【正文】 on之間的變換通過計(jì)算每個(gè)Session高分辯率的解剖像來實(shí)現(xiàn)。2dImReg使用比較簡單：2dImReg input fred2_epi+orig basefile fred1_epi+orig base 4 prefix fred2_epi_2Dreg2dImReg的功能同樣可由Plugins來完成，點(diǎn)擊2D Registration, 出現(xiàn)界面如下： ( KB)2007915 23:39同3D Registration，分別選擇輸入和輸出數(shù)據(jù)集有基準(zhǔn)圖像，點(diǎn)擊Run+Close即可。 對于矢狀面的EPI掃描，如果被試點(diǎn)頭的運(yùn)動(dòng)快于TR，則無法被3dvolreg校正，所以只能用2dImReg校正。2dImReg或Define Datamode Registration2dImReg用于對齊2D層面圖像。□ 2D224。 Datasets用于選擇輸入和輸出數(shù)據(jù)集；Parameters用于選擇基準(zhǔn)圖像和Resampling插值方法；Outputs用于指出1D輸出文件名稱。同樣的操作，可以通過點(diǎn)擊Define DateMode Registration完成，界面如下： ( KB)2007915 23:39時(shí)間序列會(huì)顯示什么樣(. 是否有運(yùn)動(dòng)有關(guān)的數(shù)據(jù)不連續(xù)點(diǎn))? 沿著時(shí)間軸是否還有明顯的運(yùn)動(dòng)? 3D224。3dvolreg可以相當(dāng)好地處理小的運(yùn)動(dòng)(motion)，但是較大的運(yùn)動(dòng) ( 1mm) 不能被正確地校正。 222。 指定輸出文件的前綴dfile fred1_vr_dfile 對于Fourier插值法，Zero padding非常需要。 222。 將負(fù)的體素值設(shè)為0(注：負(fù)值是由于高次插值方法導(dǎo)致的偽影)zpad 4 222。 heptic 也可以寫成base fred1_epi+orig[4]。 選擇輸入數(shù)據(jù)集(fred1_epi+orig)的子數(shù)據(jù)塊(subbrick) 4作為基準(zhǔn)圖像J(x) 對于發(fā)生在單個(gè)TR(23s)內(nèi)的運(yùn)動(dòng)則無法校正。T[x]有6個(gè)參數(shù)：RL, AP, IS軸的位移及沿IS, RL, AP軸的旋轉(zhuǎn)(分別對應(yīng)于Roll, Pitch, Yaw)。 Plugins224。SPGR, EPI224。E=平方差的加權(quán)和= Sx w(x) ? {I(T[x]) J(x)}2EPI, 但SPGR和EPI之間不行。其它的有1, 3, 5, 7次拉格郎日多項(xiàng)式插值(linear, cubic, quintic and heptic)。方法包括取最相鄰體元的值(0階重取樣)或多點(diǎn)線性插值(一階重取樣)。(2) 圖像重取樣(resample)：圖像重取樣是決定變換到新的空間坐標(biāo)之后每個(gè)體元的值。為校正整個(gè)時(shí)間序列，每個(gè)3D Volume In(X)都通過自己的變換Tn[X]進(jìn)行與J(x)配準(zhǔn)，n=0,1,…；所以結(jié)果也是一個(gè)時(shí)間序列In(Tn[X])，用戶必須選擇基準(zhǔn)圖像J(x)。即給出一個(gè)基準(zhǔn)圖像(base image)J(x)和一個(gè)要進(jìn)行校正的圖像(target image)I(x)，尋找一種幾何變形(geom. transformation)T[x]，使得I(T[x])≈J(x)。這樣功能時(shí)間序列將更少地受被試運(yùn)動(dòng)的影響；如果圖像正確的校正的話，可以比較不同session的結(jié)果。 3dcalc( a r1+orig b r2+orig expr *(a+b) )39。 r1+orig[3..5]100..20039。 r1+orig39。 r1+orig[3..5]39。in the z direction——————————————————————————————如果使用filename作為tpattern, 那么nz個(gè)以ASCII碼存儲(chǔ)的數(shù)字從文件中讀取，并作為每個(gè)層面的時(shí)間位移(offsets)。 Sequential 0 200 400 600 800 in the z directionseqplus Sequential 800 600 400 200 0 Alternating, starting at nz2 seqplus 400 0 600 200 800 Alternating in the z directionaltz2 0 600 200 800 400 Alternating, but starting at 1altminus 800 200 600 0 400 Alternating in the +z directionalt+z2 400 800 200 600 0 Comment————————————————————————————altplus 4 3 2 1 0 N U M B E RTpattern S L I C E 在這個(gè)例子中，層面位移為下列數(shù)字： 作為時(shí)間模式, 而不采用輸入的數(shù)據(jù)文件頭信息中包含的時(shí)間模式。 = 使用39。 Fourier|linear|cubic|quintic|heptic表示采用傅立葉或一、三、五、七次拉格郎日多插項(xiàng)插值方法tpattern ttt 默認(rèn)在位移后再加回這些值。 個(gè)時(shí)間點(diǎn)(points)(默認(rèn)ii=0)。 = 忽略最前面39。 ignore ii默認(rèn)是39。ppp39。 nnn39。 tpattern39。 zzz39。zzz39。 ms39。s39。 作為TR值, 而不使用包含在數(shù)據(jù)集頭信息內(nèi)的值。 = 用39。 = 在程序運(yùn)行的時(shí)候顯示一些信息TR ddd Options:verbose或者，可以使用’ignore ii’選項(xiàng)。這些圖像應(yīng)該不要包括在插值范圍內(nèi)。對于絕大多數(shù)3D fMRI數(shù)據(jù)，這意味心率和呼吸頻率不能在該程序中被正確的處理。方法: 去除趨勢(detrend) 恢復(fù)趨勢(retrend) optionally輸入數(shù)據(jù)集可以接一個(gè)子數(shù)據(jù)塊選擇器(參考3dcalc –help)輸出數(shù)據(jù)集時(shí)間序列將重新插值至新的時(shí)間格(temporal grid)，這也許不是分析數(shù)據(jù)的最好方法，但非常便利。224。Usage: 3dTshift [options] dataset將輸入數(shù)據(jù)集的體素時(shí)間序列進(jìn)行移位，從而使各層面對齊到相同時(shí)間原點(diǎn)(temporal origin)。在AFNI中，可以使用命令3dTshift實(shí)現(xiàn)，但一個(gè)更簡單地方法就是在進(jìn)行運(yùn)動(dòng)校正時(shí)使用tshift選項(xiàng)(見下面的例子)。這些處理過程包括3維空間平滑、cluster平均、運(yùn)動(dòng)校正以及空間標(biāo)準(zhǔn)化(. to Talairach space)。尤其是在后者，相鄰層面的時(shí)間位移將導(dǎo)致相鄰層面的信號變化顯著，尤其是在事件相關(guān)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)中。層面的精確時(shí)間依賴于成像的設(shè)置。 窗口中指出奇異值(outliers, 即與同一時(shí)間序列中其它數(shù)據(jù)點(diǎn)顯然不同的值)；通常早期的outlier可能是長軸磁場飽和至穩(wěn)態(tài)值之前的瞬時(shí)效果導(dǎo)致；而以后的則可能由頭動(dòng)、scanner故障導(dǎo)致。設(shè)置好各參數(shù)后，選擇Save Dataset將出現(xiàn)下面的窗口：(對于排列方式未知的圖像，可用aiv命令查看)另X軸方向應(yīng)設(shè)為右到左(RL)；Y軸設(shè)為從前到后(A—P)；Z軸設(shè)為從下到上(I—S)(RAI坐標(biāo)系)。其它的包括zero(3D掃描)和filename時(shí)間模式包含在文件中)。2s為重復(fù)時(shí)間(TR)，如果填寫0，則為從頭信息讀取。 功能數(shù)據(jù)集是EPI 3D+time數(shù)據(jù)集。(3) 使用to3d創(chuàng)建功能數(shù)據(jù)集(EPI) 軸向信息可由查看圖像窗口獲知(橫跨屏幕的為x軸,上下方向?yàn)閥軸, z軸可通過滑動(dòng)圖像窗口下部的slider確定)；體素和體素大小及層面位移需根據(jù)實(shí)驗(yàn)日志填寫。 ( KB)2007915 23:25出現(xiàn)這種現(xiàn)象是因?yàn)镮ntel/Linux和Sun/SGI系統(tǒng)使用的數(shù)字內(nèi)碼的不同。(筆者注：可點(diǎn)擊View Images按鈕查看圖像)對于無頭信息的裸圖像(naked images)，則需進(jìn)行參數(shù)設(shè)置，這時(shí)記錄翔實(shí)的實(shí)驗(yàn)日志非常關(guān)鍵。由于描掃方式不同(如隔行掃描)，所以生成的圖像文件需要進(jìn)行重新排序，可以用di2文件查看圖像并生成包括頭信息的同名txt文件，再用rnxpc程序進(jìn)行排序。 系統(tǒng)飽和[提示(2s)呈現(xiàn)記憶材料(40s)提示(2s)回憶(30s)提示(2s)基線(20s)]結(jié)束(2~6s)“[……]”中步驟重復(fù)6次。 解剖像(FSE ? )：20 items(注：以掃描所得的層面數(shù)而定)功能像(EPI): 如果是多個(gè)run就可以命名為run1, run2, … …，文件數(shù)通常與TRs數(shù)目一致。)