生物信息學軟件介紹-全文預覽
【正文】 此可以保證不出非目的產(chǎn)物的假帶 。 上下游引物的 GC含量不能相差太大 。 圍繞這幾條基本原則，設(shè)計引物需要考慮諸多因素，如： ? 引物長度（ primer length）， ? 產(chǎn)物長度（ product length）， ? 序列 Tm值 (melting temperature)， ? ΔG值 (internal stability)， ? 引物二聚體及發(fā)夾結(jié)構(gòu)（ duplex formation and hairpin）， ? 錯誤引發(fā)位點（ false priming site）， ? 引物及產(chǎn)物 GC含量（ position），有時還要對引物進行修飾，如增加限制酶切點，引進突變等。 ? 序列與結(jié)構(gòu)關(guān)系的根源在于“蛋白質(zhì)折疊的問題”，這是近期研究關(guān)注的焦點。 PDB及MMDB數(shù)據(jù)庫目前仍然禁止收錄軟件預測出來的蛋白高級結(jié)構(gòu)模型。蛋白跨膜區(qū)域分析，信號肽潛在斷裂點預測。 二 . 生物信息學軟件的主要功能簡介 網(wǎng)上數(shù)據(jù)庫的運用 ? IRACE (基因拉長功能） ? BLAST同源序列檢索 ? ENTREZ SYSTEM (集成信息檢索系統(tǒng) ) 生物信息學軟件主要功能 1. 分析和處理實驗數(shù)據(jù)和公共數(shù)據(jù)，加快研究進度，縮短科研時間 2. 提示、指導、替代實驗操作，利用對實驗數(shù)據(jù)的分析所得的結(jié)論設(shè)計下一階段的實驗 3. 實驗數(shù)據(jù)的自動化管理 4. 尋找、預測新基因及其結(jié)構(gòu)、功能 5. 蛋白質(zhì)高級結(jié)構(gòu)及功能預測（三維建模，目前研究的焦點和難點） 功能 1. 分析和處理實驗數(shù)據(jù)和公共數(shù)據(jù)，加快研究進度，縮短科研時間 ? 核酸：序列同源性比較，分子進化樹構(gòu)建，結(jié)構(gòu)信息分析，包括基元 (Motif)、酶切點、重復片斷、堿基組成和分布、開放閱讀框（ ORF），蛋白編碼區(qū)（ CDS）及外顯子預測、 RNA二級結(jié)構(gòu)預測、 DNA片段的拼接 ? 蛋白：序列同源性比較，結(jié)構(gòu)信息分析（包括 Motif，限制酶切點，內(nèi)部重復序列的查找，氨基酸殘基組成及其親水性及疏水性分析 )，等電點及二級結(jié)構(gòu)預測等等 ? 本地序列與公共序列的聯(lián)接，成果擴大 ENTREZ 集成檢索示意圖 Antheprot Dot Plot
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