基因組學(xué)課件9功能基因組學(xué)(編輯修改稿)
2025-06-08 18:18 本頁面
【文章內(nèi)容簡介】 sed sequence tag,EST) ? 蛋白質(zhì)組技術(shù) (proteomics) ? 質(zhì)譜測序技術(shù) ? 生物信息學(xué) (bioinformatics) ? 轉(zhuǎn)基因 (transgenics) ? 基因敲除 (gene knock out) 這些前沿技術(shù)為功能基因組學(xué)的研究提供了強有力的技術(shù)保障 .在植物功能基因組研究方面 ,目前應(yīng)用較多的是 EST,基因芯片 ,蛋白質(zhì)組技術(shù) ,反向、正向遺傳學(xué)技術(shù)及生物信息學(xué)技術(shù)等等 . SAGE （ serials analysis of gene expression） 基因表達系列分析 Velculescu 及其同事于 1995年創(chuàng)立 SAGE特點： ? 進行轉(zhuǎn)錄物組研究，也就是轉(zhuǎn)錄水平的研究； ? 通過快速和詳細分析成千上萬個 EST，尋找出表達豐度不同的 SAGE標簽序列，從而接近完整地獲得基因組的表達信息； ? SAGE區(qū)別于差異顯示、消減雜交等其它技術(shù)的主要特點是可用于尋找那些 較低豐度 的轉(zhuǎn)錄物，最大限度地收集基因組的基因表達信息，這使之成為從總體上全面研究基因表達、構(gòu)建基因表達圖譜的首選策略； ? SAGE可用于在 不同環(huán)境 、 不同生理狀態(tài) 及 不同生長 階段的細胞和組織表達圖譜構(gòu)建，對不同狀態(tài)下基因表達水平的定量或定性比較，特別是對疾病組織與正常組織的比較發(fā)展迅速； SAGE 技術(shù)的主要理論依據(jù)： ? 來自轉(zhuǎn)錄物內(nèi)特定位置的一小段寡核苷酸序列（ 9~11bp）含有鑒定一個轉(zhuǎn)錄物特異性的足夠信息，可作為區(qū)別轉(zhuǎn)錄物的標簽（ tag）； ? 通過簡單的方法將這些標簽串聯(lián)在一起，形成大量多聯(lián)體（ concatemer），對每個克隆到載體的多聯(lián)體進行測序，并應(yīng)用 SAGE軟件分析，可確定表達的基因種類，并可根據(jù)標簽出現(xiàn)的頻率確定基因的表達豐度（ abundance）。 1. 將 5μg含有 oligo dT（引物）的磁珠與RNA混合。 2. 合成雙鏈 cDNA。 3. 用 NlaⅢ 酶消化形成一條鏈末端有標簽的產(chǎn)物。 4. 將樣品分成兩份，連接成含有識別序列的產(chǎn)物，以備用 BsmF1消化。 5. 用 Mme I切割每一個樣品形成約 60bp的標簽。 SAGE 步驟 6. 延伸 5秒，連接成約 130bp的雙鏈標簽。 7. PCR擴增。 8. 用 Nla Ⅲ 酶切 130bp產(chǎn)物釋放 34bp雙鏈標簽。 9. 連接片斷形成串聯(lián)體。 10. 克隆到 pZErO1+里，并測序。 SAGE實例 蛋白質(zhì)組 (Proteome) ? 蛋白質(zhì)組定義 廣義上是指某種細胞或組織中基因組表達的所有蛋白質(zhì) 。 狹義上 , 可以指不同時期細胞內(nèi)蛋白質(zhì)的變化 . ? 蛋白質(zhì)組學(xué)定義 研究蛋白質(zhì)組結(jié)構(gòu)和功能的領(lǐng)域稱為蛋白質(zhì)組學(xué) . ? 蛋白質(zhì)組學(xué)的研究內(nèi)容 : 分析全部蛋白質(zhì)組所有成分以及它們的數(shù)量 。確定各種組分所在的空間位置、修飾方法、互作機制、生物活性和特定功能等 蛋白質(zhì)組分析復(fù)雜性 ? 蛋白質(zhì)有許多加工方式 ,如磷酸化、糖基化、乙酰化、泛素化等； ? mRNA 的可變剪接、程序性移碼和可控突變， 1個基因可編碼許多不同的蛋白質(zhì)，常常表現(xiàn)為組織特異性； ? 蛋白質(zhì)之間存在大量的相互作用，如形成同源或異源二聚體、三聚體
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