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2025-08-18 00:11本頁面
【正文】 在圖像文件中的存儲位置。校正后的新文件名為：a＋原文件名。Slice timing校正1個volume中層與層之間獲取(采集)時間的差異，即糾正slice（下譯為掃描層）之間采集時間的差異。轉(zhuǎn)換數(shù)據(jù)di格式轉(zhuǎn)換為img文件，將以層為單位的數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換成以全腦為單位的數(shù)據(jù)。另外注意在Tree Building Window的頂部菜單，新增了一個菜單項“TASKS”，在使用批處理分析時非常重要。如果一個分支項右面有“X”號，你必須為之指定選項(否則不能運行該tree)，分支項的選項在其右側(cè)面板指定，而幫助信息則在下面的面板中顯示。運行命令：spm fmri，打開spm8的操作界面我們稱左上側(cè)的窗口為按鈕窗口(button window)，左下側(cè)的窗口為輸入窗口(input window)，右側(cè)大窗口為樹形結(jié)構(gòu)窗口或圖形窗口(Tree Building Window or the graphics window)。三、SPM8數(shù)據(jù)處理的一般步驟為方便后續(xù)的數(shù)據(jù)處理，如果數(shù)據(jù)分散處理后整合，建議所有處理數(shù)據(jù)路徑保持一致，要統(tǒng)一路徑。一、SPM的安裝與啟動先安裝matlab，然后將SPM復(fù)制到matlab下的一個文件夾（）。啟動matlab，首先set path，然后在matlab命令窗口中輸入SPM即可啟動，然后選擇fMRI，也可以直接輸入SPM fMRI 二、SPM數(shù)據(jù)處理概要先將所得數(shù)據(jù)進行空間預(yù)處理（對齊，平滑，標準化等），然后進行模型估計（將刺激的時間、間隔與血流動力函數(shù)進行卷積，所得結(jié)果與全腦象素信號進行相關(guān)分析），最后察看結(jié)果。處理前首先要采用數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換軟件將di數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換成SPM解析格式，然后進行數(shù)據(jù)預(yù)處理，預(yù)處理結(jié)束后到matlab安裝目錄中備份spm*.ps文件，其中包含了空間校正和標準化的信息，然后進行建模分析。在spm8和spm5中，每一步處理都采用了直觀的“樹形結(jié)構(gòu)”的面板，如果一個分支項左面有“+”號，你可以雙擊顯示子分支項，如果我們處理數(shù)據(jù)沒有特殊需求，我們只關(guān)心帶有“X”項目并完成輸入即可，其余均可采用默認設(shè)置。以下內(nèi)容，還可以參考E:\《匯總》中“靜息態(tài)fMRI的數(shù)據(jù)預(yù)處理流程”這部分的講述。轉(zhuǎn)換時格式請選擇NIfTI，可用SPM輸入面板中的DiCOM Import模塊轉(zhuǎn)換，也可以采用專門的轉(zhuǎn)換軟件，如MRIcovert。這對事件相關(guān)設(shè)計的實驗尤為重要，使一個TR中的各層獲得時間一致（如都在一個TR的開始），相當于AFNI中tshift所做的工作。原理概述：Sliceorder（掃描層序數(shù)）用于指明掃描層被采集時的順序，其總數(shù)為n，n即一個volume（volume為一個TR時間內(nèi)的掃描量）里面所包含的掃描層的總數(shù)。因此掃描層系數(shù)表明了掃描層被采集時的時間順序。移動鼠標的十字準線到 Z 坐標為1的位置時，我們看到的就是一個volume里面第一個slice（掃描層）上的象元（voxel）。但事實并非如此，一個TR內(nèi)我們需要采集很多掃描層（例如20層）的數(shù)據(jù)以覆蓋較大的腦區(qū)（通常是全腦）。Slice timing這一步所要做的就是通過一定的算法糾正這一時間差異。這可以通過簡單的移動采集信號的正弦相位來做到。這樣，只要通過加入一個常數(shù)到每個頻率的相位中，就可以達到移動數(shù)據(jù)起始和結(jié)束時間的目的。以下所述參數(shù)設(shè)置將被應(yīng)用到所有所選數(shù)據(jù)。選擇數(shù)據(jù)時可以把靜息態(tài)、數(shù)值任務(wù)和物理大小任務(wù)分為三個session來選（data——new session——session），也可以作為一個session來選，結(jié)果是一樣的。TR，我們輸入重復(fù)時間，一般為2秒，我們輸入“2”TA，是每禎圖像獲取第一層開始到獲取最后一層圖像的時間間隔，單位為秒。這里可以不必計算出結(jié)果，直接寫上帶入了數(shù)字的公式就可以了。我們的數(shù)據(jù)則輸入“22/32”Slice order，輸入掃描順序。我們輸入“1:2:31, 2:2:32”。每一個數(shù)表示該層在圖像(volume)中的位置。如行向量 [1 3 5 7 9 11 13 15 17 19 21 23 25 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20 22 24](在Matlab中可表示為[1:2:25,2:2,25]) 各種掃描類型和輸入的層順序如下： ascending 升序掃描(first slice=bottom，掃描序數(shù)從底部到頂部排列，即從1順序遞增到n): [1:1:nslices]； descending 降序掃描(first slice=top，掃描序數(shù)從頂部到底部排列，即從n順序遞減到1): [nslices:1:1]； interleaved 間隔掃描（掃描序數(shù)間隔遞增或遞減，一般順序為2,4,6,8,10..1,3,5,7,9..n）(middletop):for k = 1:nslice
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