常見的生物信息學軟件的介紹和文獻依據(jù)(已修改)
2025-04-19 03:26 本頁面
【正文】 名稱簡介參考文獻備注ALINE一個產(chǎn)生出版質量比對的“所見即所得”蛋白質序列比對編輯器19390156AMDA用于自動微陣列數(shù)據(jù)分析的一個R包16824223AmiGO訪問本體論和注釋數(shù)據(jù)19033274AnnotationSketch基因組注釋繪圖庫，基因組特征可視化19106120Arcadia代謝通路的一個可視化工具，翻譯文本的生物學網(wǎng)絡描述為圖示20453003ArchTEx下一代測序數(shù)據(jù)片段的最佳延長及準確提取和可視化22302569ArrayExpress將ArrayExpress數(shù)據(jù)集導入到R/Bioconductor中19505942ArrayExpressHTS用于RNAseq數(shù)據(jù)處理和質量評估的一個流程21233166arrayMagic雙色cDNA微陣列質控和預處理15454413arrayQCplot用圖形分析和統(tǒng)計分析檢查微陣列數(shù)據(jù)質量的軟件16864592BALL生物化學算法庫20973958BALLView用于分子建模研究和教育的一個工具16332707BamTools分析和管理BAM文件的一個C++應用程序接口和工具包21493652Batch BlastExtractor批量Blast提取器：一個自動的blastx剖析器應用程序18831775BayesPeak分析ChIPseq數(shù)據(jù)的一個R包，峰識別21245054BEDTools比較基因組特征的一套靈活的實用程序，支持BED，BAM，GFF格式文件20110278BEST結合位點評估工具套件，整合了4種普遍使用的motif發(fā)現(xiàn)程序15814553BIGpre一個下一代測序數(shù)據(jù)質量評估程序包22289480BiNGO一個評估基因本體論類別在生物網(wǎng)絡中過代表的Cytoscape插件15972284Bio++用于序列分析、系統(tǒng)發(fā)生學、分子進化和群體遺傳學的一套C++庫16594991BioCoder一種標準化及自動化生物學實驗方案的編程語言21059251BioJavaJava語言編寫的一個生物信息學開源框架18689808biomaRt生物學數(shù)據(jù)庫（Ensembl）和微陣列數(shù)據(jù)分析（bioconductor）間的強力連接16082012Biopython適用于計算分子生物學和生物信息學的可免費獲得的python工具19304878BioRuby適用于Ruby編程語言的生物信息學軟件20739307BioWarehouse一個生物信息學數(shù)據(jù)倉庫整合工具包16556315birgHPC為生物信息學和分子動力學創(chuàng)建即時計算集群，自啟動linux發(fā)行版21398666Biskitpython編寫的一個結構生物信息學軟件平臺（庫）17237072BisoGenet一個新的基因網(wǎng)絡構建、可視化和分析工具，cytoscape插件20163717BlastR非編碼RNAs的快速且準確地數(shù)據(jù)庫搜索21624887Bowtie比對短DNA序列片段到大型基因組上的一個超快、內(nèi)存高效的程序19261174Bpipe一個運行和管理生物信息學流程的工具22500002BRAT重亞硫酸鹽處理的片段分析工具20031974BRATBW重亞硫酸鹽處理的片段的高效且準確地比對22563065Brian一個Python編寫的脈沖神經(jīng)網(wǎng)絡模擬器19115011BSMAP全基因組重亞硫酸鹽測序比對程序19635165BugView用于比較基因組的一個瀏覽器，Java編寫14693822Caryoscope在基因組環(huán)境中查看比較基因組雜交微陣列數(shù)據(jù)的一個開源Java應用程序15488149CEAS順式調控元件注釋系統(tǒng)，對ChIPchip，ChIPseq的峰進行注釋19689956CentiLib網(wǎng)絡中心性的綜合分析和探索22390940Cerebral一個使用亞細胞定位注釋進行生物網(wǎng)絡布局和交互的Cytoscape插件17309895ChemmineR一個化合物挖掘（結構相似性搜索和小分子聚類）R框架18596077ChIPDiff從ChIPseq數(shù)據(jù)中進行差異組蛋白修飾位點的全基因組識別的一種HMM方法18667444ChIPMunkChIPSeq數(shù)據(jù)中結合motif的深度和廣度挖掘20736340ChIPpeakAnno一個注釋ChIPseq和ChIPchip數(shù)據(jù)（峰）的Bio
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