基因組學課件9功能基因組學-文庫吧資料
2025-05-18 18:18本頁面
【正文】 (proteomics) ? 質(zhì)譜測序技術(shù) ? 生物信息學 (bioinformatics) ? 轉(zhuǎn)基因 (transgenics) ? 基因敲除 (gene knock out) 這些前沿技術(shù)為功能基因組學的研究提供了強有力的技術(shù)保障 .在植物功能基因組研究方面 ,目前應(yīng)用較多的是 EST,基因芯片 ,蛋白質(zhì)組技術(shù) ,反向、正向遺傳學技術(shù)及生物信息學技術(shù)等等 . SAGE （ serials analysis of gene expression） 基因表達系列分析 Velculescu 及其同事于 1995年創(chuàng)立 SAGE特點： ? 進行轉(zhuǎn)錄物組研究，也就是轉(zhuǎn)錄水平的研究； ? 通過快速和詳細分析成千上萬個 EST，尋找出表達豐度不同的 SAGE標簽序列，從而接近完整地獲得基因組的表達信息； ? SAGE區(qū)別于差異顯示、消減雜交等其它技術(shù)的主要特點是可用于尋找那些 較低豐度 的轉(zhuǎn)錄物，最大限度地收集基因組的基因表達信息，這使之成為從總體上全面研究基因表達、構(gòu)建基因表達圖譜的首選策略； ? SAGE可用于在 不同環(huán)境 、 不同生理狀態(tài) 及 不同生長 階段的細胞和組織表達圖譜構(gòu)建，對不同狀態(tài)下基因表達水平的定量或定性比較，特別是對疾病組織與正常組織的比較發(fā)展迅速； SAGE 技術(shù)的主要理論依據(jù)： ? 來自轉(zhuǎn)錄物內(nèi)特定位置的一小段寡核苷酸序列（ 9~11bp）含有鑒定一個轉(zhuǎn)錄物特異性的足夠信息，可作為區(qū)別轉(zhuǎn)錄物的標簽（ tag）； ? 通過簡單的方法將這些標簽串聯(lián)在一起，形成大量多聯(lián)體（ concatemer），對每個克隆到載體的多聯(lián)體進行測序，并應(yīng)用 SAGE軟件分析，可確定表達的基因種類，并可根據(jù)標簽出現(xiàn)的頻率確定基因的表達豐度（ abundance）。 基因功能分析 ?比較不同組織和不同發(fā)育階段基因表達模式的差異 ?比較正常狀態(tài)和疾病狀況下基因表達模式的差異 ?系統(tǒng)了解不同組織在發(fā)育過程中、在不同環(huán)境條件下， mRNA的表達水平 ?根據(jù)基因的時空表達類型對基因進行分類 ?通過比較同類基因的調(diào)控序列發(fā)現(xiàn)新的調(diào)控因子 ?根據(jù)基因表達的變化，結(jié)合已知調(diào)控基因突變體的表達情況研究表達網(wǎng)絡(luò)。 Ac/Ds轉(zhuǎn)座酶的高水平轉(zhuǎn)錄導致了切除頻率的下降，因此隨著小麥轉(zhuǎn)化和再生效率的提高，根據(jù)異源轉(zhuǎn)座子標簽 來發(fā)現(xiàn)基因是可行的。 在把玉米的 Ac/Ds轉(zhuǎn)座單元轉(zhuǎn)入小麥愈傷組織方面作了一些嘗試。 基因功能的確定（以小麥基因組為例） 高效轉(zhuǎn)化體系 的獲得是存在于小麥基因功能證實階段的一個主要障礙。 估計基因的功能（以小麥基因組為例） ?高分辨率雙向蛋白質(zhì)電泳和外源表達體系：提供一種補充小麥功能基因組學研究的蛋白質(zhì)組學方法 ?改進的微陣列方法和蛋白質(zhì)組學研究方法：確定可能影響到小麥淀粉 A 顆粒和 B 顆粒的特異起始和合成的新基因。 如果在其它植物中一個基因的功能已知 ， 那就表示小麥 EST 具有相似的功能 。 EST應(yīng)用 ? 目前主要被用于尋找新基因和了解基因的表達概況 ? 步驟如下 : – 建立某種生物材料或組織的 cDNA文庫，從文庫中隨機取出足夠量的 cDNA克隆進行自動測序，將所得的 EST數(shù)據(jù)與 dbEST等數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)比較 ,確定哪些代表已知基因，哪些代表未知基因，進一步分析全部 EST以獲得生物或組織的
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