【正文】 K或HEAD。所有的數(shù)據(jù)集都有規(guī)定的命名方式，其基本形式是：prefix + view. NAME。Byte型為8位有符號整數(shù)，表示范圍為0~255，最多有3位有效數(shù)字；Short型為16位有符號整數(shù)，表示范圍為32768~32767，最多有5位有效數(shù)字；Float型為32位實數(shù)，最多有7位有效小數(shù)。fift 表示功能強(qiáng)度及Ftest ，每個體素用2 個值來表示，第一個值表示強(qiáng)度，第二個值是F檢驗值，當(dāng)給出一個顯著性值時，確定激活點。fico 表示功能強(qiáng)度及相關(guān)性，每個體素用2 個值表示，第一個值表示“強(qiáng)度”，第二個值表示相關(guān)系數(shù)( 之間) ，當(dāng)給出一個顯著性值p 時，確定激活點。 其中各個類型的具體解釋如下：(注：f為function功能，i為intensity強(qiáng)度，th表示threshold閾值，co表示correlation相關(guān)，tt表示ttest，ft表示Ftest)fim 表示功能強(qiáng)度，每個體素用一個值表示。AFNI 在進(jìn)行數(shù)據(jù)集處理時在任何時候都是以解剖數(shù)據(jù)集作為背景，再將功能數(shù)據(jù)集疊加到解剖數(shù)據(jù)集上。 數(shù)據(jù)集(datasets)AFNI 中的基本數(shù)據(jù)單位是數(shù)據(jù)集(datasets)，它是指由一個或者多個圖像的3D 數(shù)據(jù)塊(bricks)以及與之相關(guān)的附加信息所組成的數(shù)據(jù)集。如提示無執(zhí)行權(quán)限，可使用chmod 777 *命令修改文件權(quán)限。1 如何獲得并安裝AFNI(How to download and install AFNI)AFNI可運(yùn)行在多個操作系統(tǒng)下，推薦使用Linux系統(tǒng)。AFNI程序分為兩種，一種是利用AFNI界面本身直接運(yùn)行的程序(GUI mode)，另一種是脫離AFNI界面執(zhí)行的輔助程序(Batch mode)。AFNI是一個交互式的腦功能成像數(shù)據(jù)分析軟件。 ……………………………………… 560 前言(Preface)MCW AFNI是“Medical College of Wisconsin Analysis of Functional NeuroImage”的縮寫形式。 Plugins ……………………… 22包括1D 參考波創(chuàng)建、t檢驗及相關(guān)分析(及Cluster Analysis)、3dDeconvolve反卷積分析。 單個被試通用線性模型分析及結(jié)果顯示 轉(zhuǎn)載者cell注: 本文件轉(zhuǎn)存自藍(lán)寶社區(qū), 并經(jīng)作者同意首轉(zhuǎn)發(fā)于心心水滴論壇.本教程適合05年afni的版本, 軟件的新增功能請登陸afni官方網(wǎng),或者登陸心心水滴論壇瀏覽其相關(guān)介紹.登陸藍(lán)寶或心心水滴論壇,共同交流.AFNI使用指南(連載)精心整理的AFNI教程特別奉獻(xiàn)精心整理的AFNI使用指南，以饗讀者。 ( KB)2007915 22:38目錄0 前言 ………………………………………………………………… 11 如何獲得并安裝AFNI …………………………………………… 12 基本概念 …………………………………………………………… 1 數(shù)據(jù)集 …………………………………………………………… 1 數(shù)據(jù)集的存儲 ………………………………………………… 2 數(shù)據(jù)集塊和子數(shù)據(jù)集塊 ……………………………………… 2 集合或路徑 ……………………………………………………… 2 文件類型 ……………………………………………………… 23 AFNI的交互界面 ………………………………………………… 2 啟動AFNI ……………………………………………………… 2 AFNI界面 ……………………………………………………… 3 在Batch Mode下使用AFNI命令 …………………………… 4 AFNI的Plugins ………………………………………………… 44 數(shù)據(jù)分析基本步驟 ………………………………………插頁1~135 數(shù)據(jù)處理基本步驟 ………………………………………………… 5 原始功能像的重建 …………………………………………… 5 轉(zhuǎn)換成AFNI格式 …………………………………………… 5 功能像層面時間校正和運(yùn)動校正 …………………………… 7 功能像的時間域濾波 …………………………………………… 12 功能像的空間平滑 …………………………………………… 12 補(bǔ)充內(nèi)容 ……………………………………………………… 16包括去除頭皮外偽影、去除異常時間點、時間序列時間點數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)化(difference/mean)、多個run的數(shù)據(jù)連接及去線性漂移。 