perl語(yǔ)言在生物信息學(xué)中的應(yīng)用-文庫(kù)吧資料
2024-08-08 08:36本頁(yè)面
【正文】 對(duì)前一個(gè)匹配模式的重復(fù)，不是匹配后的字符的重復(fù)。 模式匹配的 3種類型： m//模式匹配， s///匹配并替換， tr///逐一替換，翻譯 模式匹配之一：元字符 + 一個(gè)或多個(gè)相同的前導(dǎo)字符 (模式 )。對(duì)數(shù)組中的每個(gè)元素匹配。 } 用于條件判斷： grep：正則表達(dá)式只對(duì)簡(jiǎn)單變量匹配，如果是數(shù)組 a=~/abc/，則 ?2?=~/abc/。 匹配操作符 =~、 !~ $question=“expleaseding” $question =~ /please/ $question!~/edit/ 正則表達(dá)式的使用 if ($question =~ /please/) { print (Thank you for being polite!\n)。 regular expression，規(guī)則表達(dá)式 模式匹配，在字符串中尋找特定序列的字符。 正則表達(dá)式 (模式匹配 ) 檢驗(yàn)匹配是否成功 =~字符串是否匹配模式，匹配則為真，沒(méi)有匹配則為假。文件是否存在。 ?syswrite(F,$data,length,$offset)。 ?write用于格式化輸出。 ()可省略。 str輸出內(nèi)容。 ?print F ( “str”)。 寫(xiě)文件 ?printf(“format str”,$a,$b…)。)。每次讀完一個(gè)文件輸出eof. if(eof()){print 39。eof39。 ＠ ARGV＝（” file1” ,” file2”） 。 文件尾檢測(cè)： eof和 eof()。 4。 3。 2。無(wú)參數(shù)則打開(kāi) STDIN讀。 1。 是對(duì) $ARGV的引用。 ? 當(dāng)從 STDIN中讀時(shí)，可省略為 。 ? ＠ array=file文件內(nèi)容全部讀出，每行為一個(gè)元素。可用 chomp($s)去除此標(biāo)志，行尾不含 $/則不去除字符。 $/=‘ \n39。 文件緩沖 緩沖 無(wú)緩沖 打開(kāi)： open,sysopen sysopen 關(guān)閉 close 讀 ,readline sysread 寫(xiě) print syswrite 定位 tell,seek sysseek 讀文件 ? $line=file讀一行到 line，指針后移一行。以下的內(nèi)容只要讀出。 open(F,“ m|” )?？勺x可寫(xiě)，文件不存在則失敗，否則覆蓋原文件 ? 讀寫(xiě)： +，文件不存在則創(chuàng)建，存在則清空再寫(xiě) ? 讀寫(xiě)： +，文件不存在則創(chuàng)建，存在則追加 ? 管道： |， open(F,“ | cathello” )。 文件不存在則創(chuàng)建新文件，存在則清空重寫(xiě) ? 追加： open(F, “filename”)?；蛘?open(F, “filename”)。 ? STDERR：錯(cuò)誤輸出，顯示屏。不必調(diào)用 open就可以直接訪問(wèn) ? STDIN：鍵盤(pán)輸入，控制臺(tái)。 ? 成功返回非零，失敗返回零 ? HANDLE：文件句柄，用來(lái)代表操作的文件。 關(guān)聯(lián)數(shù)組操作函數(shù) ? keys(%hash), values(%hash)分別返回鍵和值的列表，返回元素?zé)o順序 ? ($key, $value)=each(%hash)效率高于先用foreach $k (keys %h), 再用 $hash{$k} ? exists $hash,‘key’判斷關(guān)鍵字是否存在 ? undef(%h)相當(dāng)于刪除散列 %h=()。 ? keys=(‘a(chǎn)’,’b’,’c’)。 ? %h=(%first, %second)。 ? %h1=%h2。 ? %h=a。 ? 關(guān)聯(lián)數(shù)組的下標(biāo)為關(guān)鍵字 key，由 key得到的值為 value ? 上式的意義是 %h=(1=‘a(chǎn)’,2=’b’)。 $aoa[0][0]。b=(‘ a’ ,‘ b’ ,‘ c’ )。元素用 $_替代，如 map($_+1, (1,2))?(2,3) 二維數(shù)組 aoa=**1,2,3+,*‘a(chǎn)’,’b’,’c’++。 數(shù)組函數(shù)（三） ? splice函數(shù)： ret = splice(a, skip, length, newlist)。 a=split(/,/,$s, 2)。 a=split(/,/,$s)。 join(‘:’, a)=“a:b”。 在數(shù)組末尾添加元素 ? pop(a)。 刪除數(shù)組第一個(gè)元素并返回該值，缺省對(duì)ARGV數(shù)組 ? unshift(a)。 取數(shù)組的逆序 ? chop a。 ? a[1,2,3]=a[3,2,4]。 sub=a[b]。 ? a*1,3+=(“a”,”b”)。 元素直接相連 print “a”。 $a為數(shù)組長(zhǎng)度， $a為數(shù)組的最后一個(gè)元素的索引 ? ($a)=a。 ? $a=1, $b=2, $c=3, $d=“”。 ? $x=1, $y=2。 ? $x=1, $y=2, $z=3。 ? $a=$a[1]。 自動(dòng)增長(zhǎng)，其他元素為 NULL ? 讀取不存在的元素為空： $b = $a[6]。 從屏幕輸入進(jìn)行賦值，按下 CTRLd結(jié)束 ? 改變?cè)氐闹担?$a[1]=3。 a=(1,a,4)。 b=a。 ? $：內(nèi)部變量 ， 包含錯(cuò)誤信息。 ? warn： 輸出信息后不退出程序，只起警報(bào)作用。 open(F,’ file’ )||die “ can’ t open” 。amp。amp。 ? print $a while ($a=0)。){} ? foreach循環(huán)語(yǔ)句 foreach ? 語(yǔ)法： foreach $w(list|array){statement} ? ()內(nèi)可以是數(shù)組 a，也可以是列表 (1,2,3) ? 數(shù)組元素值可以修改，列表則是常量 ? $w不影響本來(lái)已定義的變量 $w，循環(huán)結(jié)束后恢復(fù) ? 可以用 $a(a)用相同的變量名稱 ? 示例： ? foreach $a(a){}用于數(shù)組 ? foreach $a(1,2,3,4){}用于列表 ? foreach $k(keys %h){}用于哈希 /散列 ? foreach $a(a[1,2,4]){}僅對(duì)數(shù)組部分元
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