【正文】 [] 程池，劉光全，李金霞，姚粟株芽孢桿菌 基因序列測(cè)定與系統(tǒng)發(fā)育學(xué)分析[].食品與發(fā)酵工業(yè)，（），鎦詩(shī)涇艷損樓紲鯗餳類(lèi)礙穡鰳責(zé)髕鵲。[方法]：利用持續(xù)通 的氣體循環(huán)培養(yǎng)體系、礦質(zhì)鹽固體培養(yǎng)基,分離、培養(yǎng)氫氧化細(xì)菌,觀(guān)察菌株形態(tài)并測(cè)定生理生化特征 序列分析法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)。從數(shù)據(jù)實(shí)驗(yàn)來(lái)看，改進(jìn)算法和中相應(yīng)的程序相比，在不增加時(shí)間消耗的同時(shí)，性能上有所提高。氬嚕躑竄貿(mào)懇彈瀘頷澩紛釓鄧鰲鱺貼。對(duì)于給定的樹(shù)的后驗(yàn)分布公式如下：其中，表示所有可能的分支長(zhǎng)度，表示進(jìn)化率。構(gòu)氽頑黌碩飩薺齦話(huà)騖門(mén)戲鷯瀏鯪晝。簡(jiǎn)約法在分析過(guò)程中可以相當(dāng)準(zhǔn)確地推斷出祖先序列，就單個(gè)核苷酸而言，這可能是微不足道的，但對(duì)于整個(gè)基因或者基因組來(lái)說(shuō)，它對(duì)了解進(jìn)化過(guò)程的作用是不可替代的。簡(jiǎn)約法的目標(biāo)就是，構(gòu)造一棵反映分類(lèi)物種之間最小變化的系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)。最大簡(jiǎn)約考察輸入數(shù)據(jù)中序列的多重比對(duì)結(jié)果，優(yōu)化出的發(fā)生樹(shù)能夠利用最少的離散步驟去解釋多重比對(duì)的堿基差異?；[叢媽羥為贍僨蟶練淨(jìng)櫧撻曉養(yǎng)鰲頓。一 引言二 系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)的構(gòu)建方法概括介紹具體介紹基于距離的方法……………………………………………………… 最大簡(jiǎn)約法 最大似然法 貝葉斯樹(shù)估計(jì)方法三 系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)的改進(jìn)算法 遺傳算法和模擬退火算法古序列構(gòu)建生物系統(tǒng)發(fā)育樹(shù) 基于 序列構(gòu)建側(cè)耳屬系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)聞創(chuàng)溝燴鐺險(xiǎn)愛(ài)氌譴凈禍測(cè)樅鋸鰻鯪。生物進(jìn)化是生物科學(xué)的靈魂，是生物科學(xué)體系的軸心。發(fā)育樹(shù)的構(gòu)建主要有兩類(lèi)方法，即基于算法的方法和基于最優(yōu)原則的方法。在整個(gè)樹(shù)中，所有簡(jiǎn)約信息位點(diǎn)最小核苷酸替換數(shù)的總和稱(chēng)為樹(shù)的長(zhǎng)度或樹(shù)的代價(jià)。因此，并集中核苷酸的數(shù)目也是生成外部節(jié)點(diǎn)上的核苷酸的最小替代數(shù)，外部節(jié)點(diǎn)從它們的共同祖先出發(fā)，通過(guò)這些替換，形成當(dāng)前的核苷酸狀態(tài)。這需要計(jì)算所有可能樹(shù)的似然，計(jì)算量是很大的，最大似然方法是以下面假定為前提的。如果有不同的突變率，那么有如下形式：識(shí)饒鎂錕縊灩筧嚌儼淒儂減攙蘇鯊運(yùn)。閿擻輳嬪諫遷擇楨秘騖輛塤鵜蘞鰱幟。嘰覲詿縲鐋囁偽純鉿錈癱懇跡見(jiàn)鮫請(qǐng)。假設(shè)()條長(zhǎng)度均為的序列構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)，樹(shù)的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)是有根樹(shù)，概率模型是—模型，第次序列比對(duì)中核苷酸相同的數(shù)目為，核苷酸相異的數(shù)目為，存在缺損的核苷酸位點(diǎn)數(shù)為，則系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)中各分枝長(zhǎng)度的最優(yōu)估計(jì)為濫驂膽閉驟羥闈詔寢賻減棲綜訴鮐巹。[] 孫嘯，路祖宏，謝建明 生物信息學(xué)基礎(chǔ) 清華大學(xué)出版社[]田鵬，劉占林分子系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)構(gòu)建的簡(jiǎn)易方法期刊：生物信息學(xué)；作者單位: 西部資源生物與現(xiàn)代生物技術(shù)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,西北大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院,西安綻萬(wàn)璉轆娛閬蟶鬮綰瀧恒蟬轅紗魚(yú)臚。[] 程池，劉光全，李金霞，姚粟株芽孢桿菌 基因序列測(cè)定與系統(tǒng)發(fā)育學(xué)分析[].食品與發(fā)酵工業(yè)，（），峴揚(yáng)斕滾澗輻灄興渙藺詐機(jī)憒頇驤經(jīng)。 株芽孢桿菌 基因序列測(cè)定與系統(tǒng)發(fā)育學(xué)分析采用 基因序列分析法對(duì)中國(guó)工業(yè)微生物菌種保藏管理中心（）保藏的株枯草芽孢桿菌（ ）進(jìn)行復(fù)核鑒定。熒紿譏鉦鏌觶鷹緇機(jī)庫(kù)圓鍰緘鶚鱭圓。基于全蛋白質(zhì)組的微生物構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)新近出現(xiàn)的信息離散性度量方法(簡(jiǎn)稱(chēng)方法)已在多個(gè)領(lǐng)域獲得成功的應(yīng)用，是一種非比對(duì)距離方法。一般的進(jìn)化樹(shù)分析中較少應(yīng)用。最大似然法考察輸入數(shù)據(jù)中序列的多重比對(duì)結(jié)果，優(yōu)化出擁有一定拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)和枝長(zhǎng)的發(fā)生樹(shù)，這個(gè)發(fā)生樹(shù)能夠以最大的概率導(dǎo)致考察的多重比對(duì)結(jié)果。最大似然法最初是由—和()提出，用于構(gòu)建基于基因頻率的發(fā)生樹(shù)”。蠟變黲癟報(bào)倀鉉錨鈰贅籜葦繯頹鯛潔。系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)構(gòu)建的方法通常有四種類(lèi)型：基于距離的方法，最大簡(jiǎn)約方法，最大似然法和貝葉斯估計(jì)方法。在分子水平上進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)生分析具有許多優(yōu)勢(shì)，所得到的結(jié)果更加科學(xué)、可靠。四 評(píng)價(jià)方法的改進(jìn)遺傳算法和模擬退火算法的改進(jìn) 用算法進(jìn)行參數(shù)估計(jì) 乙型肝炎病毒基因區(qū)序列的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)分析彈貿(mào)攝爾霽斃攬磚鹵廡詒爾膚億鰾簡(jiǎn)。鵝婭盡損鵪慘歷蘢鴛賴(lài)縈詰聾諦鰭皚?；诜肿拥倪M(jìn)化研究已經(jīng)應(yīng)用到許多方面，如基因進(jìn)化，物群劃分，交配系統(tǒng)，父親身份測(cè)試，環(huán)境監(jiān)視以及已經(jīng)轉(zhuǎn)移物種的疾病源的研究等。而挑選相鄰節(jié)點(diǎn)的標(biāo)準(zhǔn)，也就是距離法構(gòu)建進(jìn)