基因組學(xué)課件9功能基因組學(xué)-wenkub
2023-05-27 18:18:51 本頁面
【正文】 大多數(shù)情況下已足夠確認(rèn)對(duì)應(yīng)的基因 – 通常從已有的 cDNA文庫(kù)中隨機(jī)取出幾百或幾千個(gè)克隆， 1次測(cè)序產(chǎn)生。 一是評(píng)估未知 DNA 片段編碼可能性的概率型方法 ， 另一類是通過同源性比較搜尋蛋白質(zhì)庫(kù) / dbEST 庫(kù)找尋編碼區(qū)。 ? 功能基因組學(xué)的目的 – 基因功能發(fā)現(xiàn) – 基因表達(dá)分析及突變檢測(cè) – 從基因組整體水平上對(duì)基因的活動(dòng)規(guī)律進(jìn)行闡述 。 采用一些新的技術(shù) （ SAGE、 DNA芯片 ） ， 對(duì)成千上萬的基因表達(dá)進(jìn)行分析和比較 功能基因組學(xué)簡(jiǎn)介 基因組 DNA測(cè)序： 人類對(duì)自身基因組認(rèn)識(shí)的第一步。 研究表明：鑒定和發(fā)現(xiàn)表達(dá)基因最快的途徑是確定 cDNA 的部分序列，即 EST ，這種序列在大多數(shù)情況下已足夠用于確認(rèn)對(duì)應(yīng)的基因。 – 只含有基因的外顯子， cDNA克隆的測(cè)序分析可以了解基因的表達(dá)情況 – EST的數(shù)目可以提示它所代表的基因表達(dá)的拷貝數(shù)。 如果在其它植物中一個(gè)基因的功能已知 ， 那就表示小麥 EST 具有相似的功能 。 基因功能的確定（以小麥基因組為例） 高效轉(zhuǎn)化體系 的獲得是存在于小麥基因功能證實(shí)階段的一個(gè)主要障礙。 Ac/Ds轉(zhuǎn)座酶的高水平轉(zhuǎn)錄導(dǎo)致了切除頻率的下降，因此隨著小麥轉(zhuǎn)化和再生效率的提高，根據(jù)異源轉(zhuǎn)座子標(biāo)簽 來發(fā)現(xiàn)基因是可行的。 核心內(nèi)容包括 2個(gè)部分 : 1. 蛋白質(zhì)組研究體系的建立 、 完善 蛋白質(zhì)組技術(shù)體系和蛋白質(zhì)組信息學(xué)技術(shù)體系包括 :蛋白質(zhì)樣品制備和鑒定蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的研究技術(shù)等 2. 與重要的生物學(xué)問題有關(guān)的功能蛋白質(zhì)組研究 目前功能基因組研究的主要技術(shù)及應(yīng)用 ? 功能基因表達(dá)克隆 (functional cloning) ? 基因芯片 (gene chip)或基因微陣列技術(shù) (micro array) ? 基因表達(dá)系統(tǒng)分析 (serial analysis of gene expression,SAGE)或 表達(dá)序列標(biāo)簽 (expressed sequence tag,EST) ? 蛋白質(zhì)組技術(shù) (proteomics) ? 質(zhì)譜測(cè)序技術(shù) ? 生物信息學(xué) (bioinformatics) ? 轉(zhuǎn)基因 (transgenics) ? 基因敲除 (gene knock out) 這些前沿技術(shù)為功能基因組學(xué)的研究提供了強(qiáng)有力的技術(shù)保障 .在植物功能基因組研究方面 ,目前應(yīng)用較多的是 EST,基因芯片 ,蛋白質(zhì)組技術(shù) ,反向、正向遺傳學(xué)技術(shù)及生物信息學(xué)技術(shù)等等 . SAGE （ serials analysis of gene expression） 基因表達(dá)系列分析 Velculescu 及其同事于 1995年創(chuàng)立 SAGE特點(diǎn)： ? 進(jìn)行轉(zhuǎn)錄物組研究，也就是轉(zhuǎn)錄水平的研究； ? 通過快速和詳細(xì)分析成千上萬個(gè) EST，尋找出表達(dá)豐度不同的 SAGE標(biāo)簽序列，從而接近完整地獲得基因組的表達(dá)信息； ? SAGE區(qū)別于差異顯示、消減雜交等其它技術(shù)的主要特點(diǎn)是可用于尋找那些 較低豐度 的轉(zhuǎn)錄物，最大限度地收集基因組的基因表達(dá)信息，這使之成為從總體上全面研究基因表達(dá)、構(gòu)建基因表達(dá)圖譜的首選策略； ? SAGE可用于在 不同環(huán)境 、 不同生理狀態(tài) 及 不同生長(zhǎng) 階段的細(xì)胞和組
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