生物信息學(xué)基礎(chǔ)大作業(yè)報(bào)告(已修改)
2025-04-16 23:37 本頁面
【正文】 生物信息學(xué)基礎(chǔ)大作業(yè)報(bào)告報(bào)告主題 系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建方法和研究進(jìn)展班級 計(jì)科 姓名 王海穎 總學(xué)號 目 錄目錄矚慫潤厲釤瘞睞櫪廡賴賃軔朧礙鱔絹。一 引言二 系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建方法概括介紹具體介紹基于距離的方法……………………………………………………… 最大簡約法 最大似然法 貝葉斯樹估計(jì)方法三 系統(tǒng)發(fā)育樹的改進(jìn)算法 遺傳算法和模擬退火算法古序列構(gòu)建生物系統(tǒng)發(fā)育樹 基于 序列構(gòu)建側(cè)耳屬系統(tǒng)發(fā)育樹聞創(chuàng)溝燴鐺險(xiǎn)愛氌譴凈禍測樅鋸鰻鯪。 基于全蛋白質(zhì)組的微生物構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹殘騖樓諍錈瀨濟(jì)溆塹籟婭騍東戇鱉納。 一種基于線粒體完全基因組的熵密度分布的脊椎動物系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建方法釅錒極額閉鎮(zhèn)檜豬訣錐顧葒鈀詢鱈驄。四 評價(jià)方法的改進(jìn)遺傳算法和模擬退火算法的改進(jìn) 用算法進(jìn)行參數(shù)估計(jì) 乙型肝炎病毒基因區(qū)序列的系統(tǒng)發(fā)育樹分析彈貿(mào)攝爾霽斃攬磚鹵廡詒爾膚億鰾簡。礦區(qū)的氧化亞鐵硫桿菌新菌系的鑒定謀蕎摶篋飆鐸懟類蔣薔點(diǎn)鉍雜簍鰩驅(qū)。 株芽孢桿菌 基因序列測定與系統(tǒng)發(fā)育學(xué)分析廈礴懇蹣駢時(shí)盡繼價(jià)騷巹癩龔長鰥檷。酸馬奶中乳桿菌和—的 基因序列及聚類分析煢楨廣鰳鯡選塊網(wǎng)羈淚鍍齊鈞摟鰨饗。五 結(jié)束語參考文獻(xiàn)引言：二十一世紀(jì)，生命科學(xué)和信息科學(xué)都處于科學(xué)技術(shù)的主導(dǎo)地位，二者的融合使得一個(gè)新的領(lǐng)域——生物信息學(xué)產(chǎn)生了。生物信息學(xué)是在生命科學(xué)的研究中，以計(jì)算機(jī)科學(xué)知識為輔導(dǎo)工具對生物信息進(jìn)行存儲、檢索和分析的科學(xué)。它是當(dāng)今生命科學(xué)和自然科學(xué)的重大前沿領(lǐng)域之一。鵝婭盡損鵪慘歷蘢鴛賴縈詰聾諦鰭皚。系統(tǒng)發(fā)生學(xué)是生物信息學(xué)中的一個(gè)重要研究領(lǐng)域，研究物種之間的進(jìn)化關(guān)系，其基本思想是比較物種的特征，并認(rèn)為特征相似的物種在遺傳學(xué)上接近。系統(tǒng)分析早在達(dá)爾文時(shí)代就已經(jīng)開始了，從那時(shí)起，重建地球上所有生物的進(jìn)化歷史就已經(jīng)成為許多生物學(xué)家的夢想。生物進(jìn)化是生物科學(xué)的靈魂，是生物科學(xué)體系的軸心。有關(guān)進(jìn)化的思想、實(shí)事、原理和規(guī)律又始終貫穿于生物分支學(xué)科中。系統(tǒng)發(fā)生是指生物形成或進(jìn)化的歷史。籟叢媽羥為贍僨蟶練淨(jìng)櫧撻曉養(yǎng)鰲頓。系統(tǒng)發(fā)生研究的結(jié)果往往以系統(tǒng)發(fā)育樹表示，用它描述物種進(jìn)化關(guān)系。通過對生物學(xué)數(shù)據(jù)的建模提取特征，進(jìn)而比較這些特征，研究生物形成或進(jìn)化的歷史。在分子水平上進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)生分析具有許多優(yōu)勢，所得到的結(jié)果更加科學(xué)、可靠。系統(tǒng)發(fā)育樹也稱系統(tǒng)進(jìn)化樹，它是用類似樹狀分支的圖來表示各種（類）生物之間的親緣關(guān)系，通過對生物序列的研究來推測物種的進(jìn)化歷史。預(yù)頌圣鉉儐歲齦訝驊糴買闥齙絀鰒現(xiàn)。構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹就是從生物物種的序列信息推斷生物進(jìn)化歷史，“重塑”出系統(tǒng)進(jìn)化的（譜系）關(guān)系，并把進(jìn)化關(guān)系用系統(tǒng)發(fā)育樹的形式表示出來——樹的葉子結(jié)點(diǎn)表示各個(gè)生物序列，樹枝的長度表示生物間進(jìn)化距離。主要通過序列，蛋白質(zhì)序列，蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)等來構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹，或者通過蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)比較包括剛體結(jié)構(gòu)疊合和多結(jié)構(gòu)特征比較等方法建立結(jié)構(gòu)進(jìn)化樹。研究系統(tǒng)發(fā)育樹的目的可以重建祖先序列；估計(jì)來自于同一個(gè)祖先的不同生物間分歧時(shí)間；識別和疾病關(guān)聯(lián)的突變等。構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹的研究是生物信息學(xué)中的一個(gè)熱點(diǎn)?；诜肿拥倪M(jìn)化研究已經(jīng)應(yīng)用到許多方面，如基因進(jìn)化，物群劃分，交配系統(tǒng)，父親身份測試，環(huán)境監(jiān)視以及已經(jīng)轉(zhuǎn)移物種的疾病源的研究等。系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建是現(xiàn)代生命科學(xué)研究中的重要技術(shù),是分析未知菌種與其他茵種的親緣關(guān)系,。構(gòu)建方法介紹概括介紹系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建問題是一個(gè)完全問題，因此研究構(gòu)造發(fā)生樹的近似最優(yōu)算法有著重要意義。發(fā)育樹的構(gòu)建主要有兩類方法，即基于算法的方法和基于最優(yōu)原則的方法。基于算法的距離法是一種純數(shù)學(xué)法，通過序列兩兩之間的差異決定發(fā)育樹的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)和枝長，它將發(fā)育樹的構(gòu)建和最后發(fā)育樹的確定融合在一起，構(gòu)建發(fā)
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