生物信息學(xué)實(shí)驗(yàn)-wenkub
2023-04-19 23:37:33 本頁(yè)面
【正文】 環(huán)節(jié)：實(shí)驗(yàn)課剛開始，授課老師結(jié)合ppt，以人類胰島素基因Insulin為例，講授本次實(shí)驗(yàn)課的主要內(nèi)容，并布置本次實(shí)驗(yàn)作業(yè)。了解三個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)共有的特點(diǎn)，以及在可視化、提供的信息、所用到的序列比對(duì)工具等方面的不同之處。【適用專業(yè)】生物技術(shù)、生物科學(xué)【學(xué) 時(shí) 數(shù)】32學(xué)時(shí) 【編寫日期】2007年6月一、教學(xué)目標(biāo) 本課程旨在使學(xué)生了解生物信息學(xué)基本知識(shí)，掌握生物信息學(xué)的基本思路與方法。生物信息學(xué)實(shí)驗(yàn) Bioinformatics Experiment【課程編號(hào)】1411010【課程類別】專業(yè)方向課【學(xué) 分 數(shù)】1學(xué)分把最基本的生物信息學(xué)計(jì)算技術(shù)進(jìn)行聯(lián)機(jī)學(xué)習(xí)，突出基礎(chǔ)性和實(shí)用性，讓每個(gè)同學(xué)通過(guò)實(shí)際操作來(lái)體驗(yàn)復(fù)雜的生物學(xué)數(shù)據(jù)及其相關(guān)的分析手段。以人類胰島素基因Insulin為例，理解三個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)是如何注釋gene duplication、EST、SNP等基因組信息的。在實(shí)驗(yàn)過(guò)程中，授課老師提議同一個(gè)小組的學(xué)生一起討論，有問(wèn)題向授課老師或助教提問(wèn)。了解PubMed數(shù)據(jù)庫(kù)的基本內(nèi)容。其它教學(xué)環(huán)節(jié)：實(shí)驗(yàn)課剛開始，授課老師結(jié)合ppt，講授本次實(shí)驗(yàn)課的主要內(nèi)容，并布置本次實(shí)驗(yàn)作業(yè)。HapMap phaseI，phaseII是全面的有關(guān)人類遺傳變異數(shù)據(jù)庫(kù)，NCBI dbSNP存儲(chǔ)了所有的人類SNP數(shù)據(jù)，Haploview是通用的LD分析軟件。難點(diǎn)：如何使用Haploview工具進(jìn)行LD分析。實(shí)驗(yàn)四、Genome Databases，Literature Databaseand Genomic Variation Databases 4學(xué)時(shí) 綜合性 主要內(nèi)容：充分運(yùn)用所學(xué)的各種生命科學(xué)知識(shí)，各小組獨(dú)立選題、設(shè)計(jì)、 構(gòu)思一個(gè)以數(shù)據(jù)庫(kù)檢索為主的訓(xùn)練項(xiàng)目。理解各個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)的內(nèi)容。其它教學(xué)環(huán)節(jié)：實(shí)驗(yàn)課剛開始，授課老師結(jié)合ppt，對(duì)之前三次實(shí)驗(yàn)課內(nèi)容作大概的回顧和總結(jié)，并布置本次實(shí)驗(yàn)作業(yè)。（2）SPIDer是我們小組開發(fā)的一個(gè)芽殖酵母蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)相互作用及可視化檢索系統(tǒng)。難點(diǎn)：要完成本次實(shí)驗(yàn)課的作業(yè)，需要將GO和SPIDer這兩個(gè)分別代表基因注釋和蛋白質(zhì)相互作用的數(shù)據(jù)庫(kù)結(jié)合起來(lái)。實(shí)驗(yàn)六、BLAST 4學(xué)時(shí) 基礎(chǔ)性主要內(nèi)容： BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 教學(xué)要求：了解什么是BLAST，它有哪些應(yīng)用，幾種常用的BLAST程序包。難點(diǎn)：理解
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