生物信息學(xué)實驗(更新版)
【正文】 _Genomic [2][3]Bioinformatics_Experiment_03_Genetic [4][5][6],[7][8]四、先修課要求及教學(xué)策略與方法建議先修課要求：計算機基本操作、生物化學(xué)或分子生物學(xué)（對基因組知識有一定的了解）。主要強調(diào)利用各種公用的生物信息學(xué)資源進行上機實習(xí)過程的學(xué)習(xí)。重點：學(xué)會PSIBLAST的在線使用，和Pfam數(shù)據(jù)庫的檢索。在實驗過程中，授課老師提議同一個小組的學(xué)生一起討論，有問題向授課老師或助教提問。在實驗過程中，授課老師提議同一個小組的學(xué)生一起討論，有問題向授課老師或助教提問。在實驗過程中，授課老師提議同一個小組的學(xué)生一起討論，有問題向授課老師或助教提問。同時，學(xué)生可以在論壇中（專門為生物信息學(xué)試驗課設(shè)計的）發(fā)表自己的見解、交流學(xué)習(xí)心得。所用到的數(shù)據(jù)（內(nèi)容實體）必須是有內(nèi)在聯(lián)系的生物學(xué)研究對象。掌握從HapMap和dbSNP中獲取一段染色體片斷相關(guān)的遺傳變異信息。三掌握如何在PubMed中按照主題詞、作者名、出版年份、研究機構(gòu)等關(guān)鍵字進行文獻搜索。重點、難點：三個數(shù)據(jù)庫都涵蓋了幾乎所有的基因組信息，因此從眾多信息中如何獲得自己所感興趣的是本次試驗課的重點，也是難點。 通過本課程的學(xué)習(xí)，可以深化學(xué)生理解和使用由高通量技術(shù)所產(chǎn)生的大量生物信息的生物學(xué)背景及其分析方法；同時本課程與專業(yè)的需求緊密結(jié)合，通過學(xué)習(xí)，使學(xué)生能夠快速檢索網(wǎng)上信息，從而了解本學(xué)科的前言知識；通過學(xué)習(xí)使學(xué)生能夠與生物信息大型數(shù)據(jù)庫建立連接，取得已有的數(shù)據(jù)，從而為自己的研究服務(wù)。同時，學(xué)生可以在論壇中（專門為生物信息學(xué)試驗課設(shè)計的）發(fā)表自己的見解、交流學(xué)習(xí)心得。在實驗過程中，授課老師提議同一個小組的學(xué)生一起討論，有問題向授課老師或助教提問。其它教學(xué)環(huán)節(jié)：實驗課剛開始，授課老師結(jié)合ppt，以人類BRCA2基因為例，講授本次實驗課的主要內(nèi)容，并布置本次實驗作業(yè)。掌握該項目中各個數(shù)據(jù)庫之間的聯(lián)系。理解GO有什么用，它一方面為各個生物學(xué)數(shù)據(jù)庫注釋基因產(chǎn)物提供了統(tǒng)一化的詞匯、結(jié)構(gòu)，另一方面對生物信息學(xué)大規(guī)模計算、機器學(xué)習(xí)等提供了統(tǒng)一的基因注釋平臺。理解為什么會有BLAST程序包。理解ClustalW的結(jié)果可以用于哪些分析。理解（1）PSIBLAST程序運行的流程，PSSM與iteration的聯(lián)系。在實驗過程中，授課老師提議同一個小組的學(xué)生一起討論，有問題向授課老師或
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