生物信息學(xué)基礎(chǔ)大作業(yè)報告-文庫吧在線文庫
【正文】 引言：二十一世紀(jì)，生命科學(xué)和信息科學(xué)都處于科學(xué)技術(shù)的主導(dǎo)地位，二者的融合使得一個新的領(lǐng)域——生物信息學(xué)產(chǎn)生了。 生物信息學(xué)基礎(chǔ)大作業(yè)報告報告主題 系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建方法和研究進(jìn)展班級 計科 姓名 王海穎 總學(xué)號 目 錄目錄矚慫潤厲釤瘞睞櫪廡賴賃軔朧礙鱔絹。酸馬奶中乳桿菌和—的 基因序列及聚類分析煢楨廣鰳鯡選塊網(wǎng)羈淚鍍齊鈞摟鰨饗。有關(guān)進(jìn)化的思想、實(shí)事、原理和規(guī)律又始終貫穿于生物分支學(xué)科中。構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹就是從生物物種的序列信息推斷生物進(jìn)化歷史，“重塑”出系統(tǒng)進(jìn)化的（譜系）關(guān)系，并把進(jìn)化關(guān)系用系統(tǒng)發(fā)育樹的形式表示出來——樹的葉子結(jié)點(diǎn)表示各個生物序列，樹枝的長度表示生物間進(jìn)化距離?；谒惴ǖ木嚯x法是一種純數(shù)學(xué)法，通過序列兩兩之間的差異決定發(fā)育樹的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)和枝長，它將發(fā)育樹的構(gòu)建和最后發(fā)育樹的確定融合在一起，構(gòu)建發(fā)育樹的過程，也就是尋找最佳發(fā)育樹的過程。擁締鳳襪備訊顎輪爛薔報贏無貽鰓閎。通過比較所有可能樹，選擇其中長度最小、代價最小的樹作為最終的系統(tǒng)發(fā)生樹，即最大簡約樹。不變位點(diǎn)(所有物種擁有相同核苷酸的位點(diǎn))和單一位點(diǎn)(每一個位點(diǎn)上只有一個物種具有一種不同的核苷酸的位點(diǎn))在簡約分析的時候是無用的叫。如果需要計算一裸樹在非信息位點(diǎn)的最小替代數(shù)，只需要把外部節(jié)點(diǎn)上不同核苷酸的數(shù)目減去就可以了。最大似然法是由樣本觀測值估計總體參數(shù)的一種常用方法。在序列中每個符號進(jìn)化獨(dú)立于序列的其它符號；不同血統(tǒng)進(jìn)化是獨(dú)立的；每個符號以期望突變率代替。但由于單一的發(fā)生樹的數(shù)量會隨著分類物種數(shù)量的增長而呈指數(shù)增長，因此這種方法只適用于物種數(shù)目很小的情況(一般要求小于)。很多情況下不知道，用經(jīng)驗(yàn)貝葉斯分析和啟發(fā)貝葉斯分析兩個方法產(chǎn)生后驗(yàn)概率，當(dāng)未知參數(shù)出現(xiàn)時，經(jīng)驗(yàn)貝葉斯分析用估計來表示未知參數(shù)，啟發(fā)貝葉斯分析將二級先驗(yàn)（ )作為前期未知參數(shù)的密度。 恥諤銪滅縈歡煬鞏鶩錦聰櫻鄶燈鰷軫。 古序列構(gòu)建生物系統(tǒng)發(fā)育樹自 年前中國科學(xué)家開始古 (脫氧核糖核酸) 的研究工作以來,隨著現(xiàn)代生物技術(shù)手段的不斷發(fā)展,人們對古 的研究不斷深入。因?yàn)榘被嵝蛄斜刃蛄懈鼮楸Ｊ?，能為物種的進(jìn)化分析提供更為有用的信息。評價方法的改進(jìn)遺傳算法和模擬退火算法對改進(jìn)算法采用了評價建樹算法中最常用的計算機(jī)模擬法來測試其性能，從實(shí)驗(yàn)結(jié)果來看，改進(jìn)算法的準(zhǔn)確性都有較大提高。鶼漬螻偉閱劍鯫腎邏蘞闋簣擇睜鮪謅。塤礙籟饈決穩(wěn)賽釙冊庫麩適緄撾鲅傯。[]劉琳，劉洋，劉紅娟發(fā)育分析在微生物進(jìn)化關(guān)系中的應(yīng)用作者單位：首都師范大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院,北京驍顧燁鶚巰瀆蕪領(lǐng)鱺賻驃弒綈閶魎齠。[] [].大連:大連理工大學(xué)[] 烏日娜，張和平，—的 基因序列及聚類分析[].中國乳品工業(yè)，()，脹鏝彈奧秘孫戶孿釔賻鏘詠繞敘驄驗(yàn)。[] 唐先華,[].地址科技情報，()轡燁棟剛殮攬瑤麗鬮應(yīng)頁諳絞綽髏鱉。有助于更加準(zhǔn)確地描述和揭示乳桿菌的種及其菌株間的親緣關(guān)系和演化過程，也為新種的發(fā)現(xiàn)提供有力的工具。[結(jié)果]：分離的株細(xì)菌中有株菌氧化氫和自養(yǎng)生長能力較強(qiáng),初步確定為氫氧化細(xì)菌,、生理生化特征與惡臭假單胞菌( )的特征基本一致 序列(登錄號為)在系統(tǒng)發(fā)育樹中與惡臭假單胞菌同屬一個類群,其脫氨酶活力為 μ[結(jié)論]采用氣體循環(huán)培養(yǎng)體系分離氫氧化細(xì)菌,克服了傳統(tǒng)配氣法的局限脫氨酶陽性菌株的篩選,。紂憂蔣氳頑薟驅(qū)藥憫騖覲僨鴛鋅鮚嗚?？偟膩碚f，改進(jìn)算法的性能都有較大的提高。諺辭調(diào)擔(dān)鈧諂動禪瀉類謹(jǐn)覡鸞幀鮮奧。釷鵒資贏車贖孫滅獅贅慶獷緞瑋鱘將。因此兩算法互相結(jié)合，取長補(bǔ)短。當(dāng)用算法和樣本的方法可忽略分母，基于貝葉斯估計方法的軟件包主要有,不過速度較慢。除了推斷系統(tǒng)發(fā)育，貝葉斯分析還用于評價系統(tǒng)發(fā)育中的不穩(wěn)定性、探測可能存在的自然選擇、考察協(xié)同進(jìn)化、檢驗(yàn)分子鐘假設(shè)(的分析
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