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正文內(nèi)容

基因組學課件9功能基因組學-wenkub

2023-05-27 18:18:51 本頁面
 

【正文】 大多數(shù)情況下已足夠確認對應的基因 – 通常從已有的 cDNA文庫中隨機取出幾百或幾千個克隆, 1次測序產(chǎn)生。 一是評估未知 DNA 片段編碼可能性的概率型方法 , 另一類是通過同源性比較搜尋蛋白質(zhì)庫 / dbEST 庫找尋編碼區(qū)。 ? 功能基因組學的目的 – 基因功能發(fā)現(xiàn) – 基因表達分析及突變檢測 – 從基因組整體水平上對基因的活動規(guī)律進行闡述 。 采用一些新的技術(shù) ( SAGE、 DNA芯片 ) , 對成千上萬的基因表達進行分析和比較 功能基因組學簡介 基因組 DNA測序: 人類對自身基因組認識的第一步。 研究表明:鑒定和發(fā)現(xiàn)表達基因最快的途徑是確定 cDNA 的部分序列,即 EST ,這種序列在大多數(shù)情況下已足夠用于確認對應的基因。 – 只含有基因的外顯子, cDNA克隆的測序分析可以了解基因的表達情況 – EST的數(shù)目可以提示它所代表的基因表達的拷貝數(shù)。 如果在其它植物中一個基因的功能已知 , 那就表示小麥 EST 具有相似的功能 。 基因功能的確定(以小麥基因組為例) 高效轉(zhuǎn)化體系 的獲得是存在于小麥基因功能證實階段的一個主要障礙。 Ac/Ds轉(zhuǎn)座酶的高水平轉(zhuǎn)錄導致了切除頻率的下降,因此隨著小麥轉(zhuǎn)化和再生效率的提高,根據(jù)異源轉(zhuǎn)座子標簽 來發(fā)現(xiàn)基因是可行的。 核心內(nèi)容包括 2個部分 : 1. 蛋白質(zhì)組研究體系的建立 、 完善 蛋白質(zhì)組技術(shù)體系和蛋白質(zhì)組信息學技術(shù)體系包括 :蛋白質(zhì)樣品制備和鑒定蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡的研究技術(shù)等 2. 與重要的生物學問題有關(guān)的功能蛋白質(zhì)組研究 目前功能基因組研究的主要技術(shù)及應用 ? 功能基因表達克隆 (functional cloning) ? 基因芯片 (gene chip)或基因微陣列技術(shù) (micro array) ? 基因表達系統(tǒng)分析 (serial analysis of gene expression,SAGE)或 表達序列標簽 (expressed sequence tag,EST) ? 蛋白質(zhì)組技術(shù) (proteomics) ? 質(zhì)譜測序技術(shù) ? 生物信息學 (bioinformatics) ? 轉(zhuǎn)基因 (transgenics) ? 基因敲除 (gene knock out) 這些前沿技術(shù)為功能基因組學的研究提供了強有力的技術(shù)保障 .在植物功能基因組研究方面 ,目前應用較多的是 EST,基因芯片 ,蛋白質(zhì)組技術(shù) ,反向、正向遺傳學技術(shù)及生物信息學技術(shù)等等 . SAGE ( serials analysis of gene expression) 基因表達系列分析 Velculescu 及其同事于 1995年創(chuàng)立 SAGE特點: ? 進行轉(zhuǎn)錄物組研究,也就是轉(zhuǎn)錄水平的研究; ? 通過快速和詳細分析成千上萬個 EST,尋找出表達豐度不同的 SAGE標簽序列,從而接近完整地獲得基因組的表達信息; ? SAGE區(qū)別于差異顯示、消減雜交等其它技術(shù)的主要特點是可用于尋找那些 較低豐度 的轉(zhuǎn)錄物,最大限度地收集基因組的基因表達信息,這使之成為從總體上全面研究基因表達、構(gòu)建基因表達圖譜的首選策略; ? SAGE可用于在 不同環(huán)境 、 不同生理狀態(tài) 及 不同生長 階段的細胞和組
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