生物信息學(xué)名詞解釋-免費(fèi)閱讀
【正文】 什么是奮斗？奮斗就是每天很難，可一年一年卻越來(lái)越容易。私信filebased database searching are discussed in Bork amp。[3]motif作為結(jié)構(gòu)域中的亞單位，表現(xiàn)結(jié)構(gòu)域的各種生物學(xué)功能。Alignment scores are reported by HMMer and BLAST as bits scores. The likelihood that the query sequence is a bona fide homologue of the database sequence is pared to the likelihood that the sequence was instead generated by a “random” model. Taking the logarithm (to base 2) of this likelihood ratio gives the bits score.如：ATATATATGGATATATATATCGATATATATATATATATGGATATATATAT復(fù)合型（pound）。微衛(wèi)星DNA又叫簡(jiǎn)單重復(fù)序列（Simple Sequence Repeat，SSR），指的是基因組中由16個(gè)核苷酸組成的基本單位重復(fù)多次構(gòu)成的一段DNA，廣泛分布于基因組的不同位置，長(zhǎng)度一般在200 bp以下。其中，串聯(lián)重復(fù)序列是由相關(guān)的重復(fù)單位首尾相連、成串排列而成的。EXPECTE期望值（Evalue）這個(gè)數(shù)值表示你僅僅因?yàn)殡S機(jī)性造成獲得這一alignment結(jié)果的可能次數(shù)。正常情況下，人類(lèi)基因組“垃圾”序列的CpG二核苷酸相對(duì)稀少，并且總是處于甲基化狀態(tài)，與之相反，人類(lèi)基因組中大小為100—1000 bp左右且富含CpG二核苷酸的CpG島則總是處于未甲基化狀態(tài)，并且與56％的人類(lèi)基因組編碼基因相關(guān)?；蚪M印記病主要表現(xiàn)為過(guò)度生長(zhǎng)、生長(zhǎng)遲緩、智力障礙、行為異常。表觀遺傳的現(xiàn)象很多，已知的有DNA甲基化（DNAmethylation），基因組印記（genomicimpriting），母體效應(yīng)（maternaleffects），基因沉默（genesilencing），核仁顯性，休眠轉(zhuǎn)座子激活和RNA編輯（RNA editing）等。什么是表達(dá)譜基因表達(dá)譜(geneexpression profile)：指通過(guò)構(gòu)建處于某一特定狀態(tài)下的細(xì)胞或組織的非偏性cDNA文庫(kù),大規(guī)模cDNA測(cè)序,收集cDNA序列片段、定性、定量分析其mRNA群體組成,從而描繪該特定細(xì)胞或組織在特定狀態(tài)下的基因表達(dá)種類(lèi)和豐度信息,這樣編制成的數(shù)據(jù)表就稱(chēng)為基因表達(dá)譜什么是功能基因組學(xué)功能基因組學(xué)（Functuionalgenomics）又往往被稱(chēng)為后基因組學(xué)（Postgenomics），它利用結(jié)構(gòu)基因組所提供的信息和產(chǎn)物，發(fā)展和應(yīng)用新的實(shí)驗(yàn)手段，通過(guò)在基因組或系統(tǒng)水平上全面分析基因的功能，使得生物學(xué)研究從對(duì)單一基因或蛋白質(zhì)得研究轉(zhuǎn)向多個(gè)基因或蛋白質(zhì)同時(shí)進(jìn)行系統(tǒng)的研究。什么是RPKM、FPKMdenovo字面意思是全新，專(zhuān)業(yè)一點(diǎn)就是從頭測(cè)序。什么是測(cè)序深度和覆蓋度測(cè)序深度（Sequencing Depth）：測(cè)序得到的堿基總量（bp）與基因組大?。℅enome）的比值，它是評(píng)價(jià)測(cè)序量的指標(biāo)之一。Contig N50可以作為基因組拼接的結(jié)果好壞的一個(gè)判斷標(biāo)準(zhǔn)。UniGene (Unique什么是Segment duplication一般稱(chēng)為SD區(qū)域，串聯(lián)重復(fù)是由序列相近的一些DNA片段串聯(lián)組成。在研究癌癥基因組變異時(shí)，相對(duì)于正常組織，癌癥中特異的單核苷酸變異是一種體細(xì)胞突變（somatic mutation），稱(chēng)做SNV。