【正文】 DSDYATEVSNMSRAQILAGTSVLAQANQVPQNVLSLLR ORIGIN 98 bp upstream of TaqI site. 1 aaggaaaaga tcatggcaca agtcattaat acaaacagcc tgtcgctgtt gacccagaat 61 aacctgaaca aatcccagtc cgctctgggc accgctatcg agcgtctgtc ttccggtctg 121 cgtatcaaca gcgcgaaaga cgatgcggca ggtcaggcga ttgctaaccg ttttaccgcg 181 aacatcaaag gtctgactca ggcttcccgt aacgctaacg acggtatctc cattgcgcag 241 accactgaag gcgcgctgaa cgaaatcaac aacaacctgc agcgtgtgcg tgaactggcg 301 gttcagtctg ctaacagcac caactcccag tctgacctcg actccatcca ggctgaaatc 蛋白序列 基因序列 361 acccagcgtc tgaacgaaat cgaccgtgta aatggccaga ctcagttcag cggcgtgaaa 421 gtcctggcgc aggacaacac cctgaccatc caggttggtg ccaacgacgg tgaaactatc 481 gatatcgatc tgaagcagat caactctcag accctgggtc tggatacgct gaatgtgcaa 541 caaaaatata aggtcagcga tacggctgca actgttacag gatatgccga tactacgatt 601 gctttagaca atagtacttt taaagcctcg gctactggtc ttggtggtac tgacgagaaa 661 attgatggcg atttaaaatt tgatgatacg actggaaaat attacgccaa agttaccgtt 721 acggggggaa ctggtaaaga tggctattat gaagtttccg ttgataagac gaacggtgag 781 gtgactcttg ctgcggtcac tcccgctaca gtgactactg cgacagcact gagtggaaaa 841 atgtacagtg caaatcctga ttctgacata gctaaagccg cattgacagc agcaggtgtt 901 accggcacag catctgttgt taagatgtct tatactgata ataacggtaa aactattgat 961 ggtggtttag cagttaaggt aggcgatgat tactattctg caactcaaga taaagatggt 1021 tccataagta ttgatactac gaaatacact gcagataacg gtacatccaa aactgcacta 1081 aacaaactgg gtggcgcaga cggcaaaacc gaagtcgtta ctatcgacgg taaaacctac 1141 aatgccagca aagccgctgg tcatgatttc aaagcagaac cagagctggc ggaacaagcc 1201 gctaaaacca ccgaaaaccc gctgcagaaa attgatgctg ctttggcaca ggttgacacg 1261 ttacgttctg acctgggtgc ggtacagaac cgtttcaact ccgctattac caacctgggc 1321 aacaccgtaa acaacctgtc ttctgcccgt agccgtatcg aagattccga ctacgcgacc 1381 gaagtctcca acatgtctcg cgcgcagatt ctgcagcagg ccggtacctc cgttctggcg 1441 caggcgaacc aggttccgca aaacgtcctc tctttactgc gttaa // 記錄結(jié)束 ? 少量序列利用 BankIt提交，大量序列利用 Sequin程序進行提交。 Enterobacteriales。 Proteobacteria。 圖 65 NCBIEntrez crossdatabase檢索界面 美國國家生物技術(shù)信息中心 （ NCBI） Entrez Entrez ,The Life Sciences Search Engine PubMed: biomedical literature citations and abstracts 是一個醫(yī)學(xué)文獻網(wǎng)絡(luò)搜索界面 BLAST ( Basic Local Alignment search Tool) 是 DNA 或氨基酸序列比對分析的重要軟件 OMIM: online Mendelian Inheritance in Man 人類孟德爾遺傳數(shù)據(jù)庫在線 Books: online books TaxBrowser： Taxonomy browser 分類瀏覽器 Structure： 該目錄下最重要的資源是分子模型數(shù)據(jù)庫 MMDB 及 Cn3D 生物大分子三維模型查看軟件 ?EMBL和 GenBank數(shù)據(jù)庫識別標志 EMBL識別標志 GenBank識別標志 含義 ID LOCUS 標識字符串及短描述字 XX 為閱讀清晰而加的空行 AC ACCESSION 唯一的提取號 SV VERSION 序列版本號 DT DATE 建立日期 DE DEFINITION 簡單的描述 KW KEYWORDS 關(guān)鍵字 OS SOURCE 來源生物體 OC ORGANISM 生物體分類譜系 RN REFERENCE 引文編號 RC REMARK 引文注釋 RP 其他注釋 RX MEDLINE MEDLINE引文代碼 RA AUTHORS 引文作者 RT TITLE 引文題目 RL JOURNAL 引文出處 CC COMMENT 評注 DR 相關(guān)數(shù)據(jù)庫交叉引用號 FH FEATURES 特性表頭 FT 特征表 SQ EMBL序列開始，后跟長度、字母數(shù) BASE COUNT GeneBank堿基數(shù) ORIGIN GeneBank序列開始標志，為空行 // // 序列結(jié)束標志 ?GenBank核酸數(shù)據(jù)庫實例 以人畜共患的病源菌鼠傷寒沙門氏菌（ Salmonella typhimurium ） H1相抗原基因 H1i為例，簡要說明 GenBank核酸數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)格式。而且可以通過其生物醫(yī)學(xué)文獻摘要數(shù)據(jù)庫（ MEDLINE），獲取序列相關(guān)的文獻信息。 ?Genbank對數(shù)據(jù)記錄的處理 劃分為 細菌類、病毒類、靈長類、嚙齒類， EST數(shù)據(jù)、基因組測序數(shù)據(jù)、大規(guī)模基因組序列數(shù)據(jù)等 16類。 ?Genbank數(shù)據(jù)直接來源 測序工作者提交的序列、測序中心提交的大量 EST序列、其它測序數(shù)據(jù)以及與其它數(shù)據(jù)機構(gòu)協(xié)作交換的數(shù)據(jù)。 二次數(shù)據(jù)庫 核 酸 基因組作圖 基因組圖 譜 基因組 數(shù)據(jù)庫 序列測定 核酸序列 核酸序列數(shù)據(jù)庫 序列測定 結(jié)構(gòu)測定 蛋白質(zhì)序列 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu) 蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫 蛋白質(zhì) 圖 62 生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫相互關(guān)系 ? 生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫相互關(guān)系 ?常用數(shù)據(jù)庫 類 型 名 稱 網(wǎng) 址 核 酸 序 列 一次數(shù)據(jù)庫 Genebank EMBL DDBJ 基因組 一次數(shù)據(jù)庫 GDB 蛋 白 質(zhì) 序 列 一次數(shù)據(jù)庫 SWISSPROT PIR TrEMBL UniProt MIPS GenPept NRL3D 復(fù)合數(shù)據(jù)庫 NRDB OWL SWISSPROT＋TrEMBL 二次數(shù)據(jù)庫 PROSITE PRINTS BLOCKS Pfam IDENTIFY COGs ProDom 結(jié) 構(gòu) 一次數(shù)據(jù)庫 PDB MMDB 二次數(shù)據(jù)庫 DSSP HSSP FSSP PSdb 結(jié)構(gòu)分類 SCOP CATH PDBsum 分類 二次數(shù)據(jù)庫 ProtoMap 蛋白質(zhì)組 蛋白質(zhì)組 氨基酸索引 AAindex 蛋白質(zhì)間功能關(guān)系 Predictome 蛋白質(zhì)組分析 Proteome Analysis 二維凝膠電泳 GELBANK SWISS2DPAGE 酵母蛋白質(zhì)定位 模式生物蛋白質(zhì)組 Bioknowledge Librnary 一、核酸數(shù)據(jù)庫 ?（一）核酸序列數(shù)據(jù)庫 目前，國際上主要有 Genbank、 EMBL、DDBJ三大核酸序列數(shù)據(jù)庫，三大核酸數(shù)據(jù)庫之間每天相互交換數(shù)據(jù)，保持數(shù)據(jù)同步更新。 ? 二次數(shù)據(jù)庫 ：針對不同的研究內(nèi)容和需要在一次數(shù)據(jù)庫、實驗數(shù)據(jù)和理論分析的基礎(chǔ)上對相關(guān)生物學(xué)知識和信息進行進一步分析和整理。 ?常用的數(shù)據(jù)庫有 ： 核酸序列數(shù)據(jù)庫（ Nucleotide Sequence Databases） RNA 序列數(shù)據(jù)庫（ RNA sequence databases） 蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫（ Protein sequence databases） 結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫（ Structure Databases） 基因組數(shù)據(jù)庫（ Genomics Databases (nonvertebrate)） 代謝酶相關(guān)產(chǎn)物（ Metabolic and Signaling Pathways） 人類和其他脊椎動物基因組（ Human and other Vertebrate Genomes） 人類基因和疾?。?Human Genes and Diseases） 芯片和其他基因表達數(shù)據(jù)庫 (Microarray Data and other Gene Expression Databases)； 蛋白 組資源 (Proteomics Resources )； 其他分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫 (Other Molecular Biology Databases) 細胞器官數(shù)據(jù)庫 (Organelle databases)； 植物數(shù)據(jù)庫 (Plant databases)； 免疫學(xué)數(shù)據(jù)庫 (Immunological databases) 第二節(jié) 常用數(shù)據(jù)庫 ?生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫類型 ? 一次數(shù)據(jù)庫 ：數(shù)據(jù) 直接來源于實驗獲得的原始數(shù)據(jù)，僅對原始數(shù)據(jù)進行簡單的歸類整理和注釋。 ? “ 中改 ” ： 即通過對 來源于不同 蛋白質(zhì)的 結(jié)構(gòu)域進行拼接和組裝 ，從而較大程度的改變其結(jié)構(gòu)和功能。 是否未知蛋白序列與已知功能的蛋白質(zhì)相似 確定跨膜螺旋、卷曲螺旋和前導(dǎo)序列 未知序列是否包含保守序列模體 查對 PROSITE數(shù)據(jù)庫庫 查對 BLOCKS和 PRINTS數(shù)據(jù)庫 整理所有肯定的結(jié)果并核對一致性 預(yù)測蛋白質(zhì)功能 蛋白質(zhì)功能預(yù)測流程圖 （三）蛋白質(zhì)功能預(yù)測 (引自 HPDB蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫（ （四）蛋白質(zhì)分子設(shè)計 ? 蛋白質(zhì)分子設(shè)計類型：按照被改造部位的多少可以分為 “ 小改 ” 、 “ 中改 ” 和 “ 大改 ” 三種。 ? 把 未知結(jié)構(gòu) 的蛋白質(zhì)序列與 已知具有三維結(jié)構(gòu) 的蛋白質(zhì)序列進行 序列比對 ，有助于進一步了解該未知結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)的空間折疊信息 （一）蛋白質(zhì)序列分析 （二）蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測 ? 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測內(nèi)容 二級結(jié)構(gòu)預(yù)測 三維結(jié)構(gòu)預(yù)測 ? 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測方法 理論分析方法： 是在理論計算的基礎(chǔ)上進行結(jié)構(gòu)預(yù)測。生物信息學(xué)在蛋白質(zhì)的序列分