生物信息學(xué)軟件介紹-免費(fèi)閱讀
【正文】 關(guān)于引物的自動(dòng)搜索和評(píng)價(jià)分析 ? 推薦使用自動(dòng)搜索軟件： Primer Premier ? 推薦使用引物評(píng)價(jià)軟件： Oligo 5/6 OLIGO PCR 引物設(shè)計(jì) DNA、蛋白質(zhì)序列同源分析及 進(jìn)化樹構(gòu)建 相似性與同源性 ? 相似性是指一種很直接的數(shù)量關(guān)系，比如部分相同或相似的百分比或其它一些合適的度量。 ? 引物的 GC含量一般為 4555%， 過高或過低都不利于引發(fā)反應(yīng) 。因此理論模擬和結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)顯得十分重要。 二 . 生物信息學(xué)軟件的主要功能簡(jiǎn)介 網(wǎng)上數(shù)據(jù)庫的運(yùn)用 ? IRACE (基因拉長功能） ? BLAST同源序列檢索 ? ENTREZ SYSTEM (集成信息檢索系統(tǒng) ) 生物信息學(xué)軟件主要功能 1. 分析和處理實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)和公共數(shù)據(jù)，加快研究進(jìn)度，縮短科研時(shí)間 2. 提示、指導(dǎo)、替代實(shí)驗(yàn)操作，利用對(duì)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的分析所得的結(jié)論設(shè)計(jì)下一階段的實(shí)驗(yàn) 3. 實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的自動(dòng)化管理 4. 尋找、預(yù)測(cè)新基因及其結(jié)構(gòu)、功能 5. 蛋白質(zhì)高級(jí)結(jié)構(gòu)及功能預(yù)測(cè)（三維建模，目前研究的焦點(diǎn)和難點(diǎn)） 功能 1. 分析和處理實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)和公共數(shù)據(jù)，加快研究進(jìn)度，縮短科研時(shí)間 ? 核酸：序列同源性比較，分子進(jìn)化樹構(gòu)建，結(jié)構(gòu)信息分析，包括基元 (Motif)、酶切點(diǎn)、重復(fù)片斷、堿基組成和分布、開放閱讀框（ ORF），蛋白編碼區(qū)（ CDS）及外顯子預(yù)測(cè)、 RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)、 DNA片段的拼接 ? 蛋白：序列同源性比較，結(jié)構(gòu)信息分析（包括 Motif，限制酶切點(diǎn)，內(nèi)部重復(fù)序列的查找，氨基酸殘基組成及其親水性及疏水性分析 )，等電點(diǎn)及二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)等等 ? 本地序列與公共序列的聯(lián)接，成果擴(kuò)大 ENTREZ 集成檢索示意圖 Antheprot Dot Plot 點(diǎn)陣圖 Peptool Lite Dot Plot 點(diǎn)陣圖 DNASIS RNA 二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè) DNASIS tRNA 二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè) RNAStructure RNA 二結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè) Omiga ORF Map DnaStar 之 Protean 對(duì)氨基酸的親疏水性 分析： helical wheel 圖
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