【正文】 o pad 從而使輸出符合網(wǎng)格父數(shù)據(jù)集(“grid parent” dataset)的大小和位置。 在插值至新的旋轉后的網(wǎng)格時，體素的值再也不能說來自某一特定的時間位移，因為來自不同層面的數(shù)據(jù)集將集合在一起。Usage: 3dFourier [options] dataset (Afni 3d+time 數(shù)據(jù)集)prefix 新的輸出3d+time數(shù)據(jù)集名稱[默認為fourier]lowpass f 低通濾波的界值(f Hz)highpass f 高通濾波的界值(f Hz)ignore n 忽略最開始的n個圖像[默認為1]retrend 任何均值和線性趨勢在濾波前去除，在濾波后再恢復注: lowpass和highpass可以一起用，構建成bandpass。 功能像的空間平滑在一些時間點，你可能想對你的數(shù)據(jù)進行空間平滑(smooth)或模糊(blur)。在數(shù)據(jù)處理過程中主要有三個步驟可以進行空間平滑。也就是說，它為每個腦層面獨立應用平滑，因此不考慮層面間的不需要的較高空間頻率噪聲，也沒有對被試間層面方向的功能激活配準產(chǎn)生幫助。第3個可能進行空間平滑的時間點是由各被試內分析提供的統(tǒng)計圖，盡管存在有效性問題(將在后面簡單討論)。 1thresh thr = 使用閾值數(shù)據(jù)刪減(censor)強度數(shù)據(jù) censor the intensities注：僅對39。 或 39。thr39。fico39。 1zvol x1 x2 y1 y2 z1 z2 = 通過x1 = x = x2, y1 = y = y2, z1 = z = z2定義3D volume，包含在該3D volume內的體素(entries) 改為0注：數(shù)據(jù)集x,y,z的范圍可以通過3dinfo程序查看(單位為mm)。 將共享一個邊的體素連接L rmm 2L 222。 使用記錄在數(shù) 下面各選項中，39。是cluster含voxel的最小數(shù)目。 necks39。 )；如果subbrick沒有被標記，則什么都不錯。注：上面3個39。 sigma = * rms = * fwhm fim39。 注：Subbricks輔助數(shù)據(jù)可通過3drefit程序修改 1dindex j = 使用subbrick j 作為數(shù)據(jù)源，使用subbrickk作為閾值數(shù)據(jù)源。 整合成multibrick bucket數(shù)據(jù)集，注：如果這些選項沒有使用，j=0 和 k=1 為默認值下面這些選項允許你指定遮罩(mask)數(shù)據(jù)集限制39。 (可能包括subbrick指定器)并用非0體素用為filter選項的遮罩。這會導致意想不到的結果。a x b mask+orig prefix y expr 39。 exp(r*r/)39。這是結合1fmask和高斯模糊的唯一途徑)Another example：1filter_expr 39。Winsor39。 hits39。然后輸出再乘以10000。 tg39。tgfisher = 該選項只對39。輸入數(shù)據(jù)集有效——功能強度加上相關或閾值(在后者，閾值看成相關系數(shù))。 hit39。 tg39。 pname39。g*39。方法：尋找所有正值=clip value的值，取其中間值，重設clip vlaue為該中值*，再重復這兩步，直至clip value不改變選項：mfrac ff = verb = 使用該選項選擇冗余(verbose)輸出，除在stdout上顯示clip值，同時也顯示stderr 注：該程序僅對byte和short型數(shù)據(jù)集操作，如果輸入數(shù)據(jù)集中有任何體素為負值，將會出現(xiàn)警告。 ppp39。 hh39。step(a+b)39。outliers39。 小(small) 39。 = 輸出新的數(shù)據(jù)集，保存outlier Q至每個體素，其中Q通過體素值v 計算而來： Q = log10(qg(abs((vmedian)/(sqrt(PI/2)*MAD)))) 或Q=0 (如果v接近中值，即 不是outlier)。 為前綴。 nn39。far away39。