生物信息學(xué)4733545076(專(zhuān)業(yè)版)
【正文】 實(shí)驗(yàn)報(bào)告：1. 闡述實(shí)驗(yàn)步驟；2. 記錄實(shí)驗(yàn)結(jié)果；3. 對(duì)實(shí)驗(yàn)進(jìn)行總結(jié)。實(shí)驗(yàn)報(bào)告：1. 實(shí)驗(yàn)各步驟記錄和中間結(jié)果文件；2. 舉例簡(jiǎn)要說(shuō)明結(jié)果文件中數(shù)據(jù)的生物學(xué)意義。實(shí)驗(yàn)原理：利用實(shí)驗(yàn)一下載的核算和蛋白質(zhì)序列，提交到NCBI或者其他擁有BLAST運(yùn)算平臺(tái)的網(wǎng)頁(yè)上，觀察其基本參數(shù)設(shè)定庫(kù)文件類(lèi)型，并得到計(jì)算結(jié)果；同時(shí)在本地服務(wù)器上學(xué)會(huì)用formatdb格式化庫(kù)文件，并輸入BLAST命令進(jìn)行計(jì)算，獲得結(jié)果文件。生物信息學(xué)作為新型交叉應(yīng)用學(xué)科，可以依托本校已有的計(jì)算機(jī)科學(xué)、信息學(xué)、生物學(xué)和數(shù)學(xué)等學(xué)科優(yōu)勢(shì)，充分展現(xiàn)投入少、見(jiàn)效快、起點(diǎn)高的特色，推動(dòng)學(xué)校學(xué)科建設(shè)和本科教學(xué)水平。實(shí)驗(yàn)原理：首先對(duì)于輸入的每一條序列，兩兩之間進(jìn)行聯(lián)配，總共進(jìn)行n*（n1）/2次聯(lián)配，這一步通過(guò)一種快速的近似算法實(shí)現(xiàn)，其得分用來(lái)計(jì)算指導(dǎo)樹(shù)，系統(tǒng)樹(shù)圖能用于指導(dǎo)后面進(jìn)行的多序列聯(lián)配的過(guò)程。最后設(shè)計(jì)已知全長(zhǎng)基因序列的PCR擴(kuò)增引物。實(shí)驗(yàn)內(nèi)容：1. 下載perl程序在Windows和Linux下的安裝包并進(jìn)行安裝；2. 編寫(xiě)簡(jiǎn)單的perl程序，并學(xué)會(huì)debug；3. 編寫(xiě)具有簡(jiǎn)單功能的堿基處理perl程序。實(shí)驗(yàn)報(bào)告：1. 實(shí)驗(yàn)各步驟使用的數(shù)據(jù)、運(yùn)算平臺(tái)、結(jié)果文件記錄；2. 討論：如何應(yīng)用命令行生成腳本文件來(lái)完成大批量工作。實(shí)驗(yàn)四 ESTS分析實(shí)驗(yàn)?zāi)康模菏煜な褂靡幌盗猩镄畔W(xué)分析工具對(duì)測(cè)序得到ESTs序列數(shù)據(jù)進(jìn)行聚類(lèi)處理，由此對(duì)獲得表達(dá)基因的豐度等相關(guān)信息，并且對(duì)這些表達(dá)基因進(jìn)行功能的初步詮釋?zhuān)瑸楹罄m(xù)實(shí)驗(yàn)通過(guò)設(shè)計(jì)RACE引物獲得全長(zhǎng)基因，以及進(jìn)一步的功能注釋和代謝途徑分析做好準(zhǔn)備。實(shí)驗(yàn)原理：利用互聯(lián)網(wǎng)資源檢索相關(guān)的國(guó)內(nèi)外生物信息學(xué)相關(guān)網(wǎng)站，如：NCBI、SANGER、TIGR、KEGG、SWISSPORT、Ensemble、中科院北京基因組研究所、北大生物信息學(xué)中心等，下載其中相關(guān)的數(shù)據(jù)，如fasta、genbank格式的核算和蛋白質(zhì)序列、pathway等數(shù)據(jù)，理解其重要的生物學(xué)意義。實(shí)驗(yàn)一 熟悉生物信息學(xué)網(wǎng)站及其數(shù)據(jù)的生物學(xué)意義實(shí)驗(yàn)?zāi)康模号囵B(yǎng)學(xué)生利用互聯(lián)網(wǎng)資源獲取生物信息學(xué)研究前沿和
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