perl語言在生物信息學(xué)中的應(yīng)用(參考版)
2024-08-06 08:36本頁面
【正文】 。把所有非數(shù)字字符替換為空格。 now string = defdefghifed ? 當 string1比 string2長時，其多余字符替換為 string2的最后一個字符；當 string1中同一個字符出現(xiàn)多次時，將使用第一個替換字符。如： $string = abcdefghicba。 翻譯操作 ? tr/string1/string2/。 $string =~ s/123/456/。替代字符串不是模式。 x 2/e。 e選項把替換部分的字符串看作表達式，在替換之前先計算其值，如： $string = 0abc1。} 替換操作 ? 在替換部分可使用模式變量 $n，如 s/(\d+)/[$1]/，但在替換部分不支持模式的特殊字符，如 {},*,+等，如 s/abc/[def]/將把 abc替換為[def]。使用 while $line=begin data1 begin data2 begin data3。print $1。為已匹配的模式，為 abc，不是 abc8 例 1。 $matched = $amp。 同樣的有 *?,+?,??,{x}?,{x,}?,{x,y}?, 擴展模式匹配 /pattern(?=string)/肯定的和否定的預(yù)見匹配 .?= ?! 匹配后面為 string的模式，相反的， (?!string)匹配后面非 string的模式，如： $string = 25abc8。 /(?option)pattern/內(nèi)嵌模式選項 通常模式選項置于其后，有四個選項： i、 m、 s、 x可以內(nèi)嵌使用，等價于 /pattern/option。 匹配符號的優(yōu)先級 象操作符一樣，轉(zhuǎn)義和特定字符也有執(zhí)行次序 () 模式內(nèi)存 + * ? {} 出現(xiàn)次數(shù) ^ $ \b \B 錨 | 選項 擴展匹配模式 ? (?cpattern)，其中 c是一個字符， pattern是起作用的模式或子模式。 x 忽略模式中的空白 。$var++。 while ($var 10) { $result = $line =~ /$var/o。 o 僅 只執(zhí)行一次變量替換 $var = 1。 .可以匹配 \n。 $line=~/^(.*)$/m。 $line=39。 m 將待匹配串視為多行 ， ^符號匹配字符串的起始或新的一行的起始； $符號匹配任意行的末尾。下一個匹配開始的位置 pos($string) = $newoffset。 } 結(jié)果為： ba la ta 當要匹配的字符串改變時重新開始搜索。 matches = (ba, la, ta) 匹配的循環(huán)： 每 次匹配記住上次的位置 while (balata =~ /.a/g) { $match = $amp。 返回到數(shù)組中。 嵌套使用： /((aaa)*)/，最外層的括號為 $1，內(nèi)層為 $2， $3。為避免匹配失敗要進行是否匹配成功的判斷，或直接賦值。 匹配得到的變量形成列表，可賦值給數(shù)組。 now totalpart = $_ = This string contains the number .。 now $integerpart = 25 $decimalpart = $2。 $string =~ /?(\d+)\.?(\d+)/。也可用列表一次取得。匹配處之前的部分用變量 $`，匹配處之前的部分用變量 $39。 模式變量 在模式匹配后調(diào)用重用部分的結(jié)果可用變量 $n， 全部的結(jié)果 ，匹配模式用變量 $amp。 還可以在匹配外引用。 把匹配的值存起來以后再用 ， 和 +模式的重復(fù)不同。 例 3： \B在單詞內(nèi)部匹配： /\Bdef/匹配 abcdef等，但不匹配 def； /def\B/匹配defghi等； /\Bdef\B/匹配 cdefg、 abcdefghi等，但不匹配 def,defghi,abcdef。 /def\b/匹配 def和 abcdef等以 def結(jié)尾的單詞，但不匹配 defghi，/\bdef\b/只匹配字符串 def。t understand what $varname is.\n)。 } elsif ($varname =~ /^[AZaz][_09azAZ]*$/) { print ($varname is a legal file variable\n)。 示例 例 1：檢驗變量名的類型： if ($varname =~ /^\$[AZaz][_09azAZ]*$/) { print ($varname is a legal scalar variable\n)。 \d 任意數(shù)字 [09] \D 除數(shù)字外的任意字符 [^09] \w 任意單詞字符 [_09azAZ] \W 任意非單詞字符 [^_09azAZ] \s 空白 [ \r\t\n\f] \S 非空白 [^ \r\t\n\f] 例： /[\daz]/匹配任意數(shù)字或小寫字母。在 PERL5中可用字符對 \Q和 \E來轉(zhuǎn)義。如：/\*+/中 \*即表示字符 *，而不是上面提到的一個或多個字符的含義。 } 其中 ^?\d+$ 匹配十進制數(shù)字， ^?0[xX][\dafaF]+$ 匹配十六進制數(shù)字。 ?[09] [az] [AZ] /a[09]c/ 匹配任意字母或數(shù)字 [09azAZ] 例：檢驗數(shù)字表示合法性 if ($number =~ /^?\d+$|^?0[xX][\dafaF]+$/) {print ($number is a legal integer.\n)。如： /def|ghi/匹配 def或 ghi。每個選擇都是一個匹配或一組。 /a[0123456789]c/將匹配 a加一個數(shù)字加 c的字符串。 ?[^]。相當于 .... 匹配指定數(shù)目的字符 {}指定所匹配字符的出現(xiàn)次數(shù)。 * 匹配 0個、 1個或多個相同字符 ？ 匹配 0個或 1個該前一個字符 . 匹配除換行外的所有單個字符，通常與 *合用 .*所有任意數(shù)量字符。不是匹配了e后再重復(fù) eee，就沒有 eE了。是
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