【正文】 ? 序列比對(duì)常用軟件 ： Blast、 ClustalW等，可從 NCBI和 EBI網(wǎng)站免費(fèi)下載到本地比對(duì)，也可進(jìn)行網(wǎng)上遠(yuǎn)程比對(duì)。 ? ProtoMap網(wǎng)址： 第三節(jié) 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè) ? 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)方法：主要有 理論分析方法和統(tǒng)計(jì)方法 兩種。 ? PDBsum的網(wǎng)址： srv/databases/pdbsum/ （六）蛋白質(zhì)分類數(shù)據(jù)庫 ? ProtoMap蛋白質(zhì)分類數(shù)據(jù)庫 是利用計(jì)算機(jī)對(duì)SWISSPROT、 TrEMBL 和 TrEMBLnew數(shù)據(jù)庫中全部蛋白質(zhì)進(jìn)行層次分類，將相關(guān)的蛋白質(zhì)聚類分組而成。 ? CATH的網(wǎng)址 ： 3. PDBsum ? 通過對(duì) PDB數(shù)據(jù)庫中所有蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)信息進(jìn)行總結(jié)和分析，給出蛋白質(zhì)的主鏈數(shù)目、配體、金屬離子、二級(jí)結(jié)構(gòu)、折疊圖等相關(guān)信息。 同源性層次 ：通過序列比較和結(jié)構(gòu)比較確定。 構(gòu)架層次 ：依據(jù)由 α螺旋和 β折疊形成的超二級(jí)結(jié)構(gòu)排列方式進(jìn)行分類，而不考慮它們之間的連接關(guān)系。 ? SCOP結(jié)構(gòu)分類圖： 如圖 618所示。 ? 功能 ：提供蛋白質(zhì)之間的結(jié)構(gòu)和進(jìn)化關(guān)系的信息。 ?HSSP用于分析蛋白質(zhì)保守區(qū)域、確定序列模式及蛋白的折疊、進(jìn)化關(guān)系、分子設(shè)計(jì)等研究。針對(duì)PDB數(shù)據(jù)庫中蛋白質(zhì)的原子坐標(biāo)，計(jì)算其各個(gè)氨基酸殘基中氫鍵、二面角、二級(jí)結(jié)構(gòu)類型等二級(jí)結(jié)構(gòu)構(gòu)象參數(shù)，從而根據(jù)三維結(jié)構(gòu)推導(dǎo)出其對(duì)應(yīng)的二級(jí)結(jié)構(gòu)。 MMDB 的地址為： （四）蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)二次數(shù)據(jù)庫 (Database of Secondary Structure of Protein） ? 是一個(gè)二級(jí)結(jié)構(gòu)推導(dǎo)數(shù)據(jù)庫，用于研究蛋白質(zhì)序列與蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的關(guān)系。 ? 實(shí)例如圖 617所示。 ? 增加了附加信息如 :大分子的生物學(xué)功能及產(chǎn)生機(jī)制、分子進(jìn)化歷史、生物大分子之間關(guān)系等。 …… KEYWDS BETAFOLIUM, FLAGELLIN EXPDTA XRAY DIFFRACTION AUTHOR , AUTHOR 2 , REVDAT 2 15APR03 1IO1 1 SOURCE DBREF SEQADV REVDAT 1 04APR01 1IO1 0 JRNL AUTH , JRNL AUTH 2 , …… REMARK 1 REMARK 2 REMARK 2 RESOLUTION. ANGSTROMS. …… 標(biāo)頭 題目 化合物名稱 來源 關(guān)鍵詞 作者 發(fā)布日期 相關(guān)文獻(xiàn) 注釋 SEQADV 1IO1 ALA A 426 UNP P06179 GLY 426 CONFLICT SEQRES 1 A 398 PHE THR ALA ASN ILE LYS GLY LEU THR GLN ALA SER ARG SEQRES 2 A 398 ASN ALA ASN ASP GLY ILE SER ILE ALA GLN THR THR GLU …… FORMUL 2 HOH *354(H2 O) HELIX 1 1 ILE A 57 ALA A 99 1 43 HELIX 2 2 SER A 104 THR A 129 1 26 …… SHEET 1 A 2 ASN A 141 GLN A 146 0 SHEET 2 A 2 THR A 154 LEU A 159 1 O ILE A 155 N ILE A 145 …… CRYST1 P 1 21 1 2 ORIGX1 ORIGX2 ORIGX3 SCALE1 SCALE2 SCALE3 ATOM 1 N ASN A 56 N ATOM 2 CA ASN A 56 C …… TER 2881 ARG A 450 HETATM 2882 O HOH 501 O HETATM 2883 O HOH 502 O …… END 氨基酸序列 分子式 α螺旋 β折疊 原子坐標(biāo) 配體原子坐標(biāo) 記錄結(jié)束 圖 615 PDB數(shù)據(jù)庫網(wǎng)頁格式實(shí)例 圖 616 Salmonella typhimurium H1i鞭毛蛋白（ P06176） F41片段 PDB三維結(jié)構(gòu)圖（ SWISSPDB Viewer） 2. MMDB(Molecular Modeling Database) ? 