生物信息學基礎(chǔ)大作業(yè)報告-免費閱讀
【正文】 [] [].湘潭大學自然科學學報，（）詩叁撻訥燼憂毀厲鋨驁靈韜鰍櫝驥鱭。參考文獻（不少于篇）[] 劉清雪 遺傳模擬退火算法在系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建中的應用研究碩士學位論文[] 馮思鈴系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建方法研究海南大學信息科學技術(shù)學院[] 謝強，卜文俊以貝葉斯方法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹南開大學生命科學學院昆蟲學研究所昆蟲分子系統(tǒng)學實驗室，天津)倉嫗盤紲囑瓏詁鍬齊驁絛鯛鱧俁魷親。菌株經(jīng)純化培養(yǎng)，以改良法提取總，采用細菌 通用引物、方法（)進行 基因序列擴散，產(chǎn)物純化后直接進行序列測定，序列經(jīng)人工校對后用 進行比對分析，最后用軟件構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹。用算法進行參數(shù)估計運用算法對存在插入或缺失但序列長度假設(shè)不變的觀測序列構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹進行參數(shù)估計，為含缺損數(shù)據(jù)序列構(gòu)建良好的系統(tǒng)發(fā)育樹作鋪墊。應用基于非序列比對的熵密度分布方法結(jié)合對數(shù)關(guān)聯(lián)距離對種脊椎動物的線粒體完全基因組進行分析處理并構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹，產(chǎn)生的樹將所選擇的生物體分為三個大類：哺乳類()、魚類()和初龍下綱(包括鳥類()和爬行類())，其拓撲結(jié)構(gòu)與當前已知的用傳統(tǒng)方法產(chǎn)生的樹相似。隨著越來越多的微生物全基因組測序任務(wù)的完成，人們開始在整個基因組水平上探討物種的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系。改進的算法要比原有算法性能上均有提高，得到的拓撲結(jié)構(gòu)更加準確，因為在改進的算法中采用了遺傳算法和退火算法結(jié)合，克服了單純遺傳算法的早熟性，保證了物種的多樣性，達到了預期目標。該軟件用仿真進行系統(tǒng)發(fā)育樹的貝葉斯推理。貝葉斯方法比最大似然法能表示更多的可信進化模型，替代率的變異可以再各個點建模，貝葉斯方法有一個非常寬的先驗分布，后驗概率分布用樣本和( )方法計算。因此它們的搜索策略是相似的。似然是所有可能樹的拓撲和從向量獲得的分支長度的最大化。(，)將該方法引入到基于核苷酸序列的發(fā)生樹的構(gòu)建，后來又擴展到氨基酸序列數(shù)據(jù)。當一個并集成為一個節(jié)點的核苷酸集時，通向該節(jié)點的分支的某個位置上必定發(fā)生一個核苷酸替換。簡約法利用的只是對簡約分析提供信息的特征，即信息位點，非信息位點對構(gòu)建最大簡約樹是無用的。 最大簡約法利用最大簡約方法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹，實際上是一個對給定分類單元所有可能的樹進行比較的過程，針對某一個可能的樹，首先對每個位點祖先序列的核苷酸組成做出推斷，然后統(tǒng)計每個位點用來闡明差異的核苷酸最小替換數(shù)目。具體介紹基于距離的建樹方法考察數(shù)據(jù)中所有序列的兩兩比對結(jié)果，通過序列兩兩之間的差異決定發(fā)生樹的拓撲結(jié)構(gòu)和樹枝長度。構(gòu)建方法介紹概括介紹系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建問題是一個完全問題，因此研究構(gòu)造發(fā)生樹的近似最優(yōu)算法有著重要意義。系統(tǒng)發(fā)育樹也稱系統(tǒng)進化樹，它是用類似樹狀分支的圖來表示各種（類）生物之間的親緣關(guān)系，通過對生物序列的研究來推測物種的進化歷史。系統(tǒng)分析早在達爾文時代就已經(jīng)開始了，從那時起，重建地球上所有生物的進化歷史就已經(jīng)成為許多生物學家的夢想。礦區(qū)的氧化亞鐵硫桿菌新菌系的鑒定謀蕎摶篋飆鐸懟類蔣薔點鉍雜簍鰩驅(qū)。 基于全蛋白質(zhì)組的微生物構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹殘騖樓諍錈瀨濟溆塹籟婭騍東戇鱉納。它是當今生命科學和自然科學的重大前沿領(lǐng)域之一。系統(tǒng)發(fā)生研究的結(jié)果往往以系統(tǒng)發(fā)育樹表示，用它描述物種進化關(guān)系。構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹的研究是生物信息學中的一個熱點。最大似然法考察輸入數(shù)據(jù)中序列的多重比對結(jié)果，優(yōu)化出擁有一定拓撲結(jié)構(gòu)和枝長的發(fā)生樹，這個發(fā)生樹能以最大的概率反應考察的多重比對結(jié)果。距離的度量首先需要選取一個進化模型，根據(jù)此模型，推導出距離的公式，進而將序列之問的關(guān)系換算成距離。簡約法的理論基礎(chǔ)是哲學原則，即解釋一個過程，最好的理論是所需假設(shè)數(shù)目最少的～個。最大簡約法的處理過程：()針對待比較的物種，選擇核酸或蛋白質(zhì)序列；()比較各個序列，產(chǎn)生序列的多重比對，確定各個序列字符的相對位置；()根據(jù)每個序列比對的位置(即多重序列比對的每一列)，確定相應的系統(tǒng)發(fā)生樹，該樹用最少的動作產(chǎn)生序列的差異，最終生成完整的樹。簡約分析推斷出了祖先，不僅可以填補分子進化研究中的空白，還可以從現(xiàn)存后代的序列中客觀地推測出中間的狀態(tài)，是對進化理論的重大貢
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