動物基因組學(xué)基礎(chǔ)(1)-文庫吧資料
2025-05-05 04:53本頁面
【正文】 兩個標(biāo)記間的圖距根據(jù)分離頻率來計算。 當(dāng)兩個片段含有同一 STS時，可確認(rèn)這兩個片段重疊。是目前用于構(gòu)建最為詳盡的大基因組物理圖的主流技術(shù)。 限制性作圖方法是：比較一個 DNA分子被兩種酶切割產(chǎn)生的兩套片段。 限制性內(nèi)切酶有 Ⅰ 型、 Ⅱ 型、 Ⅲ 型， Ⅰ 型、 Ⅲ 型酶位點(diǎn)特殊性不強(qiáng)， Ⅱ 型專一性很強(qiáng)。限制性作圖單位元以物理長度，即堿基對數(shù)目（ bp、kb）來表示。 以特定的 DNA序列為界標(biāo)直接排列在基因組 DNA分子上，這些特定的 DNA序列可以是多態(tài)的（如 RFLP），但主要是非多態(tài)的（如STS、 STR、 EST）和特定的基因序列等。 25 （二）遺傳圖的局限性 分辨率有限 高等真核生物子代數(shù)量有限，只有少數(shù)的減數(shù)分裂事件可供研究，連鎖分析的分辨率受很大限制 人類基因組測序要求每 100kb有一個標(biāo)記， 1996年發(fā)表的人類遺傳圖達(dá)到每 （ 1Mb=1000kb） 精確度較低 假設(shè)交換是隨機(jī)發(fā)生的，但由于交換熱點(diǎn)的存在使某一區(qū)段的交換頻率遠(yuǎn)高于其它區(qū)段，無法繪制精確的遺傳圖。 各種遺傳界標(biāo)可在國際互聯(lián)網(wǎng)上可以查閱（ 當(dāng)用 DNA序列多態(tài)作為界標(biāo)的遺傳圖時，一但確定該 DNA界標(biāo)與某一基因的具體位置，便可分離克隆這個基因。當(dāng)兩個遺傳標(biāo)記之間的重組值為 1%時，圖距即為 1cM。 方法是以多態(tài)的遺傳標(biāo)記作為界標(biāo)，計算細(xì)胞減數(shù)分裂過程中遺傳標(biāo)記之間發(fā)生重組的頻率，來確定兩個遺傳標(biāo)記在染色體上的相對位置。常用的遺傳標(biāo)記（血型、蛋白質(zhì)多態(tài)型、等位基因、特定的 DNA序列等）在早期構(gòu)建遺傳圖時常用作制圖的界標(biāo)。 21 三、分子遺傳標(biāo)記的應(yīng)用 ○個體及親緣關(guān)系的鑒定 DNA指紋 ○遺傳資源的評估、監(jiān)測、保護(hù)和利用 ○基因定位和遺傳圖譜的構(gòu)建 ○標(biāo)記輔助選擇 22 第二節(jié) 基因組作圖 一、基本概念 ○ 基因組作圖主要分兩個范疇：遺傳作圖（ geics mapping）和物理作圖（ physical mapping）。 SNP是單堿基突變，任何用于單堿基突變的技術(shù)都可用于 SNP檢測，如 RFLP、 DNA序列分析、單鏈構(gòu)象多態(tài)性（ SSCP）等。 20 SNP是出現(xiàn)頻率最高的標(biāo)記，人類基因組中平均每 1000 bp中就有 1個 SNP，總數(shù)可達(dá) 300萬個。 基因組 DNA某一特定的核苷酸位置上，可能發(fā)生單個堿基的變化，如轉(zhuǎn)換、顛換等，使得群體中基因組的某些位點(diǎn)上存在差異。 以微衛(wèi)星 DNA兩側(cè)特異性序列設(shè)計探針，用 PCR技術(shù)擴(kuò)增微衛(wèi)星片段，擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)電泳分離，不同個體因核心序列重復(fù)次數(shù)不同而產(chǎn)生 DNA多態(tài)性。 用內(nèi)切酶把總 DNA切成不同長度的片段（ VNTR上沒有酶切位點(diǎn)），再以 VNTR中的特殊序列為探針進(jìn)行Southern雜交，由于不同個體的這種串聯(lián)重復(fù)的數(shù)目及位置不同，所以 VNTR的 Southern雜交譜帶具有高度的個體特異性，故又稱其為 DNA指紋（ DNA fingerprints）。將 DNA切成片段進(jìn)行氯化銫密度梯度離心時，由于富含 AT浮力密度小，形成一條窄帶在主體 DNA外面，故稱衛(wèi)星 DNA。 首先根據(jù)多態(tài)位點(diǎn)兩側(cè)序列設(shè)計和合成引物；以基因組 DNA為模板進(jìn)行 PCR擴(kuò)增；用相應(yīng)的內(nèi)切酶進(jìn)行消化；再進(jìn)行電泳，分析 PCR區(qū)帶判斷多態(tài)性?！? 變性 —— 退火 —— 延伸”這一循環(huán)完成后， DNA復(fù)制了一次，由一個 DNA分子成為兩個 DNA分子。 基本過程： 取得 DNA樣本 —— 酶切 —— 電泳 —— 轉(zhuǎn)移至硝酸纖維膜上 —— DNA探針雜交 —— 放射自顯影 6 圖 71 Southern雜交過程 7 圖 72 RFLP檢測
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