生物信息學(xué)實(shí)驗(yàn)(專業(yè)版)
【正文】 在實(shí)驗(yàn)過(guò)程中，授課老師提議同一個(gè)小組的學(xué)生一起討論，有問(wèn)題向授課老師或助教提問(wèn)。理解ClustalW的結(jié)果可以用于哪些分析。理解GO有什么用，它一方面為各個(gè)生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)注釋基因產(chǎn)物提供了統(tǒng)一化的詞匯、結(jié)構(gòu)，另一方面對(duì)生物信息學(xué)大規(guī)模計(jì)算、機(jī)器學(xué)習(xí)等提供了統(tǒng)一的基因注釋平臺(tái)。其它教學(xué)環(huán)節(jié)：實(shí)驗(yàn)課剛開始，授課老師結(jié)合ppt，以人類BRCA2基因?yàn)槔?，講授本次實(shí)驗(yàn)課的主要內(nèi)容，并布置本次實(shí)驗(yàn)作業(yè)。同時(shí)，學(xué)生可以在論壇中（專門為生物信息學(xué)試驗(yàn)課設(shè)計(jì)的）發(fā)表自己的見解、交流學(xué)習(xí)心得。 三掌握如何在PubMed中按照主題詞、作者名、出版年份、研究機(jī)構(gòu)等關(guān)鍵字進(jìn)行文獻(xiàn)搜索。所用到的數(shù)據(jù)（內(nèi)容實(shí)體）必須是有內(nèi)在聯(lián)系的生物學(xué)研究對(duì)象。在實(shí)驗(yàn)過(guò)程中，授課老師提議同一個(gè)小組的學(xué)生一起討論，有問(wèn)題向授課老師或助教提問(wèn)。在實(shí)驗(yàn)過(guò)程中，授課老師提議同一個(gè)小組的學(xué)生一起討論，有問(wèn)題向授課老師或助教提問(wèn)。主要強(qiáng)調(diào)利用各種公用的生物信息學(xué)資源進(jìn)行上機(jī)實(shí)習(xí)過(guò)程的學(xué)習(xí)。掌握（1）PSIBLAST的在線使用，包括輸入，結(jié)果分析。難點(diǎn)：理解BLAST不同參數(shù)的含義，以及如何調(diào)整和適用情況。其它教學(xué)環(huán)節(jié)：實(shí)驗(yàn)課剛開始，授課老師結(jié)合ppt，對(duì)之前三次實(shí)驗(yàn)課內(nèi)容作大概的回顧和總結(jié)，并布置本次實(shí)驗(yàn)作業(yè)。HapMap phaseI，phaseII是全面的有關(guān)人類遺傳變異數(shù)據(jù)庫(kù)，NCBI dbSNP存儲(chǔ)了所有的人類SNP數(shù)據(jù)，Haploview是通用的LD分析軟件。以人類胰島素基因Insulin為例，理解三個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)是如何注釋gene duplication、EST、SNP等基因組信息的。了解三個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)共有的特點(diǎn)，以及在可視化、提供的信息、所用到的序列比對(duì)工具等方面的不同之處。實(shí)驗(yàn)三、Browsers and Tools for Genetic Variants Analysis 4學(xué)時(shí) 基礎(chǔ)性主要內(nèi)容： HapMap Generic Genome Browser, NCBI dbSNPs, Haploview教學(xué)要求：了解三者的主要內(nèi)容，及主要功能。難點(diǎn)：如何解釋各數(shù)據(jù)庫(kù)的查詢結(jié)果。重點(diǎn)：分析、理解BLAST的輸出結(jié)果和評(píng)分標(biāo)準(zhǔn)，如Bit Scores, Evalues。（3）HMMER與Pfam的聯(lián)系。五、考核方式采用作業(yè)與上機(jī)操作相結(jié)合的方式來(lái)考核學(xué)生所掌握到的知識(shí)，其中作業(yè)占50%、上機(jī)實(shí)習(xí)占50%。同時(shí)，學(xué)生可以在
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