因為結果輸出至stdout，因此你可能想重定向這些結果生成文件或至另一個程序，可以如下例：3dToutcount automask v1+orig | 1dplot stdinUsage: 3dTqual [options] dataset計算3D+time數(shù)據(jù)集每個subbrick的`quality index39。好39。只是提供GUIDE幫助研究者發(fā)現(xiàn)數(shù)據(jù)問題。如何定義39。作為guide, 程序將輸出中值質量指數(shù)(median quality index)*MAD ~ median+(MAD為中絕絕對偏差)。 這就 防止腦組織以外的接近0的體素使相關系數(shù)的計算發(fā)生偏斜。 range = 與每個quality *MAD 和median+*MAD值，這樣可以進 行plot繪圖。舉例：3dTqual range automask fred+orig | 1dplot one stdin(3) 3dcalc程序該程序對3D數(shù)據(jù)集進行voxelbyvoxel運算(limited to intervoxel putation)該程序假設voxelbyvoxel運算在占有相同空間并有相同軸向的數(shù)據(jù)集進行。func+orig[0]39。 3dcalc a epi_run1+orig b mean+orig expr 39。 和 39。 b 39。 \expr 39。這樣，就可以對ROI內的體素進行統(tǒng)計分析： 3dcalc a anat+tlrc expr 39。 通常被用作輸出數(shù)據(jù)集的模板(template)。 f. 數(shù)據(jù)集 39。 prefix ball prefix pound_maske. 創(chuàng)建3維球體ROI(regionofinterest) mask。 c 39。 是等價的，可交替使用3dcalc a 39。 prefix percent_chgd. 從統(tǒng)計數(shù)據(jù)集建立一個混合的mask，其中3個刺激呈現(xiàn)激活注：39。ispositive()39。(a+b+c)/339。僅在用1dplot時有用。 val39。 體素(大概腦組織范圍內)之間計算。 = 去除(clip off) median subbrick中低強度的區(qū)域，這樣，相關系數(shù)只在高強度的automask =與spearman相似，但用1(1/4)*Spearman 相關系數(shù)autoclip median subbrick的Spearman相關系數(shù)) [default method.]quadrant = Quality index值為1Spearman (rank) correlation coefficient (每個subbrick與 選項spearman表示多少由研究者決定。 該程序的目的就是為篩選fMRI時間序列零星的異常圖像提供粗糙的方法，例如由于被試頭部較大運動或scanner故障導致的偽影。結果輸出至stderr。far39。默認nn=0，即只去除中值(常量)。 nn39。 新的數(shù)據(jù)集以39。 = 輸出每個時間點outlier的median+*MAD(中值絕對偏差) save ppp = 與mask選項互相排斥range automask q39。 我們在進行單個被試數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析前，可利用3dToutcount 和 3dTqual程序對時間序列進行檢測，可剔除異常的時間點。 對于人類大腦hh=130比較合適。 nd39。 automask39。 fim39。 例選擇進行空間平滑的第2種途徑,我們可使用3dmerge命令對功能數(shù)據(jù)集進行空間平滑：3dmerge 1blur_fwhm 5 doall session . prefix run_1_vr_lp_5 run_1_vr_lp+orig這將對數(shù)據(jù)集應用FWHM為5的高斯平滑。doall39。1*39。 g39。 gfisher39。 或 39。 g39。如果不使用這些選項，閾值將不進行merge，輸出數(shù)據(jù)集中也將不附有閾值。 如果輸入數(shù)據(jù)類型為39。 g39。這是一個非球形的Gaussian filter。在該例中，F(xiàn)WHM為10mm。 