激活圖的clustering, montage, and render ……………………… 31 空間標(biāo)準(zhǔn)化(切換至Talairach坐標(biāo)系) ……………………… 34 統(tǒng)計圖的空間平滑 …………………………………………… 39 被試統(tǒng)計圖的組分析 …………………………………………… 396 ROI(Region of Interesting)繪制及分析 …………………………… 45 手動繪制ROI及ROI分析 ……………………………………… 45 從激活圖創(chuàng)建ROI …………………………………………… 51附錄1 DICOM圖像標(biāo)準(zhǔn) …………………………………………… 52附錄2rnxpc源程序 ………………………………………………… 52附錄3應(yīng)用于3dDeconvlve分析的腳本源程序 ………………… 53附錄4 AFNI Programs amp。 由美國Wisconxin醫(yī)學(xué)院生物物理研究所開發(fā)研制，主要開發(fā)者為Cox博士。它可以將低分辨率的腦功能成像的實驗結(jié)果疊加在具有較高分辨率的腦結(jié)構(gòu)成像上進(jìn)行三維顯示。另外還提供了可供擴(kuò)展功能的Plugins?？稍?，并解壓至/usr/local/bin目錄下，可以直接使用。(Linux的使用技巧：輸入命令后，長文件名可以輸入部分字母，然后按Tab鍵自動補(bǔ)上；對于較長的命令行，可在行尾加上空格和”\”回車再續(xù)行)2 基本概念(Fundamental AFNI concepts)數(shù)據(jù)集(datasets) 和集合(session) 是AFNI 中的兩個基本概念，下面作簡要的介紹。 數(shù)據(jù)集有兩種基本的類型：解剖數(shù)據(jù)集和功能數(shù)據(jù)集。 ( KB)2007915 22:48對于功能數(shù)據(jù)集，它有5 種類型：fim、fith、fico、fitt和fift。fith 表示功能強(qiáng)度及閾值，每個體素用2 個值表示，第一個值表示“強(qiáng)度”，第二個值表示閾值，用來表示哪一個點是激活點。fitt 表示功能強(qiáng)度及ttest，每個體素用2 個值表示，第一個值表示“強(qiáng)度”，第二個值是t 檢驗值，當(dāng)給出一個顯著性值時，確定激活點。對應(yīng)于每個體素的值，可以有4 種數(shù)據(jù)類型:byte、short、float和plex。在AFNI 中，數(shù)據(jù)集存儲為兩種類型的文件：頭文件(header) 和塊文件(brick) 。prefix 由用戶指定；“+ view”表示數(shù)據(jù)集的顯示形式(坐標(biāo)系)，由AFNI自動生成，通常有3 種類型即：+orig， +acpc，+tlrc，分別表示原始數(shù)據(jù)、ACPC和Talairach坐標(biāo)系。塊文件存儲了所有的3D 原始數(shù)據(jù)(Brick)及由AFNI程序計算衍生的統(tǒng)計參數(shù)數(shù)據(jù)。通常包含以下信息： ( KB)2007915 22:48(1) 每個體素x，y，z方向的大小(mm)；(2) 數(shù)據(jù)集的軸向：例如，Xaxis為RL，Yaxis為AP，Zaxis為IS，則為水平層面；(3) 數(shù)據(jù)集在掃描坐標(biāo)的定位；(4) 3D數(shù)據(jù)集每個subbrick之間的時間間隔3D+time數(shù)據(jù)集為fMRI的基本數(shù)據(jù)集；(5) 統(tǒng)計結(jié)果衍生的功能數(shù)據(jù)集，頭文件包括與統(tǒng)計方法有關(guān)的參數(shù)，如ttest、Ftest的自由度。這種功能稱為“WarponDemand”，如空間標(biāo)準(zhǔn)化時生成的Talairach圖像。一種是使用malloc函數(shù)分配內(nèi)存空間，另一種是使用UNIX 的mmap 函數(shù)。這種映射是以只讀方式實現(xiàn)。例如，一個3D+time數(shù)據(jù)集本質(zhì)上是由包含3D 數(shù)據(jù)集子塊構(gòu)成的數(shù)組，每一個時間點的數(shù)據(jù)可以是一個數(shù)據(jù)集子塊(subbrick)；又如，一個bucket數(shù)據(jù)集也是由多個3D 數(shù)據(jù)集子塊組成。