【正文】 filaments of bacterial flagella. CC ! MISCELLANEOUS: Individual Salmonella serotypes usually alternate between the production of 2 antigenic forms of flagella, termed phase 1 and phase 2, each specified by separate structural genes, fliC and fljB. CC ! SIMILARITY: Belongs to the bacterial flagellin family. CC DR EMBL。 。 Genomic_DNA. DR EMBL。 。 Genomic_DNA. DR EMBL。 。 Genomic_DNA. DR EMBL。 。 Genomic_DNA. DR EMBL。 。 Genomic_DNA. DR PIR。 A24262. DR PIR。 S16121. DR PDB。 Xray。 1P95。 A=57451. DR PDB。 EM。 KW 3Dstructure。 Flagellum. FT INIT_MET 1 1 Removed (By similarity). FT CHAIN 2 495 Flagellin. FT /FTId=PRO_0000182578. FT CONFLICT 127 127 S N (in Ref. 1). FT CONFLICT 133 133 N S (in Ref. 1). …… FT HELIX 3 32 FT TURN 37 39 FT HELIX 44 98 關(guān)鍵詞 特征表 不同來源數(shù)據(jù)庫的沖突位點(diǎn) 二級(jí)結(jié)構(gòu)信息 SQ SEQUENCE 495 AA。 4BD7849FA3B936BA CRC64。 美國國家生物醫(yī)學(xué)研究基金會(huì)與國際蛋白質(zhì)信息中心（ PIRInternational）共同維護(hù)。 ? PIR網(wǎng)址： ?是一個(gè)經(jīng)計(jì)算機(jī)注釋的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫，采用SWISSPROT數(shù)據(jù)庫格式。 ?TrEMBL為 SWISSPROT數(shù)據(jù)庫及時(shí)提供補(bǔ)充。通過文本檢索、序列相似檢索以及 UniProt Ftp網(wǎng)站可獲得蛋白質(zhì)序列。目前，根據(jù)序列相似程度可將 UniRef數(shù)據(jù)庫分為 UniRef100、 UniRef90和 UniRef50 3個(gè)子庫 （ 3） UniParc（ UniProt Archive）：儲(chǔ)存大量蛋白質(zhì)研究的歷史信息。 ? UniProt網(wǎng)址： 圖 68 核心數(shù)據(jù) 圖 69 核心數(shù)據(jù)（續(xù)）、引用文獻(xiàn)與評(píng)注 圖 610 交互檢索與關(guān)鍵詞 圖 611 特征表與序列信息 5. GenPept數(shù)據(jù)庫 ?GenPept數(shù)據(jù)庫特點(diǎn) 由 Genebank數(shù)據(jù)庫的核酸序列經(jīng)翻譯后產(chǎn)生。 ? GenPept蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫實(shí)例 以鼠傷寒沙門氏菌 S. typhimurium H1i基因編碼的鞭毛蛋白為例進(jìn)行 GenPept數(shù)據(jù)庫檢索 。 Proteobacteria。 Enterobacteriales。 Salmonella. REFERENCE 1 (residues 1 to 490) AUTHORS Joys,. TITLE The covalent structure of the phase1 flagellar filament protein of Salmonella typhimurium and its parison with other flagellins JOURNAL J. Biol. Chem. 260 (29), 1575815761 (1985) PUBMED 2999134 COMMENT Draft entry and clean copy sequence for [1] kindly provided by , 18FEB1986. Individual Salmonella serotypes usually alternate between the production of two antigenic forms of flagella, termed phase1 and phase2, each specified by separate structural genes. …… 序列標(biāo)識(shí) 簡單描述 序列編號(hào) 版本號(hào) 關(guān)鍵詞 物種來源 物種分類 引文編號(hào) 引文作者 引文標(biāo)題 引文出處 評(píng)注 FEATURES Location/Qualifiers source 1..490 /anism=Salmonella typhimurium /db_xref=taxon:602 Protein 1..490 /name=phase1 flagellar filament protein Region 1..490 /region_name=PRK08026 /note=flagellin。 pfam00669 /db_xref=CDD:64529 Region 191..256 /region_name=Flagellin_D3 /note=Flagellin D3 domain. This domain is found in the central portion bacterial flagellin FliC. The domain contains a structural motif called a betafolium fold。 ? PROSITE數(shù)據(jù)庫組成 包含 Prosite（數(shù)據(jù)文件）和 PrositeDoc（說明文件）兩個(gè)文件數(shù)據(jù)庫。 圖 612 PROSITE數(shù)據(jù)庫主頁 ?PROSITE數(shù)據(jù)庫作用 ：可確定一段新蛋白質(zhì)序列中包含的功能位點(diǎn)以及其歸屬的蛋白質(zhì)家族。 PRINTS 網(wǎng)址： ? 序列模塊（ block）： 是通過序列比對(duì)得到的若干蛋白質(zhì)序列中 具有較高相似性的序列片段 。 ? BLOCKS的網(wǎng)址： （三）蛋白結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫 ? PDB(Protein Data Bank）蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫是國際上 最完整的 蛋白質(zhì)、核酸、糖類、蛋白質(zhì) 核酸復(fù)合物及病毒等 生物大分子三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫。 ? 其數(shù)據(jù)庫增長曲線， 如圖 614所示。seqid=100) ? PDB數(shù)據(jù)庫作用 提供序列詳細(xì)信息、原子坐標(biāo)、三維結(jié)構(gòu)、交叉檢索等與結(jié)構(gòu)相關(guān)的信息。 ? 三維結(jié)構(gòu)的動(dòng)態(tài)展示 （如圖 616 所示）。 COMPND 2 MOLECULE: PHASE 1 FLAGELLIN。 SOURCE 2 ORGANISM_SCIENTIFIC: SALMONELLA TYPHIMURIUM。 ? 只收錄通過 X射線晶體衍射和核磁共振實(shí)驗(yàn)測定的生物大分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)。 ? 具有生物大分子三維結(jié)構(gòu)模型展示、結(jié)構(gòu)分析和結(jié)構(gòu)比較等功能。 圖 617 Salmonella typhimurium H1i鞭毛蛋白（ P06176） F41片段 MMDB三維結(jié)構(gòu)圖（ Cn3D ）。 ? 將蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)分為 7種類型， 如表 65所示。 表 65 DSSP的 7種二級(jí)結(jié)構(gòu)類型 類型 H E G I B T S 含義 α螺旋 β折疊 3(10)螺旋 π螺旋 孤立 β橋 氫鍵轉(zhuǎn)折 彎曲 DSSP 的網(wǎng)址： (HomologyDerived Secondary Structure of Protein) ?是一個(gè)蛋白質(zhì)同源序列比對(duì)數(shù)據(jù)庫，將相似序列的蛋白質(zhì)聚集成結(jié)構(gòu)同源的家族，并隱含二級(jí)結(jié)構(gòu)和空間結(jié)構(gòu)信息。 ?HSSP的網(wǎng)址是： （五）蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類數(shù)據(jù)庫 (Structural Classification of Proteins) ? 性質(zhì) ：是一個(gè)蛋白質(zhì) 結(jié)構(gòu)分類數(shù)據(jù)庫。 提供 PDB鏈接、蛋白質(zhì)序列、空間結(jié)構(gòu)圖像展 示、參考文獻(xiàn)鏈接等服務(wù)。 圖 618 Scop結(jié)構(gòu)分類圖 SCOP的網(wǎng)址是： 2. CATH ? CATH數(shù)據(jù)庫層次 ： 類型層次 ：分為 ?主類、 ?主類、 ??類（ ?/?型和 ?+?型）、低二級(jí)結(jié)構(gòu)類 4類。 拓?fù)鋵哟?：為二級(jí)結(jié)構(gòu)的形狀和二級(jí)結(jié)構(gòu)間的聯(lián)系。 序列層次 ：根據(jù)序列同源性不同分為 S、 O、 L、 I、 D五種。 ? 提供檢索蛋白質(zhì)各級(jí)結(jié)構(gòu)信息的統(tǒng)一界面。 ? ProtoMap數(shù)據(jù)庫有助于對(duì)已知蛋白質(zhì)家族進(jìn)行精細(xì)劃分，闡釋家族間的相互關(guān)系。 ? 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測流程：如下圖所示 蛋白質(zhì)序列 實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù) 數(shù)據(jù)庫搜索 結(jié)構(gòu)域匹配 序列多重比對(duì) 折疊方式識(shí)別 折疊家族分析 二級(jí)結(jié)構(gòu)比對(duì) 序列結(jié)構(gòu)比對(duì) 比較建模 三維結(jié)構(gòu)模型 PDB 同源結(jié)構(gòu) 二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測 從頭計(jì)算 三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測 可預(yù)測的折疊 折疊識(shí)別 同源建模 有 圖 619 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測流程圖 (參考： ) 一、蛋白質(zhì)序列比對(duì) ? 序列比對(duì)的功能 ：探尋分子進(jìn)化關(guān)系及產(chǎn)生共同功能的序列模式；分析和預(yù)測一些新基因的功能 ；預(yù)測蛋白質(zhì)的空間結(jié)構(gòu)及生物學(xué)功能 ；獲得有價(jià)值的參考信息 。 ? NCBI 網(wǎng)站 Blast的基本類型 ：見下表： 程 序 數(shù) 據(jù) 庫 查詢序列 應(yīng) 用 nucleotide blast (blastn) 核 酸 核苷酸 同源比對(duì) protein blast (blastp) 蛋白質(zhì) 蛋白質(zhì) 同源比對(duì) blastx 蛋白質(zhì) 已翻譯核苷酸 DNA序列、 EST序列分析 tblastn 已翻譯核苷酸 蛋白質(zhì) 編碼區(qū)分析 tblastx 已翻譯核苷酸 已翻譯核苷酸 EST序列分析 表 66 BLAST 基本類型 表 67 基本氨基酸簡寫字符表 英文名稱 三字符 單字符 中文名稱 英文名稱 三字符 單字符 中文名稱 alanine Ala A 丙氨酸 proline Pro P 脯氨酸 arginine Arg R 精氨酸 pyrrolysine Pyl O 吡咯賴氨酸 asparagine Asn N 天冬酰胺 serine Ser S 絲氨酸 aspartic acid Asp D 天冬氨酸 selenocysteine Sec U 硒代半胱氨酸 cysteine Cys C 半胱氨酸 threonine Thr T 蘇氨酸 glutamine Gln Q 谷氨酰胺 tryptophan Trp W 色氨酸 glutamic acid Glu E 谷氨酸 tyrosine Tyr Y 酪氨酸 glycine Gly G 甘氨酸 valine Val V 纈氨酸 histidine His H 組氨酸 aspa