【正文】 [] 程池，劉光全，李金霞，姚粟株芽孢桿菌 基因序列測定與系統(tǒng)發(fā)育學(xué)分析[].食品與發(fā)酵工業(yè)，（），鎦詩涇艷損樓紲鯗餳類礙穡鰳責(zé)髕鵲。[方法]：利用持續(xù)通 的氣體循環(huán)培養(yǎng)體系、礦質(zhì)鹽固體培養(yǎng)基,分離、培養(yǎng)氫氧化細菌,觀察菌株形態(tài)并測定生理生化特征 序列分析法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹。從數(shù)據(jù)實驗來看，改進算法和中相應(yīng)的程序相比，在不增加時間消耗的同時，性能上有所提高。氬嚕躑竄貿(mào)懇彈瀘頷澩紛釓鄧鰲鱺貼。對于給定的樹的后驗分布公式如下：其中，表示所有可能的分支長度，表示進化率。構(gòu)氽頑黌碩飩薺齦話騖門戲鷯瀏鯪晝。簡約法在分析過程中可以相當準確地推斷出祖先序列，就單個核苷酸而言，這可能是微不足道的，但對于整個基因或者基因組來說，它對了解進化過程的作用是不可替代的。簡約法的目標就是，構(gòu)造一棵反映分類物種之間最小變化的系統(tǒng)發(fā)生樹。最大簡約考察輸入數(shù)據(jù)中序列的多重比對結(jié)果，優(yōu)化出的發(fā)生樹能夠利用最少的離散步驟去解釋多重比對的堿基差異?；[叢媽羥為贍僨蟶練淨櫧撻曉養(yǎng)鰲頓。一 引言二 系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建方法概括介紹具體介紹基于距離的方法……………………………………………………… 最大簡約法 最大似然法 貝葉斯樹估計方法三 系統(tǒng)發(fā)育樹的改進算法 遺傳算法和模擬退火算法古序列構(gòu)建生物系統(tǒng)發(fā)育樹 基于 序列構(gòu)建側(cè)耳屬系統(tǒng)發(fā)育樹聞創(chuàng)溝燴鐺險愛氌譴凈禍測樅鋸鰻鯪。生物進化是生物科學(xué)的靈魂，是生物科學(xué)體系的軸心。發(fā)育樹的構(gòu)建主要有兩類方法，即基于算法的方法和基于最優(yōu)原則的方法。在整個樹中，所有簡約信息位點最小核苷酸替換數(shù)的總和稱為樹的長度或樹的代價。因此，并集中核苷酸的數(shù)目也是生成外部節(jié)點上的核苷酸的最小替代數(shù)，外部節(jié)點從它們的共同祖先出發(fā)，通過這些替換，形成當前的核苷酸狀態(tài)。這需要計算所有可能樹的似然，計算量是很大的，最大似然方法是以下面假定為前提的。如果有不同的突變率，那么有如下形式：識饒鎂錕縊灩筧嚌儼淒儂減攙蘇鯊運。閿擻輳嬪諫遷擇楨秘騖輛塤鵜蘞鰱幟。嘰覲詿縲鐋囁偽純鉿錈癱懇跡見鮫請。假設(shè)()條長度均為的序列構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹，樹的拓撲結(jié)構(gòu)是有根樹，概率模型是—模型，第次序列比對中核苷酸相同的數(shù)目為，核苷酸相異的數(shù)目為，存在缺損的核苷酸位點數(shù)為，則系統(tǒng)發(fā)育樹中各分枝長度的最優(yōu)估計為濫驂膽閉驟羥闈詔寢賻減棲綜訴鮐巹。[] 孫嘯，路祖宏，謝建明 生物信息學(xué)基礎(chǔ) 清華大學(xué)出版社[]田鵬，劉占林分子系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建的簡易方法期刊：生物信息學(xué)；作者單位: 西部資源生物與現(xiàn)代生物技術(shù)教育部重點實驗室,西北大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院,西安綻萬璉轆娛閬蟶鬮綰瀧恒蟬轅紗魚臚。[] 程池，劉光全，李金霞，姚粟株芽孢桿菌 基因序列測定與系統(tǒng)發(fā)育學(xué)分析[].食品與發(fā)酵工業(yè)，（），峴揚斕滾澗輻灄興渙藺詐機憒頇驤經(jīng)。 株芽孢桿菌 基因序列測定與系統(tǒng)發(fā)育學(xué)分析采用 基因序列分析法對中國工業(yè)微生物菌種保藏管理中心（）保藏的株枯草芽孢桿菌（ ）進行復(fù)核鑒定。熒紿譏鉦鏌觶鷹緇機庫圓鍰緘鶚鱭圓?；谌鞍踪|(zhì)組的微生物構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹新近出現(xiàn)的信息離散性度量方法(簡稱方法)已在多個領(lǐng)域獲得成功的應(yīng)用，是一種非比對距離方法。一般的進化樹分析中較少應(yīng)用。最大似然法考察輸入數(shù)據(jù)中序列的多重比對結(jié)果，優(yōu)化出擁有一定拓撲結(jié)構(gòu)和枝長的發(fā)生樹，這個發(fā)生樹能夠以最大的概率導(dǎo)致考察的多重比對結(jié)果。最大似然法最初是由—和()提出，用于構(gòu)建基于基因頻率的發(fā)生樹”。蠟變黲癟報倀鉉錨鈰贅籜葦繯頹鯛潔。系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建的方法通常有四種類型：基于距離的方法，最大簡約方法，最大似然法和貝葉斯估計方法。在分子水平上進行系統(tǒng)發(fā)生分析具有許多優(yōu)勢，所得到的結(jié)果更加科學(xué)、可靠。四 評價方法的改進遺傳算法和模擬退火算法的改進 用算法進行參數(shù)估計 乙型肝炎病毒基因區(qū)序列的系統(tǒng)發(fā)育樹分析彈貿(mào)攝爾霽斃攬磚鹵廡詒爾膚億鰾簡。鵝婭盡損鵪慘歷蘢鴛賴縈詰聾諦鰭皚?；诜肿拥倪M化研究已經(jīng)應(yīng)用到許多方面，如基因進化，物群劃分，交配系統(tǒng)，父親身份測試，環(huán)境監(jiān)視以及已經(jīng)轉(zhuǎn)移物種的疾病源的研究等。而挑選相鄰節(jié)點的標準，也就是距離法構(gòu)建進