也就是說，只能在某一個實際路徑中運(yùn)行AFNI。所以可將一數(shù)據(jù)集(常為功能數(shù)據(jù)集)重疊在另一數(shù)據(jù)集上(常為解剖數(shù)據(jù)集)，即使其軸向和體素大小不一致。 文件類型 AFNI除能識別BRIK和HEAD文件外，還可以識別下列文件格式：ANALYZE (.hdr/.img file pairs)： SPM, FSL所使用的格式；MINC (.mnc)： MNItools所使用的格式；CTF (.mri, .svl)： MEG analysis volumes；NIfTI1 (.nii)： 一個新的由AFNI, SPM, FSL, and BrainVoyager達(dá)成協(xié)議的標(biāo)準(zhǔn)格式；ASCII text (.1D)： 按列排放的數(shù)字，如刺激處理參數(shù)。 AFNI從當(dāng)前目錄讀取數(shù)據(jù)集。 (Recursively，遞歸地) AFNI界面(1) 主界面(下圖) ( KB)2007915 23:04通常，坐標(biāo)系都是按RAI的次序(DICOM標(biāo)準(zhǔn))，x = Right (negative) to Left (positive)，y = Anterior (negative) to Posterior (positive)，z = Inferior (negative) to Superior (positive)。(2) Define OverLay窗口(右圖) ( KB)2007915 23:04(3) Define DataMode窗口(下圖) ( KB)2007915 23:04Plugins 功能(具體功能見后面的數(shù)據(jù)分析步驟) ( KB)2007915 23:04(4) 圖像和圖表窗口圖像(Image)窗口 ( KB)2007915 23:04 Disp用于改變顯示方式，Mont (Montage)用于對Slice進(jìn)行剪切(顧名思義，同電影剪切一樣)，如同時顯示2行4例，再設(shè)置一定的間距(spacing)，可以美觀地顯示結(jié)果。 (5) 其它窗口(如to3d, Draw Dataset, Render等)，分別見后面數(shù)據(jù)分析步驟。 (6) 單個被試通用線性模型分析(singlesubject analysis with GLM)及結(jié)果顯示可以對得到的圖像進(jìn)行提取clusters、渲染(render)及剪輯(montage)，以達(dá)到最美觀的效果。 原始功能像的重建Scanner保存的功能數(shù)據(jù)通常以K空間形式?？墒褂胑pirecon將K空間的圖像進(jìn)行Fourier變換生成圖像。另外除了直接調(diào)用epirecon外，還可以調(diào)用sip程序，通過sip再轉(zhuǎn)而調(diào)用epirecon。其它一些與圖像重建及格式轉(zhuǎn)換有關(guān)的軟件包括：MRIcro, ezdi, di2, etc.有關(guān)DICOM圖像標(biāo)準(zhǔn)，參見附錄1。 ( KB)2007915 23:25(1) 復(fù)制圖像文件、排序?qū)⒐獗P中的數(shù)據(jù)復(fù)制到硬盤并分類。將三種類別的圖像分別分類放到3個目錄中，分別起直觀簡潔的目錄名，如xxepi, xx3d, xxana，xx為被試名稱或ID。 舉例，在記錄fMRI研究中，實驗設(shè)計為：提示實驗開始(2s)224。 TR為2s，則共有299個時間點，則有299個圖像文件。(rnxpc源程序參見附錄2)(2)使用t3d創(chuàng)建解剖數(shù)據(jù)集(SPGR的3D像和FSE解剖像)(筆者注：各廠商生產(chǎn)的Scanner，原始文件名稱不同，如GE的I.*文件 和Simense 的*.IMA文件)進(jìn)入已經(jīng)排序的3D或解剖像目錄(cd xx3d或cd xxana)后，直接鍵入to3d*，出現(xiàn)to3d程序界面： ( KB)2007915 23:25該例中，to3d已從圖像文件的頭信息獲得必需的信息，所以不需再進(jìn)行參數(shù)調(diào)整，只需在窗口的底部填寫session directory(session目錄)和prefix(前綴)。執(zhí)行to3d命令后出現(xiàn)界面： ( KB)2007915 23:25上圖黃色矩形框中的警告文字表示發(fā)現(xiàn)圖像中有負(fù)值，需點擊Byte Swap [2]按鈕進(jìn)行轉(zhuǎn)換(未轉(zhuǎn)換前的圖像如下圖示)。另外，在窗口上部需填寫一些信息，左面為數(shù)據(jù)集的軸向信息，中間為體素(像素)和視野的大小，右面為每一軸向第一層面的位移。 對于3D(SPGR)像，選擇irregular(即x,y,z各不同)；對于功