生物信息學(xué)軟件介紹-全文預(yù)覽
【正文】 此可以保證不出非目的產(chǎn)物的假帶 。 上下游引物的 GC含量不能相差太大 。 圍繞這幾條基本原則，設(shè)計(jì)引物需要考慮諸多因素，如： ? 引物長(zhǎng)度（ primer length）， ? 產(chǎn)物長(zhǎng)度（ product length）， ? 序列 Tm值 (melting temperature)， ? ΔG值 (internal stability)， ? 引物二聚體及發(fā)夾結(jié)構(gòu)（ duplex formation and hairpin）， ? 錯(cuò)誤引發(fā)位點(diǎn)（ false priming site）， ? 引物及產(chǎn)物 GC含量（ position），有時(shí)還要對(duì)引物進(jìn)行修飾，如增加限制酶切點(diǎn)，引進(jìn)突變等。 ? 序列與結(jié)構(gòu)關(guān)系的根源在于“蛋白質(zhì)折疊的問(wèn)題”，這是近期研究關(guān)注的焦點(diǎn)。 PDB及MMDB數(shù)據(jù)庫(kù)目前仍然禁止收錄軟件預(yù)測(cè)出來(lái)的蛋白高級(jí)結(jié)構(gòu)模型。蛋白跨膜區(qū)域分析，信號(hào)肽潛在斷裂點(diǎn)預(yù)測(cè)。 二 . 生物信息學(xué)軟件的主要功能簡(jiǎn)介 網(wǎng)上數(shù)據(jù)庫(kù)的運(yùn)用 ? IRACE (基因拉長(zhǎng)功能） ? BLAST同源序列檢索 ? ENTREZ SYSTEM (集成信息檢索系統(tǒng) ) 生物信息學(xué)軟件主要功能 1. 分析和處理實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)和公共數(shù)據(jù)，加快研究進(jìn)度，縮短科研時(shí)間 2. 提示、指導(dǎo)、替代實(shí)驗(yàn)操作，利用對(duì)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的分析所得的結(jié)論設(shè)計(jì)下一階段的實(shí)驗(yàn) 3. 實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的自動(dòng)化管理 4. 尋找、預(yù)測(cè)新基因及其結(jié)構(gòu)、功能 5. 蛋白質(zhì)高級(jí)結(jié)構(gòu)及功能預(yù)測(cè)（三維建模，目前研究的焦點(diǎn)和難點(diǎn)） 功能 1. 分析和處理實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)和公共數(shù)據(jù)，加快研究進(jìn)度，縮短科研時(shí)間 ? 核酸：序列同源性比較，分子進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建，結(jié)構(gòu)信息分析，包括基元 (Motif)、酶切點(diǎn)、重復(fù)片斷、堿基組成和分布、開(kāi)放閱讀框（ ORF），蛋白編碼區(qū)（ CDS）及外顯子預(yù)測(cè)、 RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)、 DNA片段的拼接 ? 蛋白：序列同源性比較，結(jié)構(gòu)信息分析（包括 Motif，限制酶切點(diǎn)，內(nèi)部重復(fù)序列的查找，氨基酸殘基組成及其親水性及疏水性分析 )，等電點(diǎn)及二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)等等 ? 本地序列與公共序列的聯(lián)接，成果擴(kuò)大 ENTREZ 集成檢索示意圖 Antheprot Dot Plot
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