3D像(spoiled grass, SPGR)：128 items；(筆者注：一般可根據(jù)文件大小確定圖像類別，如通常最大的文件為功能像，因?yàn)樗瑫r(shí)包含多個(gè)層面，并且文件數(shù)通與時(shí)間點(diǎn)數(shù)一致；其次中等大小的文件為3D像，因?yàn)槠浞直媛瘦^高，通常為128個(gè)；最小的文件為解剖像，通常為20個(gè)。 轉(zhuǎn)換成AFNI格式(with program to3d)記錄實(shí)驗(yàn)日志很重要，這對數(shù)據(jù)分析很有幫助。Sip程序同時(shí)建立一些標(biāo)準(zhǔn)的目標(biāo)和日志文件，這些在以后的分析和調(diào)試中都十分用用。Epirecon也可以進(jìn)行對不同類型的圖像變形做校正。也就是說，數(shù)據(jù)實(shí)際上是圖像數(shù)據(jù)的Fourier變換。(7) 變換至Talairach坐標(biāo)系(/空間歸一化或標(biāo)準(zhǔn)化)(Talairach transforming /Spatial normalization)(8) 統(tǒng)計(jì)圖的空間平滑 (spatial blurring of statistical map) 可選 (9) 各被試統(tǒng)計(jì)圖的組分析 (Group analysis of individual statistical maps)在整個(gè)分析過程中，我們應(yīng)該利用AFNI優(yōu)秀的可視化功能對數(shù)據(jù)進(jìn)行visual check。去除頭皮外偽影、時(shí)間序列時(shí)間點(diǎn)數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)化(difference/mean)、多個(gè)run的數(shù)據(jù)連接及去線性漂移可在該步驟后進(jìn)行。 在Batch模式下使用AFNI命令 AFNI的Plugins(見上述)4. 數(shù)據(jù)分析基本原則(請參考PDF文件)5數(shù)據(jù)處理基本步驟(1) 原始功能像的重建(reconstruction of raw functional images) (Pfiles) (2) 轉(zhuǎn)換成AFNI格式(conversion to AFNI format)(3) 功能像層面時(shí)間校正和運(yùn)動(dòng)校正(slice timing correction and motion correction of functional images) (4) 功能像的時(shí)間域?yàn)V波(temporal filtering of functional images)(5) 功能像的空間平滑(spatial blurring of functional images) 可選 其中，Opt用于控制顯示選項(xiàng)，F(xiàn)IM用來提供對功能數(shù)據(jù)集的交互的統(tǒng)計(jì)計(jì)算(詳見后述)。圖表(Graph)窗口 ( KB)2007915 23:04 通常，通過Switch Underlay選擇高分辯率的解剖數(shù)據(jù)集，而通過Switch Overlay選擇低分辯率的功能數(shù)據(jù)集(并且根據(jù)需要插值至解剖像分辯率和翻轉(zhuǎn)至解剖像軸像)。 AFNI –R 則AFNI可從當(dāng)前目錄及其所有子目錄讀取數(shù)據(jù)集。 AFNI –dir1 dir2 則AFNI可從列出的目錄中讀取數(shù)據(jù)； 將當(dāng)前目錄切換至數(shù)據(jù)集所在目錄，直接鍵入AFNI啟動(dòng)界面。3 AFNI的交互界面 啟動(dòng)AFNI 通常，在同一session目錄中，是從一個(gè)被試一次掃描session中獲得及其衍生的數(shù)據(jù)，通常包括：(1) 解剖參考數(shù)據(jù)集(SPGR 或MPRAGE)；(2) 10~20個(gè)3D+time EPI function runs；(3) 從3D+time數(shù)據(jù)集計(jì)算獲得的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)集，用來顯示激活；(4) 從orig轉(zhuǎn)換至tlrc的數(shù)據(jù)集，用于被試間的比較。所有存放在同一session的數(shù)據(jù)集，如果顯示格式相同，則認(rèn)為x,y,z坐標(biāo)是配準(zhǔn)的。 集合或路徑(session)包含一系列數(shù)據(jù)集的路徑稱為一個(gè)session，AFNI 只讀取形式為*. HEAD 和*. BRIK 的文件?！?shù)據(jù)集塊和子數(shù)據(jù)集塊一個(gè)數(shù)據(jù)集可以含有一個(gè)或多個(gè)3D 數(shù)據(jù)集子塊(subbricks)。mmap 。在程序設(shè)計(jì)時(shí),圖像數(shù)據(jù)集數(shù)組可以有兩種方式實(shí)現(xiàn)存儲(chǔ)?！?shù)據(jù)集的存儲(chǔ)然而，并不是每一個(gè)數(shù)據(jù)集都必須包含一個(gè)BRIK文件。頭文件包含了所有的輔助信息，它提供了解釋塊文件的所有信息，以ASCII 的形式存儲(chǔ)。NAME 可為BRI