【正文】 RSS關(guān)[5]序列模式方法直接搜索關(guān)鍵的幾個保守殘基，忽略其他位置的氨基酸多態(tài)性。Conserved structural entities with distinctive secondary structure content and an hydrophobic core. In small disulphiderich and Zn2+binding or Ca2+ binding domains the hydrophobic core may be provided by cystines and metal ions, respectively. Homologous domains with mon functions usually show sequence similarities.結(jié)構(gòu)域（structure domain）是在蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)中介于二級和三級結(jié)構(gòu)之間的可以明顯區(qū)分但又相對獨立的折疊單元，每個結(jié)構(gòu)域自身形成緊實的三維結(jié)構(gòu)，可以獨立存在或折疊，但結(jié)構(gòu)域與結(jié)構(gòu)域之間關(guān)系較為松散?；蚪M注釋的研究內(nèi)容包括基因識別和基因功能注釋兩個方面。什么是基因組印記基因組印記(又稱遺傳印記)是指基因根據(jù)親代的不同而有不同的表達。常用工具包括velvet，transABYSS，Trinity等。RPKM,Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads, is defined in thisway [Mortazavi etal., 2008]:每1百萬個map上的reads中map到外顯子的每1K個堿基上的reads個數(shù)。覆蓋度是指測序獲得的序列占整個基因組的比例。將所有的Contig長度相加，能獲得一個Contig總長度。什么 Read Contig Unigene不同物種、個體基因組DNA序列同一位置上的單個核苷酸存在差別的現(xiàn)象。這種技術(shù)運用針對目標(biāo)蛋白的抗體把相應(yīng)的RNA蛋白復(fù)合物沉淀下來，然后經(jīng)過分離純化就可以對結(jié)合在復(fù)合物上的RNA進行測序分析。mRNA測序不對引物或探針進行設(shè)計，可自由提供關(guān)于轉(zhuǎn)錄的客觀和權(quán)威信息。每一次序列測定由一套四個單獨的反應(yīng)構(gòu)成，每個反應(yīng)含有所有四種脫氧核苷酸三磷酸(dNTP)，并混入限量的一種不同的雙脫氧核苷三磷酸(ddNTP)。獲得一個物種的全基因組序列是加快對此物種了解的重要捷徑。什么是Chipseq染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（ChromatinImmunoprecipitation，ChIP）也稱結(jié)合位點分析法，是研究體內(nèi)蛋白質(zhì)與DNA相互作用的有力工具，通常用于轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點或組蛋白特異性修飾位點的研究。什么是structure variation （SV）：基因組結(jié)構(gòu)變異染色體結(jié)構(gòu)變異是指在染色體上發(fā)生了大片段的變異。什么是softclipped reads當(dāng)基因組發(fā)生某一段的缺失，或轉(zhuǎn)錄組的剪接，在測序過程中，橫跨缺失位點及剪接位點的reads回帖到基因組時，一條reads被切成兩段，匹配到不同的區(qū)域，這樣的reads叫做softclipped reads，這些reads對于鑒定染色體結(jié)構(gòu)變異及外源序列整合具有重要作用。將Scaffold按照這個順序依次相加，當(dāng)相加的長度達到Scaffold總長度的一半時，最后一個加上的Scaffold長度即為Scaffold N50。當(dāng)然了，depth也有最大和最小值，這個都可以由信息分析得到。FPKM與RPKM計算方法基本一致。什么是比較基因組學(xué)比較基因組學(xué)(ComparativeGenomics)是基于基因組圖譜和測序基礎(chǔ)上，對已知的基因和基因組結(jié)構(gòu)進行比較，來了解基因的功能、表達機理和物種進化的學(xué)科。什么是DNA甲基化CpG島,英文名稱：CpG island定義：位于多種脊椎動物已知基因轉(zhuǎn)錄起始位點周圍、由胞嘧啶(C)和鳥嘧啶(G)組成的串聯(lián)重復(fù)序列。E=kmne^（λs）RNA Integrity Number (RIN)The RNA integrity number (RIN) is a software tool designed to help scientists estimate the integrity of total RNA samplesTRS、DRS、SSR指核心序列以不間斷的重復(fù)方式首尾相連構(gòu)成的DNA。Motif模體,拼一個春夏秋冬！贏一個無悔人生！早安！—————獻給所有努力的人.學(xué)習(xí)參考。.file is a table of positionspecific scores and gap penalties, representing an homologous family, that may be used to search sequence databases (Ref.:Evalue簡單重復(fù)序（SSR）也稱微衛(wèi)星DNA，其串聯(lián)重復(fù)的核心序列為1一6 bp，其中最常見是雙核苷酸重復(fù)，即（CA) n和（TG) n每個微衛(wèi)星DNA的核心序列結(jié)構(gòu)相同，重復(fù)單位數(shù)目10一60個，其高度多態(tài)性主要來源于串聯(lián)數(shù)目的不同。你可能會想為搜索設(shè)定一個期望值閥值（EXPECT），例如Defaults值設(shè)為10。用于概括涉及基因作圖、測序和整個基因組功能分析的遺傳學(xué)分支?；虻墓δ馨ǎ荷飳W(xué)功能，如作為蛋白質(zhì)激酶對特異蛋白質(zhì)進行磷酸化修飾；細胞學(xué)功能，如參與細胞間和細胞內(nèi)信號傳遞途徑；發(fā)育上功能，如參與形態(tài)建成等。FPKM(fragments per kilobase of exon per million fragments mapped).每1百萬個map上j的reads中map到外顯子的每1K個堿基上的reads個數(shù)。對于coverage，由于大片段拼接的gap（空白或者缺口）、測序讀長有限、重復(fù)序列等問題的存在，測序分析后組裝得到的基因組序列通常無法完全覆蓋所有區(qū)域，覆蓋度就是最終得到的結(jié)果占整個基因組的比例。將所有的Scaffold長度相加，能獲得一個Scaffold總長度。例如人類正常染色體拷貝數(shù)是2，有些染色體區(qū)域拷貝數(shù)變成1或3，這樣，該區(qū)域發(fā)生拷貝數(shù)缺失或增加，位于該區(qū)域內(nèi)的基因表達量也會受到影響。什么是miRNA測序成熟的microRNA（miRNA）是17~24nt的單鏈非編碼RNA分子，通過與mRNA相互作用影響目標(biāo)mRNA的穩(wěn)定性及翻譯，最終誘導(dǎo)基因沉默，調(diào)控著基因表達、細胞生長、發(fā)育等生物學(xué)過程。通過構(gòu)建不同長度的插入片段文庫和短序列、雙末端測序相結(jié)合的策略進行高通量測序，實現(xiàn)在全基因組水平上檢測疾病關(guān)聯(lián)的常見、低頻、甚至是罕見的突變位點，以及結(jié)構(gòu)變異等，具有重大的科研和產(chǎn)業(yè)價值。終止點由反應(yīng)中相應(yīng)的雙脫氧而定。簡單的樣品制備和數(shù)據(jù)分析軟件支持在所有物種中的mRNA測序研究。RIP技術(shù)下游結(jié)合microarray技術(shù)被稱為RIPChip，幫助我們更高通量地了解癌癥以及其它疾病整體水平的RNA變化。人基因組上平均約每1000個核苷酸即可能出現(xiàn)1個單核苷酸多態(tài)性的變化，其中有些單核苷酸多態(tài)性可能與疾病有關(guān)，但可能大多數(shù)與疾病無關(guān)。高