生物信息學(xué)基礎(chǔ)大作業(yè)報(bào)告-文庫(kù)吧在線文庫(kù)
【正文】 引言：二十一世紀(jì)，生命科學(xué)和信息科學(xué)都處于科學(xué)技術(shù)的主導(dǎo)地位，二者的融合使得一個(gè)新的領(lǐng)域——生物信息學(xué)產(chǎn)生了。 生物信息學(xué)基礎(chǔ)大作業(yè)報(bào)告報(bào)告主題 系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)的構(gòu)建方法和研究進(jìn)展班級(jí) 計(jì)科 姓名 王海穎 總學(xué)號(hào) 目 錄目錄矚慫潤(rùn)厲釤瘞睞櫪廡賴賃軔朧礙鱔絹。酸馬奶中乳桿菌和—的 基因序列及聚類分析煢楨廣鰳鯡選塊網(wǎng)羈淚鍍齊鈞摟鰨饗。有關(guān)進(jìn)化的思想、實(shí)事、原理和規(guī)律又始終貫穿于生物分支學(xué)科中。構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)就是從生物物種的序列信息推斷生物進(jìn)化歷史，“重塑”出系統(tǒng)進(jìn)化的（譜系）關(guān)系，并把進(jìn)化關(guān)系用系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)的形式表示出來(lái)——樹(shù)的葉子結(jié)點(diǎn)表示各個(gè)生物序列，樹(shù)枝的長(zhǎng)度表示生物間進(jìn)化距離。基于算法的距離法是一種純數(shù)學(xué)法，通過(guò)序列兩兩之間的差異決定發(fā)育樹(shù)的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)和枝長(zhǎng)，它將發(fā)育樹(shù)的構(gòu)建和最后發(fā)育樹(shù)的確定融合在一起，構(gòu)建發(fā)育樹(shù)的過(guò)程，也就是尋找最佳發(fā)育樹(shù)的過(guò)程。擁締鳳襪備訊顎輪爛薔報(bào)贏無(wú)貽鰓閎。通過(guò)比較所有可能樹(shù)，選擇其中長(zhǎng)度最小、代價(jià)最小的樹(shù)作為最終的系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)，即最大簡(jiǎn)約樹(shù)。不變位點(diǎn)(所有物種擁有相同核苷酸的位點(diǎn))和單一位點(diǎn)(每一個(gè)位點(diǎn)上只有一個(gè)物種具有一種不同的核苷酸的位點(diǎn))在簡(jiǎn)約分析的時(shí)候是無(wú)用的叫。如果需要計(jì)算一裸樹(shù)在非信息位點(diǎn)的最小替代數(shù)，只需要把外部節(jié)點(diǎn)上不同核苷酸的數(shù)目減去就可以了。最大似然法是由樣本觀測(cè)值估計(jì)總體參數(shù)的一種常用方法。在序列中每個(gè)符號(hào)進(jìn)化獨(dú)立于序列的其它符號(hào)；不同血統(tǒng)進(jìn)化是獨(dú)立的；每個(gè)符號(hào)以期望突變率代替。但由于單一的發(fā)生樹(shù)的數(shù)量會(huì)隨著分類物種數(shù)量的增長(zhǎng)而呈指數(shù)增長(zhǎng)，因此這種方法只適用于物種數(shù)目很小的情況(一般要求小于)。很多情況下不知道，用經(jīng)驗(yàn)貝葉斯分析和啟發(fā)貝葉斯分析兩個(gè)方法產(chǎn)生后驗(yàn)概率，當(dāng)未知參數(shù)出現(xiàn)時(shí)，經(jīng)驗(yàn)貝葉斯分析用估計(jì)來(lái)表示未知參數(shù)，啟發(fā)貝葉斯分析將二級(jí)先驗(yàn)（ )作為前期未知參數(shù)的密度。 恥諤銪滅縈歡煬鞏鶩錦聰櫻鄶燈鰷軫。 古序列構(gòu)建生物系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)自 年前中國(guó)科學(xué)家開(kāi)始古 (脫氧核糖核酸) 的研究工作以來(lái),隨著現(xiàn)代生物技術(shù)手段的不斷發(fā)展,人們對(duì)古 的研究不斷深入。因?yàn)榘被嵝蛄斜刃蛄懈鼮楸Ｊ兀転槲锓N的進(jìn)化分析提供更為有用的信息。評(píng)價(jià)方法的改進(jìn)遺傳算法和模擬退火算法對(duì)改進(jìn)算法采用了評(píng)價(jià)建樹(shù)算法中最常用的計(jì)算機(jī)模擬法來(lái)測(cè)試其性能，從實(shí)驗(yàn)結(jié)果來(lái)看，改進(jìn)算法的準(zhǔn)確性都有較大提高。鶼漬螻偉閱劍鯫腎邏蘞闋簣擇睜鮪謅。塤礙籟饈決穩(wěn)賽釙冊(cè)庫(kù)麩適緄撾鲅傯。[]劉琳，劉洋，劉紅娟發(fā)育分析在微生物進(jìn)化關(guān)系中的應(yīng)用作者單位：首都師范大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院,北京驍顧燁鶚巰瀆蕪領(lǐng)鱺賻驃弒綈閶魎齠。[] [].大連:大連理工大學(xué)[] 烏日娜，張和平，—的 基因序列及聚類分析[].中國(guó)乳品工業(yè)，()，脹鏝彈奧秘孫戶孿釔賻鏘詠繞敘驄驗(yàn)。[] 唐先華,[].地址科技情報(bào)，()轡燁棟剛殮攬瑤麗鬮應(yīng)頁(yè)諳絞綽髏鱉。有助于更加準(zhǔn)確地描述和揭示乳桿菌的種及其菌株間的親緣關(guān)系和演化過(guò)程，也為新種的發(fā)現(xiàn)提供有力的工具。[結(jié)果]：分離的株細(xì)菌中有株菌氧化氫和自養(yǎng)生長(zhǎng)能力較強(qiáng),初步確定為氫氧化細(xì)菌,、生理生化特征與惡臭假單胞菌( )的特征基本一致 序列(登錄號(hào)為)在系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)中與惡臭假單胞菌同屬一個(gè)類群,其脫氨酶活力為 μ[結(jié)論]采用氣體循環(huán)培養(yǎng)體系分離氫氧化細(xì)菌,克服了傳統(tǒng)配氣法的局限脫氨酶陽(yáng)性菌株的篩選,。紂憂蔣氳頑薟驅(qū)藥憫騖覲僨鴛鋅鮚嗚?？偟膩?lái)說(shuō)，改進(jìn)算法的性能都有較大的提高。諺辭調(diào)擔(dān)鈧諂動(dòng)禪瀉類謹(jǐn)覡鸞幀鮮奧。釷鵒資贏車贖孫滅獅贅慶獷緞瑋鱘將。因此兩算法互相結(jié)合，取長(zhǎng)補(bǔ)短。當(dāng)用算法和樣本的方法可忽略分母，基于貝葉斯估計(jì)方法的軟件包主要有,不過(guò)速度較慢。除了推斷系統(tǒng)發(fā)育，貝葉斯分析還用于評(píng)價(jià)系統(tǒng)發(fā)育中的不穩(wěn)定性、探測(cè)可能存在的自然選擇、考察協(xié)同進(jìn)化、檢驗(yàn)分子鐘假設(shè)(的分析
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