【正文】 變異。有這種差別的基因座、DNA序列等可作為基因組作圖的標(biāo)志。RIP可以看成是普遍使用的染色質(zhì)免疫沉淀ChIP技術(shù)的類似應(yīng)用，但由于研究對(duì)象是RNA蛋白復(fù)合物而不是DNA蛋白復(fù)合物，RIP實(shí)驗(yàn)的優(yōu)化條件與ChIP實(shí)驗(yàn)不太相同（如復(fù)合物不需要固定，RIP反應(yīng)體系中的試劑和抗體絕對(duì)不能含有RNA酶，抗體需經(jīng)RIP實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證等等）。什么是Chipseq染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（ChromatinImmunoprecipitation，ChIP）也稱結(jié)合位點(diǎn)分析法，是研究體內(nèi)蛋白質(zhì)與DNA相互作用的有力工具，通常用于轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)或組蛋白特異性修飾位點(diǎn)的研究。研究人員僅需要一次試驗(yàn)即可快速生成完整的polyA尾的RNA完整序列信息，并分析基因表達(dá)、cSNP、全新的轉(zhuǎn)錄、全新異構(gòu)體、剪接位點(diǎn)、等位基因特異性表達(dá)和罕見(jiàn)轉(zhuǎn)錄等最全面的轉(zhuǎn)錄組信息。獲得一個(gè)物種的全基因組序列是加快對(duì)此物種了解的重要捷徑。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3OH基團(tuán)，使延長(zhǎng)的寡聚核苷酸選擇性地在G、A、T或C處終止。每一次序列測(cè)定由一套四個(gè)單獨(dú)的反應(yīng)構(gòu)成，每個(gè)反應(yīng)含有所有四種脫氧核苷酸三磷酸(dNTP)，并混入限量的一種不同的雙脫氧核苷三磷酸(ddNTP)。什么是de novo測(cè)序de novo測(cè)序也稱為從頭測(cè)序：其不需要任何現(xiàn)有的序列資料就可以對(duì)某個(gè)物種進(jìn)行測(cè)序，利用生物信息學(xué)分析手段對(duì)序列進(jìn)行拼接，組裝，從而獲得該物種的基因組圖譜。mRNA測(cè)序不對(duì)引物或探針進(jìn)行設(shè)計(jì)，可自由提供關(guān)于轉(zhuǎn)錄的客觀和權(quán)威信息?；诘诙鷾y(cè)序技術(shù)的microRNA測(cè)序，可以一次性獲得數(shù)百萬(wàn)條microRNA序列，能夠快速鑒定出不同組織、不同發(fā)育階段、不同疾病狀態(tài)下已知和未知的microRNA及其表達(dá)差異，為研究microRNA對(duì)細(xì)胞進(jìn)程的作用及其生物學(xué)影響提供了有力工具。這種技術(shù)運(yùn)用針對(duì)目標(biāo)蛋白的抗體把相應(yīng)的RNA蛋白復(fù)合物沉淀下來(lái)，然后經(jīng)過(guò)分離純化就可以對(duì)結(jié)合在復(fù)合物上的RNA進(jìn)行測(cè)序分析。不同物種、個(gè)體基因組DNA序列同一位置上的單個(gè)核苷酸存在差別的現(xiàn)象。如果把一條染色體分成ABCD四個(gè)區(qū)域，則ABCCD/ACBCD/ACCBCD/ABD分別發(fā)生了C區(qū)域的擴(kuò)增及缺失，擴(kuò)增的位置可以是連續(xù)擴(kuò)增如ABCCD也可以是在其他位置的擴(kuò)增，如ACBCD。什么 Read Contig Unigene將所有的Contig長(zhǎng)度相加，能獲得一個(gè)Contig總長(zhǎng)度。然后將所有的Scaffolds按照從長(zhǎng)到短進(jìn)行排序，如獲得Scaffold 1，Scaffold 2，Scaffold 3...………Scaffold 25。覆蓋度是指測(cè)序獲得的序列占整個(gè)基因組的比例。例如一個(gè)人的基因組測(cè)序，%，%的區(qū)域通過(guò)我們的組裝和分析無(wú)法得到；對(duì)于depth，就是被測(cè)基因組上單個(gè)堿基被測(cè)序的平均次數(shù)，比如某樣本的測(cè)序深度為30X，那么就是說(shuō)該樣本的基因組上每一個(gè)單堿基平均被測(cè)序（或者說(shuō)讀?。┝?0次，注意，是平均。RPKM,Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads, is defined in thisway [Mortazavi etal., 2008]:每1百萬(wàn)個(gè)map上的reads中map到外顯子的每1K個(gè)堿基上的reads個(gè)數(shù)。