜搜索是基于蛋白質(zhì)序列多重比對結(jié)果中的保守序列區(qū)域進行搜索,由于考慮了不同保守度的氨基酸在相應(yīng)位置的權(quán)重,可以更為敏感的檢測到進化距離較遠(yuǎn)的蛋白質(zhì)相關(guān)性,得到比序列模式方法更為靈敏的結(jié)果,但可靠的序列特征譜數(shù)目往往有限,因此該方法在進行新基因功能預(yù)測時受到了較大的障礙。RSS關(guān)