定義一個線性filterFilter的權重是在rmm相鄰范圍內每個體素的位移按表達式的估計值計算出的比例。 rm f x+orig.*下面的選項允許你為3D 線性filtering指定任意的權重函數(shù)：1filter_expr rmm expr* 因此，如果1fmask有用來去除filtering的結果中非腦組織數(shù)據(jù)，在其后應該再使用3dcalc進行masking操作3dmerge 1filter_aver 12 1fmask mask+orig prefix x input+orig3dcalc如果輸出體素rmm半徑范圍內不含有任何被遮罩的體素，輸出體素將設為0注：僅1filter_*以及t1filter_*選項受1fmask影響。 = 讀取數(shù)據(jù)集 39。 選項在遮罩內非0體素操作1fmask mset如果愿意，多個1 brick數(shù)據(jù)集的集合可以使用39。 = 對所有subbricks一律地應用editing和merging選項注：使用doall選項時，所有輸入數(shù)據(jù)集必須有相同數(shù)目的subbricks注：針對閾值的選項(如1thresh, keepthr, tgfisher, etc)不兼容doall選項(對1dindex和1tindex也不兼容) 注：各個subbricks的所有標簽及統(tǒng)計參數(shù)均從第1個數(shù)據(jù)集拷貝。 (可使用thdatum type選項)doall 必不可少的卷積 (convolution) 運算是通過快速傅立葉變換(FFTs)完成的，該步驟是到目前為止所有編輯選項中最慢的操作。選項只是提供不同的途徑指定半徑用于模糊(blurring)功能，其關系如下：139。 = 如果subbrick被標記為一種已知分布的統(tǒng)計值，它將被轉換為等價的N(0,1)偏差(或 39。 = 將強度值與指定的factor相乘1zscore 1mult factor Erosion可以切離neck；Dilation可以最小化對主體部分的erosion。這些命令假定1種1clust命令已被使用。 用來確定所連接體素最大距離，39。據(jù)集頭信息內的體素的維度。 你可以忽略真實的體素大小(也許體素并非立方體)，使用dxyz=1選項，這樣可將體素大小偽裝成size =1。 222。假設voxels grid size為L mm：L rmm L fitt39。fith39。 數(shù)據(jù)集有效。, 39。 這些選項僅在特殊的環(huán)境下使用。 該選項僅為早期的AFNI‘3d*’程序包提供。 所有后繼操作僅對這些取代的數(shù)據(jù)操作。 這是(必須)使用原始數(shù)據(jù)時間序列的最后階段。這樣做具有優(yōu)勢：在它們進行進一步處理前消除不需要的噪聲或偽影。一是許多平滑操作及空間平滑趨向于平均圖像中的較高空間頻率噪聲，因此，具有較大范圍的激活區(qū)域仍然保存，但一些較小范圍的激活被去除。 ( KB)2007915 23:45時間濾波在線性模型擬合前平滑數(shù)據(jù)，而提供更好的模型擬合。 時間位移可以使用3dTshift或3dvolreg –tsihft完成。最好的解決方案是在掃描時盡量對同一類型圖像使用相同的層面厚度；當然，如果沒有做到這一點，可以使用3dZregrid對數(shù)據(jù)集進行線性插值，從而具有相同的厚度。 d. 層面厚度也可能不同(不過可以盡量避免此點)。Intersession校正存在的問題：a. 被試的頭放置位置不同(方向和定位都不同)；所以xyz坐標和解剖位置都不對應。2dImReg使用比較簡單：2dImReg input fred2_epi+orig basefile fred1_epi+orig base 4 prefix fred2_epi_2Dreg2dImReg的功能同樣可由Plugins來完成，點擊2D Registration, 出現(xiàn)界面如下： ( KB)2007915 23:39同3D Registration，分別選擇輸入和輸出數(shù)據(jù)集有基準圖像，點擊Run+Close即可。2dImReg或Define Datamode Registration2dImReg用于對齊2D層面圖像。 Datasets用于選擇輸入和輸出數(shù)據(jù)集；Parameters用于選擇基準圖像和Resampling插值方法；Outputs用于指出1D輸出文件名稱。時間序列會顯