常用工具包括velvet，transABYSS，Trinity等。采用的手段包括經(jīng)典的減法雜交，差示篩選，cDNA代表差異分析以及mRNA差異顯示等，但這些技術(shù)不能對(duì)基因進(jìn)行全面系統(tǒng)的分析，新的技術(shù)應(yīng)運(yùn)而生，包括基因表達(dá)的系統(tǒng)分析（serial analysis of gene expression,SAGE），cDNA微陣列（cDNA microarray），DNA 芯片（DNA chip）和序列標(biāo)志片段顯示（sequence tagged fragmentsdisplay。什么是基因組印記基因組印記(又稱遺傳印記)是指基因根據(jù)親代的不同而有不同的表達(dá)。該學(xué)科提供基因組信息以及相關(guān)數(shù)據(jù)系統(tǒng)利用，試圖解決生物，醫(yī)學(xué)，和工業(yè)領(lǐng)域的重大問(wèn)題。基因組注釋的研究?jī)?nèi)容包括基因識(shí)別和基因功能注釋兩個(gè)方面。這一設(shè)置則表示聯(lián)配結(jié)果中將有10個(gè)匹配序列是由隨機(jī)產(chǎn)生，如果聯(lián)配的統(tǒng)計(jì)顯著性值（E值）小于該值（10），則該alignment將被檢出，換句話說(shuō)，比較低的閥值將使搜索的匹配要求更嚴(yán)格，結(jié)果報(bào)告中隨機(jī)產(chǎn)生的匹配序列減少。根據(jù)SSR核心序列排列方式的不同，可分為3種類型：完全型（perfect）。Conserved structural entities with distinctive secondary structure content and an hydrophobic core. In small disulphiderich and Zn2+binding or Ca2+ binding domains the hydrophobic core may be provided by cystines and metal ions, respectively. Homologous domains with mon functions usually show sequence similarities.結(jié)構(gòu)域（structure domain）是在蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)中介于二級(jí)和三級(jí)結(jié)構(gòu)之間的可以明顯區(qū)分但又相對(duì)獨(dú)立的折疊單元，每個(gè)結(jié)構(gòu)域自身形成緊實(shí)的三維結(jié)構(gòu)，可以獨(dú)立存在或折疊，但結(jié)構(gòu)域與結(jié)構(gòu)域之間關(guān)系較為松散。This represents the number of sequences with a score greaterthan, or equal to, X, expected absolutely by chance. The Evalue connects the score (“X”) of an alignment between a usersupplied sequence and a database sequence, generated by any algorithm, with how many alignments with similar or greater scores that would be expected from a search of a random sequence database of equivalent size. Since version Evalues are calculated using Hidden Markov Models, leading to more accurate estimates than before.序列模式方法直接搜索關(guān)鍵的幾個(gè)保守殘基，忽略其他位置的氨基酸多態(tài)性。[1][5]序列特征譜搜索是基于蛋白質(zhì)序列多重比對(duì)結(jié)果中的保守序列區(qū)域進(jìn)行搜索，由于考慮了不同保守度的氨基酸在相應(yīng)位置的權(quán)重，可以更為敏感的檢測(cè)到進(jìn)化距離較遠(yuǎn)的蛋白質(zhì)相關(guān)性，得到比序列模式方法更為靈敏的結(jié)果，但可靠的序列特征譜數(shù)目往往有限，因此該方法在進(jìn)行新基因功能預(yù)測(cè)時(shí)受到了較大的障礙。RSS關(guān)