生物信息學基礎大作業(yè)報告-預覽頁
【正文】 所有序列的兩兩比對結果，通過序列兩兩之間的差異決定發(fā)生樹的拓撲結構和樹枝長度。使用距離法構建系統(tǒng)發(fā)生樹，所生成的樹的質(zhì)量取決于距離尺度的質(zhì)量和每次挑選相鄰結點的標準。 最大簡約法利用最大簡約方法構建系統(tǒng)發(fā)生樹，實際上是一個對給定分類單元所有可能的樹進行比較的過程，針對某一個可能的樹，首先對每個位點祖先序列的核苷酸組成做出推斷，然后統(tǒng)計每個位點用來闡明差異的核苷酸最小替換數(shù)目。簡約法的目標就是，構造一棵反映分類物種之間最小變化的系統(tǒng)發(fā)生樹。簡約法利用的只是對簡約分析提供信息的特征，即信息位點，非信息位點對構建最大簡約樹是無用的。買鯛鴯譖曇膚遙閆擷凄屆嬌擻歿鯰錆。當一個并集成為一個節(jié)點的核苷酸集時，通向該節(jié)點的分支的某個位置上必定發(fā)生一個核苷酸替換。簡約法在分析過程中可以相當準確地推斷出祖先序列，就單個核苷酸而言，這可能是微不足道的，但對于整個基因或者基因組來說，它對了解進化過程的作用是不可替代的。(，)將該方法引入到基于核苷酸序列的發(fā)生樹的構建，后來又擴展到氨基酸序列數(shù)據(jù)。這個方法采用一個參數(shù)模型 ，是一個維向量，是樹的拓撲結構。似然是所有可能樹的拓撲和從向量獲得的分支長度的最大化。構氽頑黌碩飩薺齦話騖門戲鷯瀏鯪晝。因此它們的搜索策略是相似的。最大似然法與貝葉斯方法的區(qū)別在于：前者對參數(shù)進行關節(jié)點評估，根據(jù)參數(shù)變動取似然性的峰值所對應的分支樹；后者則對參數(shù)概率分布進行邊界評估，根據(jù)參數(shù)變動取曲線分布覆蓋面積最大的函數(shù)所對應的分支樹。貝葉斯方法比最大似然法能表示更多的可信進化模型，替代率的變異可以再各個點建模，貝葉斯方法有一個非常寬的先驗分布，后驗概率分布用樣本和( )方法計算。對于給定的樹的后驗分布公式如下：其中，表示所有可能的分支長度，表示進化率。該軟件用仿真進行系統(tǒng)發(fā)育樹的貝葉斯推理。鯊腎鑰詘褳鉀溈懼統(tǒng)庫搖飭緡釷鯉憮。改進的算法要比原有算法性能上均有提高，得到的拓撲結構更加準確，因為在改進的算法中采用了遺傳算法和退火算法結合，克服了單純遺傳算法的早熟性，保證了物種的多樣性，達到了預期目標。氬嚕躑竄貿(mào)懇彈瀘頷澩紛釓鄧鰲鱺貼。隨著越來越多的微生物全基因組測序任務的完成，人們開始在整個基因組水平上探討物種的系統(tǒng)發(fā)育關系。慫闡譜鯪逕導嘯畫長涼馴鴇撟鉍鲞謠。應用基于非序列比對的熵密度分布方法結合對數(shù)關聯(lián)距離對種脊椎動物的線粒體完全基因組進行分析處理并構建系統(tǒng)發(fā)育樹，產(chǎn)生的樹將所選擇的生物體分為三個大類：哺乳類()、魚類()和初龍下綱(包括鳥類()和爬行類())，其拓撲結構與當前已知的用傳統(tǒng)方法產(chǎn)生的樹相似。從數(shù)據(jù)實驗來看，改進算法和中相應的程序相比，在不增加時間消耗的同時，性能上有所提高。用算法進行參數(shù)估計運用算法對存在插入或缺失但序列長度假設不變的觀測序列構建系統(tǒng)發(fā)育樹進行參數(shù)估計，為含缺損數(shù)據(jù)序列構建良好的系統(tǒng)發(fā)育樹作鋪墊。在模型下，設，則兩序列間每一位點核苷酸替代概率可表示為其中表示核苷酸發(fā)生顛換的概率，表示核苷酸發(fā)生轉(zhuǎn)換的概率，表示核苷酸不變的概率。[方法]：利用持續(xù)通 的氣體循環(huán)培養(yǎng)體系、礦質(zhì)鹽固體培養(yǎng)基,分離、培養(yǎng)氫氧化細菌,觀察菌株形態(tài)并測定生理生化特征 序列分析法構建系統(tǒng)發(fā)育樹。菌株經(jīng)純化培養(yǎng)，以改良法提取總，采用細菌 通用引物、方法（)進行 基因序列擴散，產(chǎn)物純化后直接進行序列測定，序列經(jīng)人工校對后用 進行比對分析，最后用軟件構建系統(tǒng)發(fā)育樹。目前，乳桿菌的系統(tǒng)發(fā)育關系也主要建立在 序列分析的基礎上。參考文獻（不少于篇）[] 劉清雪 遺傳模擬退火算法在系統(tǒng)發(fā)育樹構建中的應用研究碩士學位論文[] 馮思鈴系統(tǒng)發(fā)育樹構建方法研究海南大學信息科學技術學院[] 謝強，卜文俊以貝葉斯方法構建系統(tǒng)發(fā)育樹南開大學生命科學學院昆蟲學研究所昆蟲分子系統(tǒng)學實驗室，天津)倉嫗盤紲囑瓏詁鍬齊驁絛鯛鱧俁魷親。[] 程池，劉光全，李金霞，姚粟株芽孢桿菌 基因序列測定與系統(tǒng)發(fā)育學分析[].食品與發(fā)酵工業(yè)，（），鎦詩涇艷損樓紲鯗餳類礙穡鰳責髕鵲。[] [].湘潭大學自然科學學報，（）詩叁撻訥燼憂毀厲鋨驁靈韜鰍櫝驥
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