生物信息學(xué)實驗(編輯修改稿)
2025-05-01 23:37 本頁面
【文章內(nèi)容簡介】 UniProt等在以前課時中已介紹過的數(shù)據(jù)庫。所用到的數(shù)據(jù)（內(nèi)容實體）必須是有內(nèi)在聯(lián)系的生物學(xué)研究對象。了解該項目的生物學(xué)研究對象。理解各個數(shù)據(jù)庫的內(nèi)容。掌握該項目中各個數(shù)據(jù)庫之間的聯(lián)系。重點：圍繞著一個自己感興趣的生物學(xué)研究對象，如蛋白質(zhì)家族，綜合運用核酸、蛋白質(zhì)、遺傳變異、文獻各個方面的數(shù)據(jù)庫進行信息檢索。難點：如何解釋各數(shù)據(jù)庫的查詢結(jié)果。其它教學(xué)環(huán)節(jié)：實驗課剛開始，授課老師結(jié)合ppt，對之前三次實驗課內(nèi)容作大概的回顧和總結(jié)，并布置本次實驗作業(yè)。在實驗過程中，授課老師提議同一個小組的學(xué)生一起討論，有問題向授課老師或助教提問。同時，學(xué)生可以在論壇中（專門為生物信息學(xué)試驗課設(shè)計的）發(fā)表自己的見解、交流學(xué)習(xí)心得。實驗五、Gene Ontology and SPIDer 4學(xué)時 基礎(chǔ)性主要內(nèi)容： GO（Gene Ontology）, SPIDer（Saccharomyces Proteinprotein Interaction Database）教學(xué)要求：了解（1）GO從生物過程、分子功能和細(xì)胞組分三個方面對基因和基因產(chǎn)物進行注釋，并以DAG的架構(gòu)進行組織。（2）SPIDer是我們小組開發(fā)的一個芽殖酵母蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)相互作用及可視化檢索系統(tǒng)。理解GO有什么用，它一方面為各個生物學(xué)數(shù)據(jù)庫注釋基因產(chǎn)物提供了統(tǒng)一化的詞匯、結(jié)構(gòu)，另一方面對生物信息學(xué)大規(guī)模計算、機器學(xué)習(xí)等提供了統(tǒng)一的基因注釋平臺。掌握GO和SPIDer兩個數(shù)據(jù)庫的檢索，如對于一個感興趣的蛋白質(zhì)復(fù)合體，在SPIDer中檢索這個復(fù)合體內(nèi)部成員之間的相互作用，還可以在GO中檢索這個復(fù)合體各個成員的注釋，并看兩者之間是否存在聯(lián)系。重點：GO知識架構(gòu)的組織方式，和GO數(shù)據(jù)庫的檢索。難點：要完成本次實驗課的作業(yè)，需要將GO和SPIDer這兩個分別代表基因注釋和蛋白質(zhì)相互作用的數(shù)據(jù)庫結(jié)合起來。其它教學(xué)環(huán)節(jié)：實驗課剛開始，授課老師結(jié)合ppt，講授本次實驗課的主要內(nèi)容，并布置本次實驗作業(yè)。在實驗過程中，授課老師提議同一個小組的學(xué)生一起討論，有問題向授課老師或助教提問。同時，學(xué)生可以在論壇中（專門為生物信息學(xué)試驗課設(shè)計的）發(fā)表自己的見解、交流學(xué)習(xí)心得。實驗六、BLAST 4學(xué)時 基礎(chǔ)性主要內(nèi)容： BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 教學(xué)要求：了解什么是BLAST，它有哪些應(yīng)用，幾種常用的BLA
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