【正文】 )條長(zhǎng)度均為的序列構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹，樹的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)是有根樹，概率模型是—模型，第次序列比對(duì)中核苷酸相同的數(shù)目為，核苷酸相異的數(shù)目為，存在缺損的核苷酸位點(diǎn)數(shù)為，則系統(tǒng)發(fā)育樹中各分枝長(zhǎng)度的最優(yōu)估計(jì)為濫驂膽閉驟羥闈詔寢賻減棲綜訴鮐巹。重點(diǎn)在于運(yùn)用算法做模型、模型下含缺損數(shù)據(jù)的序列構(gòu)建有根數(shù)或無根樹最佳分支長(zhǎng)度等地參數(shù)估計(jì)。嘰覲詿縲鐋囁偽純鉿錈癱懇跡見鮫請(qǐng)。因此，將方法應(yīng)用于微生物系統(tǒng)發(fā)育分析是一項(xiàng)很有意義的工作。閿擻輳嬪諫遷擇楨秘騖輛塤鵜蘞鰱幟。用的貝葉斯方法的主要問題是收斂性沒有證明。如果有不同的突變率，那么有如下形式：識(shí)饒鎂錕縊灩筧嚌儼淒儂減攙蘇鯊運(yùn)。如果物種數(shù)目很小，可以采用窮舉法來尋找最大似然樹。這需要計(jì)算所有可能樹的似然，計(jì)算量是很大的，最大似然方法是以下面假定為前提的。最大似然法明確的使用概率模型，其目標(biāo)是尋找能夠以較高概率產(chǎn)生觀察數(shù)據(jù)的系統(tǒng)發(fā)生樹,是一種比較成熟的參數(shù)估計(jì)的統(tǒng)計(jì)學(xué)方法。因此，并集中核苷酸的數(shù)目也是生成外部節(jié)點(diǎn)上的核苷酸的最小替代數(shù)，外部節(jié)點(diǎn)從它們的共同祖先出發(fā)，通過這些替換，形成當(dāng)前的核苷酸狀態(tài)。所謂信息位點(diǎn)，是符合以下要求的位點(diǎn)：至少包含兩種不同的核苷酸，并且出現(xiàn)的核苷酸需要至少出現(xiàn)兩次。在整個(gè)樹中，所有簡(jiǎn)約信息位點(diǎn)最小核苷酸替換數(shù)的總和稱為樹的長(zhǎng)度或樹的代價(jià)。距離矩陣用來記錄兩個(gè)序列的差異數(shù)量值，其準(zhǔn)確性大小依賴于進(jìn)化模型的選擇。發(fā)育樹的構(gòu)建主要有兩類方法，即基于算法的方法和基于最優(yōu)原則的方法。預(yù)頌圣鉉儐歲齦訝驊糴買闥齙絀鰒現(xiàn)。生物進(jìn)化是生物科學(xué)的靈魂，是生物科學(xué)體系的軸心。 株芽孢桿菌 基因序列測(cè)定與系統(tǒng)發(fā)育學(xué)分析廈礴懇蹣駢時(shí)盡繼價(jià)騷巹癩龔長(zhǎng)鰥檷。一 引言二 系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建方法概括介紹具體介紹基于距離的方法……………………………………………………… 最大簡(jiǎn)約法 最大似然法 貝葉斯樹估計(jì)方法三 系統(tǒng)發(fā)育樹的改進(jìn)算法 遺傳算法和模擬退火算法古序列構(gòu)建生物系統(tǒng)發(fā)育樹 基于 序列構(gòu)建側(cè)耳屬系統(tǒng)發(fā)育樹聞創(chuàng)溝燴鐺險(xiǎn)愛氌譴凈禍測(cè)樅鋸鰻鯪。生物信息學(xué)是在生命科學(xué)的研究中，以計(jì)算機(jī)科學(xué)知識(shí)為輔導(dǎo)工具對(duì)生物信息進(jìn)行存儲(chǔ)、檢索和分析的科學(xué)?；[叢媽羥為贍僨蟶練淨(jìng)櫧撻曉養(yǎng)鰲頓。研究系統(tǒng)發(fā)育樹的目的可以重建祖先序列；估計(jì)來自于同一個(gè)祖先的不同生物間分歧時(shí)間；識(shí)別和疾病關(guān)聯(lián)的突變等。最大簡(jiǎn)約考察輸入數(shù)據(jù)中序列的多重比對(duì)結(jié)果，優(yōu)化出的發(fā)生樹能夠利用最少的離散步驟去解釋多重比對(duì)的堿基差異。使用距離法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹，所生成的樹的質(zhì)量取決于距離尺度的質(zhì)量和每次挑選相鄰結(jié)點(diǎn)的標(biāo)準(zhǔn)。簡(jiǎn)約法的目標(biāo)就是，構(gòu)造一棵反映分類物種之間最小變化的系統(tǒng)發(fā)生樹。買鯛鴯譖曇膚遙閆擷凄屆嬌擻歿鯰錆。簡(jiǎn)約法在分析過程中可以相當(dāng)準(zhǔn)確地推斷出祖先序列，就單個(gè)核苷酸而言，這可能是微不足道的，但對(duì)于整個(gè)基因或者基因組來說，它對(duì)了解進(jìn)化過程的作用是不可替代的。這個(gè)方法采用一個(gè)參數(shù)模型 ，是一個(gè)維向量，是樹的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)。構(gòu)氽頑黌碩飩薺齦話騖門戲鷯瀏鯪晝。最大似然法與貝葉斯方法的區(qū)別在于：前者對(duì)參數(shù)進(jìn)行關(guān)節(jié)點(diǎn)評(píng)估，根據(jù)參數(shù)變動(dòng)取似然性的峰值所對(duì)應(yīng)的分支樹；后者則對(duì)參數(shù)概率分布進(jìn)行邊界評(píng)估，根據(jù)參數(shù)變動(dòng)取曲線分布覆蓋面積最大的函數(shù)所對(duì)應(yīng)的分支樹。對(duì)于給定的樹的后驗(yàn)分布公式如下：其中，表示所有可能的分支長(zhǎng)度，表示進(jìn)化率。鯊腎鑰詘褳鉀溈懼統(tǒng)庫搖飭緡釷鯉憮。氬嚕躑竄貿(mào)懇彈瀘頷澩紛釓鄧鰲鱺貼。慫闡譜鯪逕導(dǎo)嘯畫長(zhǎng)涼馴鴇撟鉍鲞謠。從數(shù)據(jù)實(shí)驗(yàn)來看，改進(jìn)算法和中相應(yīng)的程序相比，在不增加時(shí)間消耗的同時(shí)，性能上有所提高。在模型下，設(shè)，則兩序列間每一位點(diǎn)核苷酸替代概率可表示為其中表示核苷酸發(fā)生顛換的概率，表示核苷酸發(fā)生轉(zhuǎn)換的概率，表示核苷酸不變的概率。[方法]：利用持續(xù)通 的氣體循環(huán)培養(yǎng)體系、礦質(zhì)鹽固體培養(yǎng)基,分離、培養(yǎng)氫氧化細(xì)菌,觀察菌株形態(tài)并測(cè)定生理生化特征 序列分析法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹。目前，乳桿菌的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系也主要建立在 序列分析的基礎(chǔ)上。[] 程池，劉光全，李金霞，姚粟株芽孢桿菌 基因序列測(cè)定與系統(tǒng)發(fā)育學(xué)分析[].食品與發(fā)酵工業(yè)，（），鎦詩涇艷損樓紲鯗餳類礙穡鰳責(zé)髕