傳統(tǒng)的微生物研究依賴(lài)于實(shí)驗(yàn)室培養(yǎng)，元基因組的興起填補(bǔ)了無(wú)法在傳統(tǒng)實(shí)驗(yàn)室中培養(yǎng)的微生物研究的空白。其主要原理是基于RNA分子與RNA結(jié)合蛋白在紫外照射下發(fā)生耦聯(lián)，以RNA結(jié)合蛋白的特異性抗體將RNA蛋白質(zhì)復(fù)合體沉淀之后，回收其中的RNA片段，經(jīng)添加接頭、RTPCR等步驟，對(duì)這些分子進(jìn)行高通量測(cè)序，再經(jīng)生物信息學(xué)的分析和處理、總結(jié)，挖掘出其特定規(guī)律，從而深入揭示RNA結(jié)合蛋白與RNA分子的調(diào)控作用及其對(duì)生命的意義。研究人員通過(guò)將獲得的數(shù)百萬(wàn)條序列標(biāo)簽精確定位到基因組上，從而獲得全基因組范圍內(nèi)與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA區(qū)段信息。Illumina能夠?qū)?xì)胞或者組織中的全部Small RNA進(jìn)行深度測(cè)序及定量分析等研究。什么是外顯子測(cè)序（whole exon sequencing）外顯子組測(cè)序是指利用序列捕獲技術(shù)將全基因組外顯子區(qū)域DNA捕捉并富集后進(jìn)行高通量測(cè)序的基因組分析方法。它們具有共同的起始點(diǎn)，但終止在不同的的核苷酸上，可通過(guò)高分辨率變性凝膠電泳分離大小不同的片段，凝膠處理后可用X光膠片放射自顯影或非同位素標(biāo)記進(jìn)行檢測(cè)。. . . .行者【轉(zhuǎn)載】生物信息學(xué)名詞解釋這個(gè)比較全什么是高通量測(cè)序？高通量測(cè)序技術(shù)（Highthroughput sequencing，HTS）是對(duì)傳統(tǒng)Sanger測(cè)序（稱(chēng)為一代測(cè)序技術(shù)）革命性的改變, 一次對(duì)幾十萬(wàn)到幾百萬(wàn)條核酸分子進(jìn)行序列測(cè)定, 因此在有些文獻(xiàn)中稱(chēng)其為下一代測(cè)序技術(shù)(next generation sequencing，NGS )足見(jiàn)其劃時(shí)代的改變, 同時(shí)高通量測(cè)序使得對(duì)一個(gè)物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進(jìn)行細(xì)致全貌的分析成為可能, 所以又被稱(chēng)為深度測(cè)序(Deep sequencing)。什么是基因組重測(cè)序（Genome Resequencing）全基因組重測(cè)序是對(duì)基因組序列已知的個(gè)體進(jìn)行基因組測(cè)序，并在個(gè)體或群體水平上進(jìn)行差異性分析的方法。外顯子測(cè)序相對(duì)于基因組重測(cè)序成本較低，對(duì)研究已知基因的SNP、Indel等具有較大的優(yōu)勢(shì)，但無(wú)法研究基因組結(jié)構(gòu)變異如染色體斷裂重組等。實(shí)驗(yàn)時(shí)首先將1830 nt范圍的Small RNA從總RNA中分離出來(lái)，兩端分別加上特定接頭后體外反轉(zhuǎn)錄做成cDNA再做進(jìn)一步處理后，利用測(cè)序儀對(duì)DNA片段進(jìn)行單向末端直接測(cè)序。什么是CHIRPSeqCHIRPSeq( Chromatin Isolation by RNA Purification )是一種檢測(cè)與RNA綁定的DNA和蛋白的高通量測(cè)序方法。什么是metagenomic（宏基因組）Magenomics研究的對(duì)象是整個(gè)微生物群落。過(guò)去幾年中，DNA測(cè)序技術(shù)的進(jìn)步以及測(cè)序通量和分析方法的改進(jìn)使得人們得以一窺這一未知的基因組科學(xué)領(lǐng)域。什么是INDEL (基因組小片段插入）基因組上小片段（50bp）的插入或缺失，形同SNP/SNV。串聯(lián)重復(fù)在人類(lèi)基因多樣性的靈長(zhǎng)類(lèi)基因中發(fā)揮重要作用。Gene Sequence Collection)UniGene是以自動(dòng)化的方式，對(duì)于每一個(gè)新進(jìn)入到GeneBank的序列，進(jìn)行序列相似性分析，如果可以找到可能是來(lái)自于同一個(gè)基因的基因組（cluster）,則將次序列歸入到這一個(gè)基因組，如果找
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