是 Entrez的組成部分。 …… SOURCE MOL_ID: 1。 ? PDB 的地址： 框 64 PDB格式實(shí)例 HEADER STRUCTURAL PROTEIN 28DEC00 1IO1 TITLE CRYSTAL STRUCTURE OF F41 FRAGMENT OF FLAGELLIN COMPND MOL_ID: 1。 ? PDB數(shù)據(jù)庫實(shí)例 以鼠傷寒沙門氏菌 Salmonella typhimurium H1i鞭毛蛋白（ P06176） F41片段晶體結(jié)構(gòu)為例，圖示 PDB數(shù)據(jù)庫格式 （框 64） 和網(wǎng)頁格式 （圖 615）。 圖 613 PDB數(shù)據(jù)庫主頁 圖 614 結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫增長(zhǎng)曲線截圖 紅色圖：總結(jié)構(gòu)數(shù) 藍(lán)色圖：新增結(jié)構(gòu)數(shù) (引自proteinamp。 ? PDB主頁， 如圖 613所示。 ? BLOCKS由通過自動(dòng)檢測(cè) PROSITE數(shù)據(jù)庫 和PRINTS蛋白質(zhì)指紋圖譜數(shù)據(jù)庫 中蛋白質(zhì)家族高度保守區(qū)域產(chǎn)生的序列模塊組成。 ?PROSITE的網(wǎng)址： 或 ?PROSITE的中國(guó)鏡像網(wǎng)址是： PRINTS蛋白質(zhì)指紋圖譜數(shù)據(jù)庫 將多個(gè)保守的序列模式作為識(shí)別蛋白質(zhì)家族的特征 ，與 PROSITE數(shù)據(jù)庫的單個(gè)序列模式相比， PRINTS具有更好的識(shí)別率。 PROSITE數(shù)據(jù)庫主頁如圖 612所示。 pfam08884 /db_xref=CDD:72304 特征表 Region 397..468 /region_name=Flagellin_C …… /db_xref=CDD:64558 CDS 1..490 /coded_by=:13..1485 /transl_table=11 ORIGIN 1 maqvintnsl slltqnnlnk sqsalgtaie rlssglrins akddaagqai anrftanikg 61 ltqasrnand gisiaqtteg alneinnnlq rvrelavqsa nstnsqsdld siqaeitqrl 121 neidrvngqt qfsgvkvlaq dntltiqvga ndgetididl kqinsqtlgl dtlnvqqkyk 181 vsdtaatvtg yadttialdn stfkasatgl ggtdekidgd lkfddttgky yakvtvtggt 241 gkdgyyevsv dktngevtla avtpatvtta talsgkmysa npdsdiakaa ltaagvtgta 301svvkmsytdn ngktidggla vkvgddyysa tqdkdgsisi dttkytadng tsktalnklg 361 gadgktevvt idgktynask aaghdfkaep elaeqaaktt enplqkidaa laqvdtlrsd 421 lgavqnrfns aitnlgntvn nlssarsrie dsdyatevsn msraqilqqa gtsvlaqanq 481 vpqnvlsllr // 蛋白質(zhì)序列 記錄結(jié)束 GenPept的網(wǎng)址是： ?國(guó)際上主要的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫的種類和特點(diǎn) 名稱 維護(hù)單位 注釋 冗余度 數(shù)據(jù)量 更新 PIR NCBI、JIPID、MIPS 部分完善 較大 較大 較慢 SWISS PROT EBI、 SIB 完善 小 不大 較慢 NRL3D NCBI 完善 小 小 較慢 TrEMBL EBI、 SIB 不完善 大 大 快 GenPept NCBI 不完善 大 大 快 NRDB EBI 一般 小 大 較快 OWL HGMP 一般 小 大 較慢 (引自 《 生物信息學(xué) 》 ，趙國(guó)屏等 編著，科學(xué)出版社， 2022) （二）蛋白質(zhì)序列二次數(shù)據(jù)庫 ? PROSITE是蛋白質(zhì)